许文瑞吸收所有死士的魔气，妄图增强自己的修为，杨小祥不顾师父的劝阻，执意起用玲珑之力与之抗衡。初空和杨小祥合力杀死许文瑞，又将自己的玲珑心献给杨小祥后，倒在杨小祥怀里安详离去。
杨小祥看着满头白发且失去呼吸的师父，整个人悲痛欲绝，而她彻底明白初空的心意。随后杨小祥抱着初空的尸体，毫不犹豫地跳进深不见底的悬崖，临死那一刻，仿佛看到很多与师父美好的画面。
最终二人回归天位，同样锦莲兄妹也都历劫成功。花精千萝正是锦萝的化身，而现在锦萝则是照顾着重伤的紫辉。然而紫辉恢复记忆还在打听解莺时的消息，并且准备亲自回去一趟，结果他发现自己连站起来的力气都没有，体内已经完全看不到属于自己的整颗心，这一切都是锦萝在默默用灵力为他续命。
初空回到天界没有立刻去见昊轩，而是吩咐钱天王调查修茗的事情。钱天王查到修茗曾为帝休质子，儿时就被送往摩罗族，一直到三万年前沧日之战结束，帝休神族尽灭，沧海身死，摩罗族衰弱后才回到天界。由于天书没有记载修茗在摩罗族发生的事情，所以钱天王只找到沧海女帝遗留的法器天穹玉。
此时祥云历劫归来，初空听闻她跳崖殉情，心里很不是滋味，急忙赶往姻缘阁。祥云还未从凡间的伤感里走出来，红线翁建议她若真是喜欢初空仙君，尝试着约他相会于鹊桥。正说话间，初空火急火燎地过来给祥云把脉，发现她元神增补后安心。
祥云被初空关心有些受宠若惊，没想到修茗历劫归来竞也横插一脚，关怀备至地询问起祥云的情况。初空面露不虞，直接把修茗带到无人处质问，他已经查到修茗曾作为帝休族质子与女帝沧海一起生活过，修茗视若珍宝的天穹玉原是沧海的法器。
修茗没有否认，反而承认自己所爱之人唯有沧海，他相信沧海并非是屠杀帝休神族的真凶，更是要不惜一切找回对方的元神。初空作为好友奉劝修茗千万别做傻事，修茗不以为然，此番沧海复生归来，就算要屠尽苍生，颠覆六界，自己要拼尽全力陪着她，护着她。
不仅如此，修茗反问初空若是从六界与祥云之间做出选择，他又会如何。初空无言以对，显然还没有想到这个答案，但是修茗认为初空只会说一些冠冕堂皇的漂亮话，完全体会不到自己埋藏在心底的那份感情。
随后初空开始调查三万年前的真相，通过转命星君得知只有同源元神才会历劫后造成元神此消彼长的情况，他察觉到祥云身份有异。而在另一边，祥云迫不及待去找李天王，迟迟没有发现对方的身影，转命星君猜测他应该是云游四海，祥云略微安心些。
祥云猜到初空是带着记忆下凡，跑来找初空对质，一不小心又提及凡间的事情，令彼此心里都有些难受。为能哄初空开心，祥云变出一盘亲手制作的海棠花糕，初空欣然接受，本想借此跟祥云表白，结果他还没说完话，就已经被祥云误会。
很快便到了祥云的生辰，姻缘阁众仙都为祥云筹备。初空借着送盘子为由来见祥云，表示自己并不只想当她的师父，二人心意相通，约定明日一起过生辰。祥云直言已经给初空准备了礼物，说完就亲吻他的脸颊。
孙天王奉命去找初空，屡次被钱天王挡在外面，气得他一个劲向昊轩天帝诉苦。尽管四大天王看似是平起平坐，实则私下里是有高低之分，显然钱天王这么做就是倚仗初空的身份，完全不把他和昊轩放在眼里。
这天到了祥云的生日，姻缘阁里一片喜庆，唯独缺少初空的身影。此时初空应传唤来见昊轩，态度冷漠且敷衍地回答着他的问题，并且质问他明知每次历劫都会令祥云元神受损，为何还要如此。
但是昊轩完全不当回事，认为一介小仙若能为斩杀六界魔头的战神做出贡献，自是死得其所然。听着昊轩的这番话，初空有些失望，根本不需要靠小仙无辜的性命来重塑元神，正当他准备离开时，忽然得知祥云已经来过且听到谈话内容。
