耿玉京终日以泪洗面，可又说不出话来，西门燕拼命哄他开心，要带他去找郑巧儿，耿玉京断定郑巧儿已经被刺死，他躺在床上暗自垂泪，西门燕决定给耿玉京下猛药。
西门燕和牟一羽假扮成西域来的人，他们强行带着耿玉京来荷月轩，主人荷月认为他们是来找最有名的歌姬苒苒，就派人送他们过去，苒苒飘飘而至，隔着纱帘自弹自唱“牡丹亭”，苒苒悠扬的歌声加上曼妙的琴声，牟一羽和西门燕深深被打动，耿玉京触景生情，不由地想起死去的郑巧儿，他伤心地泪流满面。
郑巧儿让苒苒换一支欢快的曲子，牟一羽不想她破坏气氛，强行把她拉出来。苒苒走出纱帘，对耿玉京好言相劝，耿玉京说不出话来，苒苒就陪他喝酒，耿玉京借着酒劲想起和郑巧儿在一起的一幕幕往事，苒苒陪在他身边，即兴唱了一首小曲。荷月拦住西门燕和牟一羽，当面拆穿他们俩假冒西域人，怀疑他们和轰动京师的案子有关，西门燕百口莫辩。
西门燕和牟一羽担心身份败露，赶忙带着耿玉京离开荷月轩。第二天一早，西门燕带耿玉京去郊外放风筝，看着风筝越飞越高，耿玉京的心情豁然开朗，脸上露出久违的笑容，耿玉京从风筝的原理悟出了“道法自然”的真谛，他赶忙回去关起门来认真修炼，西门燕和牟一羽不便进去打扰。
戈振军被蒙面黑衣人追杀，西门燕及时赶来为他解围，掩护戈振军顺利逃离，原来，这是魏忠贤，许显纯和无量设的J计，想用戈振军做诱饵，将耿玉京，郑铁岗和牟一羽等人一举歼灭。西门燕把戈振军救回来，耿玉京看到戈振军，激动地热泪盈眶，戈振军声称无量投靠了魏忠贤，耿玉京向他打听父母的情况，戈振军不置可否。
牟一羽和郑铁岗都看出戈振军不对劲，他的伤都是皮外伤，郑铁岗不想打草惊蛇，更不想耿玉京伤心，只能静观其变。耿玉京拿出母亲给他做的小衣服，戈振军睹物思人，就讲起了何玉燕的事，戈振军承认他深爱着何玉燕，可何玉燕和耿京士两情相悦，之后，耿京士和何玉燕被人栽赃陷害，他轻信别人的谗言错杀了耿京士，耿玉京根本不信，可戈振军言之凿凿，他连连向耿玉京赔罪，耿玉京原谅了他，然后扑倒在他的怀里嚎啕大哭。
魏忠贤派许显纯带人抓捕耿玉京和牟一羽等人，许显纯带人把郑铁岗说得住处团团包围，双方展开激烈厮杀，郑铁岗死死挡住锦衣卫，掩护耿玉京，牟一羽和西门燕逃走。许显纯下令分头去围堵，耿玉京一行人逃至树林，就被锦衣卫团团包围。
耿玉京，牟一羽，郑铁岗和西门燕所向披靡，把锦衣卫打得落花流水，再加上戈振军全力相助，锦衣卫伤亡殆尽，许显纯急忙跳出来还击，无量偷偷使出两记无极掌，把耿玉京打得五内俱焚，昏死过去，郑铁岗想去救耿玉京，被许显纯死死拖住。
无量想对耿玉京痛下杀手，戈振军想起何玉燕临终嘱托，奋不顾身站出来挡住无量的无极掌，他被打翻在地，耿玉京见状，他用无极心法恢复内力，飞身跳起来冲无量狠劈过去，耿玉京犹如神助，把无量当场打死，许显纯也身受重伤，他不敢恋战，只能眼睁睁看着耿玉京一行人逃出树林。
戈振军受了重伤，他已经奄奄一息，拼尽最后一口气向耿玉京说明真相，当年他是趁耿京士不防备把他杀死，戈振军一直不敢承认，就是担心耿玉京会离他而去，说完这番话，戈振军就永远闭上了双眼，耿玉京伤心欲绝。