红线翁极其在意祥云，也希望她能有好的归宿。为让红线翁安心，初空表示会给祥云施下护神咒，此咒法一方施在另一方元神之上的至高保护咒法，若是被保护者元神受到损伤，其伤害九成会转到施咒者身上，纵是几经历劫都难以破除。身为战神的初空竟会做出这样的事情，红线翁对他敬佩不已，同时成全他和祥云的姻缘。
随后初空在晨星台找到祥云，向她解释关于理解的事情，承诺会找到破解之法。两人并肩而坐赏星，祥云许愿永远和初空在一起，初空趁机对祥云实施神咒，惊讶发现根本没有起任何作用。
锦莲凡间身死后回归摩罗山，经历圣凌山的温暖，令他逐渐有了善意和情感，锦萝也因此重获人身。这段时间里，锦莲派人寻找女娲石无果，回想自己和紫辉共同历劫的点点滴滴，心里泛起了波澜。
没过多久，祥云发现李天王无端失踪，因担心李天王的安危，找到李天王留下的命簿。除此之外，祥云和初空注意到圣凌教的话本里，结局部分竟然被人故意撕掉，如此反常的行为，已经引起祥云的怀疑，决定去这次命簿当中找寻线索，不顾初空反对执意下界，初空在牵丝引的羁绊下，也紧跟其后。
待祥云和初空醒来，发现彼此互换性别身份，祥云成了男将军，至于初空则是当朝公主。虽然将军和公主乃是名正言顺的夫妻，可二人关系似乎势同水火，甚至到了不死不休的地步。祥云被皇帝召进宫里，忐忑不安地回应着对方，意外知晓皇帝和太后各有逐浪九峰的玉佩，两枚玉佩合并便能找到李天王留下的线索。
反观初空在将军府里查到些许线索，原来公主身子不适竟是因为落了胎，前些日子将军带回一名叫作馨然的女子，很快就发生公主失胎的事情，公主悲愤之下认定是将军移情馨然，还给自己下了堕胎药，所以才会萌生要与将军同归于尽的念头。
祥云回到将军府和初空合并线索，发现当今太后和皇帝并非亲母子，太后仗着母族段氏手握兵权，掌控了齐国半壁江山，因为只有祥云一个女儿，所以才将皇帝过继。但皇帝不满太后垂帘听政，太后又想让女儿诞下子嗣把控朝政，二人积怨已久，相互制衡彼此。初空想到一招计策，叮嘱祥云听自己的安排。
孙天王替昊轩找到极其难寻的青雪草，昊轩大喜，拥有此草就能净化自己修炼的禁术。而在另一边，初空顺藤摸瓜找出公主落胎是敌国卫国细作馨然所致，决定将计就计，故意把馨然找来，又让药铺掌柜作证，彻底证实她害死公主腹中胎儿。馨然还妄想继续狡辩，祥云根本不听她说的任何话，正当他要下令将馨然带走关押，没想到馨然挣脱出来，跑到祥云面前大喊自己这么做是为了救他。
当天夜里，祥云故意放走馨然，并且跟初空尾随其后，看着对方出了城才算安心，确认她就是卫国派来的细作。其实初空在将军府调查时已经有了怀疑，更在书房里发现伪造的军报，想来将军应该是发现馨然的身份，为避免打草惊蛇干脆将她留在身边，借助其手传递假情报，上演一出反间计。
此时几个小孩引起祥云和初空的注意，孩童们口中念叨着莫名奇怪的童谣，又是捞鱼又是放牛，既不顺口还有些拗口。祥云感到奇怪，却又说不出哪里出了问题，反观初空听着这首童谣若有所思。
锦莲查到锦萝藏身于人间，决定亲自去见她一面。锦萝有所感应，便用心头血幻化成傀儡引开锦莲，带着紫辉逃离他的追捕，化身巫医将紫辉圈在自己身边，继续躲在齐国的深山老林里，以保护紫辉的安全。紫辉想要逃跑，奈何他身负重伤，周围又有结界阵法，根本难以逃离。
如今卫国开始集结粮草，秘密送往与大齐接壤的砾城，齐卫之战已是箭在弦上，一触即发。皇帝命令初空将军率军出征，但此刻将军身子里是祥云的灵魂，所以她只能硬着头皮接下这个任务，先锋军以少敌多，此去意味着九死一生。