耿玉京给戈振军收尸，然后按照武当的规矩把他火化，耿玉京想把戈振军的骨灰带回武当。郑铁岗收到郭璞的飞镖传书，他不敢耽搁，立刻来到约定的城隍庙，可郭璞没有献身，引着郑铁岗来到河边，郑铁岗才发现来人是锦衣卫百户宋平。
宋平明确讲明郭璞在七年前就已经身故，郑铁岗半信半疑，宋平自称和郭璞是旧交，他透露了熊廷弼被关在锦衣卫的密牢，生命危在旦夕，魏忠贤给他扣上通敌叛国的罪名，宋平求郑铁岗出面救熊廷弼，答应和他里应外合救人，郑铁岗还是不敢相信他，宋平最后才承认他是皇上安排在魏忠贤身边的密探，还把密牢的地图交给郑铁岗，郑铁岗和宋平商量好救人计划。
自从戈振军死后，耿玉京就一心想报仇，可不知道仇人是谁，他只能每日借酒浇愁，郑铁岗对他好言相劝，想和他一起把熊廷弼救出来，耿玉京只想救郑巧儿，郑铁岗看他颓废的样子，就想起了无相临终嘱托，他看中耿玉京能做武当掌门，耿玉京对此不感兴趣，只想救郑巧儿，郑铁岗对他大失所望，决定叫上牟一羽和西门燕去救熊廷弼，临走把密牢的地图扔给耿玉京。
深夜时分，郑铁岗带西门燕和牟一羽闯进密牢，他们打晕侍卫，四处寻找熊廷弼。魏忠贤得知郑铁岗等人来劫狱，不由地暗自得意，他已经布下天罗地网，就等着他们上钩，魏忠贤派许显纯去抓人，宋平主动请缨去密牢抓劫狱的人，魏忠贤早就发现他是皇帝的密探，故意让他去报信，想把他们一网打尽，魏忠贤一声令下，许显纯当场把宋平掐死。
郑铁岗，西门燕和牟一羽一路寻找，最后在密牢深处找到熊廷弼，耿玉京及时赶来增援，熊廷弼想以死明志，他写了一本“辽东策”，拜托郑铁岗交给袁崇焕，催他们赶快走，郑铁岗只好带耿玉京他们逃离密牢。
郑铁岗一行四人匆匆走出密牢，被锦衣卫团团包围，许显纯派人把宋平的尸体从城楼扔下来，他下令把郑铁岗等人生擒活捉，双方展开激烈厮杀，耿玉京飞身跳上城楼，挥剑把锦衣卫杀伤殆尽，郑铁岗不敢恋战，招呼耿玉京，牟一羽和西门燕尽快撤离，许显纯带人紧追不舍，郑铁岗让耿玉京他们分头逃跑，约定最后在城隍庙汇合。
郑铁岗站在屋顶，大骂许显纯，把锦衣卫全部吸引到他身边，掩护耿玉京和牟一羽他们安全撤离。西门燕和牟一羽费尽周折终于摆脱追踪，他们一路小跑赶往城隍庙，郑铁岗一路把许显纯引到树林，许显纯下令把郑铁岗抓起来，郑铁岗不费吹灰之力把锦衣卫全部杀死，许显纯趁机从背后偷袭郑铁岗，两个人大打出手，有两个锦衣卫随后跟来，他们和许显纯联手对付郑铁岗，郑铁岗被一剑穿心，他拼尽全力把许显纯打死。
耿玉京闻讯赶来，郑铁岗因为伤势太重已经无力回天，他把熊廷弼的“辽东策”拿出来，让耿玉京交给袁崇焕，叮嘱他务必找到郑巧儿。说完这些话，郑铁岗就撒手人寰了。张公公奉命押送熊廷弼去法场，不明真相的百姓网熊廷弼身上扔鸡蛋和烂菜叶，大骂他是卖国贼。
行刑时刻一到，刽子手刚想把熊廷弼斩首，天上突然雷电交加下起了大雨，熊廷弼仰天大叫，慷慨赴死。
郑铁岗死后，耿玉京再次陷入迷茫，不知道该何去何从，有一个蒙面黑衣人突然来找耿玉京，带他来到郭璞的墓前，黑衣人使出七星剑法，自称他叫郭璞，是郭东来的儿子，耿玉京把郭璞当年写给父亲耿京士的信拿出来，郭璞把郑巧儿叫出来，耿玉京和郑巧儿久别重逢，两个人抱头痛哭，郭璞见状赶忙躲开。
耿玉京一直坚信郑巧儿还活着，可是始终杳无音信，没想到郑巧儿除了养腿伤，就是盼着耿玉京来找她，郑巧儿发誓再也不和耿玉京分开，迫不及待想去找爷爷，耿玉京只好承认郑铁岗已经死了，郑巧儿伤心地痛不欲生。
耿玉京带郑巧儿冒雨来坟前祭拜郑铁岗，郑巧儿跪地不起，哭得撕心裂肺，后悔把郑铁岗一个人留下来，耿玉京只能对她好言相劝，郑巧儿端起酒壶一饮而尽，想和郑铁岗最后醉一回。牟一羽和西门燕来到城隍庙，西门燕不放心耿玉京，牟一羽坚信耿玉京能安全逃出来。耿玉京带郑巧儿来祭拜戈振军，发誓要把戈振军的骨灰带回武当，耿玉京越想越伤心，凡是和他亲近的人，一个个相继都死了，他不想再连累郑巧儿，想让郑巧儿远离他，郑巧儿心甘情愿和耿玉京在一起。
耿玉京想再完成两件大事，就带郑巧儿去没人认识的地方，过男耕女织的安稳日子，郑巧儿同意嫁给他，两个人深情相拥，发誓这辈子再也不分开。金鼎和得知熊廷弼被斩首示众，他才放下心来，终于除掉了心腹大患。
耿玉京向郭璞打听外公何其武被杀真相，得知戴面具的黑衣人杀了何其武，郭璞曾经和黑衣人交过手，他在黑衣人的胸前留下来七个剑痕，耿玉京不由地想起他和 一起在河里游泳的时候，看到他的胸前有七点伤痕，可是他很快就否定了。
耿玉京想刺杀魏忠贤，郭璞隐姓埋名二十年都对他束手无策，即使耿玉京杀了一个魏忠贤，还会有其他人来祸国殃民，耿玉京只好作罢，他不甘心，决定教训一下魏忠贤。郭璞连夜带耿玉京来青楼踩点，这是魏忠贤一党的新窝点。耿玉京闯进青楼，很快找到在喝酒做乐的魏忠贤，当场拔剑对准他，魏忠贤吓得连连求饶，耿玉京削掉他一块头皮就扬长而去。
魏忠贤被耿玉京羞辱，他气得大发雷霆，无量趁机说了牟沧浪很多坏话，魏忠贤派无量带锦衣卫和东厂荡平武当，答应事成之后让无量做武当掌门，无量不敢耽搁，立刻带队前往武当。郭璞打听到无量带队去武当围剿，他赶忙来向耿玉京等人报信，耿玉京当即决定去武当增援，郭璞和他一同前往。
戴面具黑衣人给努尔哈赤飞鸽传书，努尔哈赤得知魏忠贤派人去荡平武当，他欣喜若狂，只要除掉武当这个心腹大患，统一中原就指日可待，努尔哈赤立刻让金鼎和召集凌雪阁高手前往武当。
蓝水灵下定决心去道观出家，她特意来和东方亮辞行，东方亮一心只想程玮天下第一剑，他对蓝水灵无动于衷。牟沧浪逼不悔把蓝水灵和耿玉京召回来，不悔断然拒绝，牟沧浪就下令杀死了不悔的两个弟子相威胁，当他得知蓝水灵回到武当，立刻下令把她抓起来。
牟沧浪逼不悔五天之内把耿玉京找回来，否则就把蓝水灵杀死，蓝水灵誓死不屈，牟沧浪威胁要把东方亮一起找回来，让他们俩一起死。东方亮功力大增，他再次来武当挑战，他进门遇到力大无穷的大盗磐石，两个人展开激战，东方亮不小心受伤，他手起剑落就把大盗磐石打死。牟沧浪得知此事，派陆寒和轩北去迎战。
东方亮在河边清洗伤口，恍惚间看到蓝水灵，他抖擞精神再去武当挑战，常五娘看到这一幕，心里五味杂陈，遗憾没有人对她如此痴情。东方亮来到武当，陆寒和轩北早已经等候多时，东方亮不费吹灰之力就把他们俩打翻在地，牟沧浪随后站出来，东方亮逼他交出蓝水灵。