初空闻悉此事，担心祥云的安危，祥云提出让他帮自己抓紧时间训练，确保十日后能成为独当一面的将军。面对这种情况，初空别无他法，只能传授给祥云一套云柔剑法，此剑法柔中带刚，正好适合她来练习。结果祥云没控制住身体平衡，连人带剑摔倒在地，初空站在旁边看着，并不想要上前扶起她。
也正因如此，祥云有些小气恼，认为初空不在乎自己。初空表示自古严师出高徒，到了战场上刀剑无眼，也就没有人能扶她。看到祥云还在生闷气，初空自然是于心不忍，主动过来要扶着她，祥云一巴掌拍开初空的手，气呼呼地回应严师出高徒。
紫辉注意到锦萝似乎受了伤，主动过来关心还险些被误会，直到看见紫辉递来的灵力珠。尽管锦萝嘴硬佯装不在乎，实则心里甜如蜜，二话不说就把灵力珠喂给紫辉，不想让他受伤的身体还要再损耗灵力。
这些时日以来，初空都在耐心教祥云兵法以及剑术，祥云学得满脑子浆糊，全靠死记硬背。而在另一边，锦莲想起妹妹锦萝对自己的指责，心里自然是有些难过，可当他想到父母临终叮嘱，发誓要守护好摩罗神族，寻回石心恭迎沧海神君归来。
初空无意间得知齐国新来一位女巫医，可以解各种疑难杂症，急需会跑会跳的人参。普通凡人自然是觉得惊奇，世间难寻此物，可是初空知道对方是想找雀头参。随后初空获悉卫国大军势如破竹，目前已攻破云海关，齐国兵力恐不敌，因此他决定要女巫医把身体换回来。
果然锦萝查出初空和祥云是灵魂互换，看在初空献上雀头参的份上，答应收治二人。恰巧紫辉听到初空的声音，虽然看不到模样，却认定他就是教主，因为锦萝提前给房间布设噤声咒，紫辉只能隔着窗户使出圣凌教手诀。
初空和祥云在锦萝的引导下，成功换回身体，同时也发现被锦萝囚禁的紫辉。二人顺利救出紫辉，只是还没有想到破解结界的方法就被锦萝发现，祥云急忙挡在紫辉面前，表示他是自己和初空的朋友，今天无论如何都要带他离开这里。
因为祥云和初空已经是肉体凡胎，已经完全失去灵力，所以他们根本不是锦萝的对手。关键时刻，紫辉替祥云和初空挡下一击，意外恢复丢失的记忆，想起锦萝以解莺时的身份接近自己，夺取自己的女娲石心。
尽管锦萝拼命解释着苦衷，可是依然无法平息紫辉的怒火，对她又爱又恨，质问她接近自己的真正目的。锦萝无话可说，直接站起来让紫辉将她的心挖去，紫辉终究有些不忍，决定要先找回石心查出真相。
随后紫辉和初空、祥云二人道别，各自还有重要事情要做。昊轩天帝谎称李天王在凡间历劫时遇害仙陨，为防止有损于李天王的颜面，便让钱天王充当目击证人。钱天王没有怀疑昊轩天帝的用意，爽快答应下来。
如今大战在即，祥云和初空月下共饮，虽然她心有不舍，可是在大义面前，二人应当担负起自己应尽之责。祥云对初空千叮咛万嘱咐，并且送出自己的贴身手帕，初空则是主动亲吻了祥云。
待初空离开后，祥云入宫陪伴太后，很快收到初空取得首胜的消息，又得知卫国已经增员十万大军，前线吃紧恐对初空不利。祥云带着太后去大国寺祈祷，故意设计将馨然引出，馨然作为卫国细作想要刺杀太后，结果中了祥云的圈套。
皇帝及时赶来捉拿馨然，也因保护太后而受伤，最终皇帝和太后重修旧好，祥云坚信初空能从战场上平安归来。太后看出皇帝堪当大任，便将她的玉佩交予皇帝，两枚玉佩合并正是逐浪九峰，祥云在玉佩上得到李天王留下的童谣线索。
时间一久，初空活着的希望愈发渺茫，祥云真切体会到初空肩负着守护天下的责任，不仅要在凡间保护百姓周全，更要在天界保护六界安宁，令她由衷感到敬佩。所以祥云绝不能让初空元神受到伤害，为赶在初空身死之前，留下遗书给太后和皇帝，独自饮下毒酒赴了黄泉。
而在另一边，初空虽赢得战争，却是战死沙场，爱与责任本就没有性别之分，公主和将军亦担负保家卫国之责，共同回归天界。九重天上，祥云和初空正面相遇，紧紧相拥，珍惜着彼此的感情。
初空和祥云坐下来询问对方在人间的情况，初空毫不客气地提及李天王的命簿，故意表示要拆了姻缘阁，祥云听到后有些着急。忽然祥云想起玉佩留有童谣的线索，似乎与那晚孩童们念得童谣有关，决定要想尽办法把人找出来。
紫辉独自一人直闯摩罗神族，发现摩罗族护法锦莲竟是自己的好兄弟千忍，更知道他与锦萝之间的关系。意识到兄妹俩把自己当复仇工具，紫辉怒不可遏，纵是千忍怀念在凡间的经历和感情，但他始终不敢忘记承诺，那就是无论如何都要拿到石心迎回沧海女帝。
没过多久，祥云通过小仙得知李天王遇害的消息，急忙跑去追问缘由，结果遇到红线翁得到证实。初空听闻祥云已经知道李天王的死讯，担心她会想不开，赶紧过来安慰，看到祥云坐在姻缘阁伤心难过。
昊轩对外宣称李天王下凡历劫遇大妖，终不敌与其同归于尽，祥云得知后痛苦万分，在初空的陪同下祭拜李天王，顺口提及他平日里最喜欢玩字谜。初空通过童谣分析李天王留下“神谕改，沧海冤”六个字，惊觉事关三万年前的真相。
此时昊轩派人来找初空，询问他这次历劫元神为何没有变化，表示会将历劫命簿交由孙天王处理。孙天王故作哀痛，道出自己亲眼目睹李天王使出逐浪九峰的大招，结果这句话彻底引起初空的怀疑，因为他知道李天王根本没有练成逐浪九峰，显然是孙天王受昊轩指使对李天王的死有所隐瞒。
趁着初空去见昊轩的工夫，修茗前来关心祥云，但是遭到祥云冷漠回应。看着祥云逐渐远去的背影，修茗知道她这次下凡历劫元神没有受到伤害，总算是落下心头大石，只要看到她安好就足矣。
初空往回走时满脑子都是昊轩与孙天王说过的话，令他加深对昊轩的怀疑，并且觉得当年沧海的事情或许存在诸多冤情。也正因如此，初空想到修茗对沧海情深义重，始终坚信对方的清白，于是便找他询问细由，修茗无法拿出有力证据来证明沧海，却以自己的元神来发誓，相信她绝不会做出这等残忍的事情。
随后初空找到祥云，与她提及同源元神的事情，认为这件事与李天王留下的字谜有关，似乎线索都已指向三万年前。所以祥云和初空决定着手调查，一同寻找字谜的答案。然而关于三万年前的记载甚少，像是有人刻意抹去，使得情况更加蹊跷。
孙天王奉命监视初空和祥云的一举一动，向昊轩禀报祥云与李天王关系很好，昊轩则是让他继续盯着，若有异动立刻来报。祥云带着初空给李天王过生辰，特地拿出贮存四千年的桃花酿酒，表面故作释怀，实则心里难受。初空感同身受，像是对着李天王承诺会保护好祥云，不让她受到任何伤害。
接下来的一段时间里，祥云和初空搜罗各类典籍翻找线索，初空意外发现上古神器玄天镜可观上古之事，目前暂放在长宁殿，没想到玄天镜早已被人毁坏。放眼整个三界，能够轻易闯入长宁殿毁坏宝物之人，恐怕只有昊轩天帝，偏偏还在李天王死后线索中断。
祥云突发奇想回到三万年前，或许就能窥探真相，初空记得曾在古籍上看见可以利用天玑盘打开时空隧道返回三万年前。因为天玑盘乃是摩罗族圣物，初空亲自来向锦莲借用，许诺会查清真相还沧海清白，最终锦莲答应借出天玑盘。
眼看着七星连珠之日将至，祥云和初空准备趁着星象混乱之际下凡，如此就能掩盖踪迹，避免被昊轩发现。红线翁和转命星君意欲阻止未果，孙天王奉命前来查看情况，也因他的出现，初空和祥云不得不喝下忘川，并且给天玑盘设下禁制，从他们失去记忆的那一刻，天玑盘就会出现，只要启动天玑盘就会送他们回来。
三万年前，摩罗王后诞下公主取名沧海，摩罗王自知违背祖训逆天而行，愿一力承担过责惩罚，不愿连累女儿。转眼三千年过去，沧海掌管摩罗一族，亦是统治六界的女帝，摩罗皇室向来都是双生，唯有沧海竟是独生，肩负重任。护法锦城为其挑选各部族中最优秀的皇子，希望沧海能够早日成婚。