凯特琳和里德亲眼看着一对儿女被人活捉，别提多揪心了。劳拉、安迪、索尼娅和克拉丽丝被捉进特勤局的监狱后，变种人们纷纷为里德和凯特琳出谋划策，但组织中有些反对的声音，不想插手这家族的事情。
热心的马可斯自然是救人行动的主力军，但洛娜怀着孩子，她不想马可斯因为救人而把自己搭进去，无论是为了她自己好，还是为了腹中儿好。
刚刚被组织救回基地的读心术女孩埃斯梅，看见特拉斯克的负责人坎贝尔博士似乎想对安迪他们出手，正派人前往特勤局。埃斯梅知道安迪他们去到特拉斯克便会被当成白老鼠般的实验对象，但凯特琳和里德在埃斯梅的劝说下，试着去求助特纳。特纳虽然是特勤局的人，现在也因丧女之痛而对变种人怀有私仇，但在里德心目中他是目前唯一靠得住，能合作的人。
在捉回来的变种人中，特纳尤其讨厌索妮亚，因为她夺走了自己关于女儿离世前的记忆。就在特纳打算寻求方法逼索妮亚把记忆还给自己时，坎贝尔博士的人便来到特勤局，把几名变种人带走了。
安迪等人来到特拉斯克公司，他和姐姐劳拉便被关在一个奇怪的实验室，而索妮亚和克拉丽丝则被关在另一个地方。坎贝尔博士知道这对姐弟的能力，对他们十分感兴趣，加上他们家族的基因，因此要对他俩进行特殊的实验，要求他们在封闭的实验室中重现芬里斯双子的能力。
安迪和克拉丽丝起初想反抗，但道高一尺魔高一丈，坎贝尔博士透过屏幕，在他们面前开枪打死了索妮亚。姐弟俩忍无可忍，终于牵了手。一瞬间，被设计得毫无破绽的实验室被扭开了一大块，而外面的办公室也遭到了损毁。虽然两人还未能破坏实验室，但他们的能力足以让坎贝尔叹为观止。
凯特琳和里德劝服了特纳帮忙，特纳派了一队特勤局的人员，以非法实验的名义，把安迪他们带走了。洛娜见状，也不说什么，于是让马可斯按自己的想法行事。变种人组织主动了一队人马，埃斯梅也跟着前去。凯特琳和里德在组织中和后援人员聊天时，发现了埃斯梅的谎言。
大伙儿一直以为凯特琳和里德去找特纳帮忙是自己的想法，没想到是埃斯梅的提议。与此同时，在特勤局押送犯人的行车路线中进行埋伏，也是埃斯梅的提议。
原来埃斯梅并不是真心想帮马可斯他们，因为她自己有想救的人。她要救的人，是自己的另外两位姐妹。三人的力量，不仅仅是读心术，还能控制别人的思维。三人聚在一齐，立即控制了特勤局的特工们，让他们自相残杀。在囚车中的变种人们，包括劳拉、安迪，看见眼前景象后都傻了眼。
埃斯梅杀了许多的普通人，连坎贝尔也不例外。
在埃斯梅的介入之下，变种人们摆脱了特勤局的控制。尽管他们重获自由，但对埃斯梅三胞胎并无太多感激之情。因为她们造成的伤亡太惨重了，哪怕那些是敌人，但他们很多也只是为了工作，罪不至死。
这次的事件，让里德好不容易争取回来特纳的信任，再次瓦解了。特勤局方面，在特纳的主持下，给命丧埃斯梅只手的特工们都给予了厚葬。变种人基地的成员也陷入了一片愁云惨雾，自从世界大规模地屠杀变种人后，他们的成员便一直在减少，每天都在提心吊胆地活着。这次的事件，索尼娅牺牲了，约翰在人前强忍悲痛，自己独处时，悲伤一发不可收拾，男儿泪流之不尽。克拉丽丝看在眼里，为他感到难过和惋惜。
这次的袭击，埃斯梅三胞胎早有预谋。她们回到自己的组织，地狱火俱乐部，和接头人会面。地狱火俱乐部是历史悠久的一个组织，成员都是一些有社会地位的变种人。作为变种人，地狱火俱乐部一直密谋着与普通人类进行对抗，但他们和地下基地的成员不一样，他们采取的方式，往往更凶残，更极端。埃斯梅这次的任务，是拉拢历史上有名望的变种人家族与俱乐部结盟，比如劳拉和安迪。
很多人都猜出了埃斯梅的心思，并知道她们背后有强大的势力。渐渐地，地下基地变产生了两个持有不同观点的派别。一方认为埃斯梅另有所图，另一方面则强烈要求与埃斯梅合作，保住基地。
地下基地人心各异，这次的事件，安迪和劳拉有不可推卸的责任，斯特拉克一家决定暂时离开基地，寻找其他自卫的方法。劳拉把家人带到费尔伯恩职业学院，她的男朋友韦斯在此处进行接应。劳拉与韦斯分隔多日，刚见面便如胶似漆。里德看见女儿的脸上出现了久未绽放的笑容，也不再对韦斯有所偏见，认为只要女儿快乐，其他事都可以放在一旁。
地狱火俱乐部的高层催促埃斯梅尽快完成拉拢重要盟友的事情，三胞胎别分别找到安迪和洛娜，劝说他们作为代表，加入自己的阵营。洛娜对埃斯梅怀有戒心，但心底里却是希望寻找有实力的盟友，对抗特勤局和实验室的人。埃斯梅为了劝说洛娜，把她一直三缄其口的身世拿出来谈。原来洛娜的父亲是变种人名门，不仅是地狱火俱乐部的成员，还是一位出色的领军人物。洛娜自从怀孕后，她的能力变越发地出众，她体内流着深厚的变种人基因血脉，维护变种人，是她的使命。
特纳不知从哪里收到变种人基地的消息，带上一支拥有高科技和大量被驯化的变种人军团，一起攻打了变种人基地。大伙儿又得一边逃跑一边对抗，流离失所。就在大伙儿被特勤局的人追杀时，安迪他们和马可斯汇合后，便一起逃跑，突然间，安迪听见了一个声音，随便让大家跟着他指去的方向逃跑。
事已至此，大家被逼进末路，只好信任安迪。果然，埃斯梅早已控制了特勤局的人的思想，在路上挟持了车辆，带大家撤离。
大伙儿再一次欠了埃斯梅的人情，但他们不知道，这一切都是埃斯梅计划之内的事。
埃斯梅三姐妹再次介入特勤局和变种人基地之间的冲突，让基地的同伴们，产生了意见的分歧。有人意识到普通人类世界要把他们赶尽杀绝，他们必须奋起对抗才能生存。另一派的人却认为过激的反抗只会让双方的关系越演越烈，只有通过和平的解决方法，才能让双方在地球上和谐共存。
洛娜、安迪听了埃斯梅对地狱火俱乐部的介绍后，虽然对这三姐妹有所顾忌，但这个强大神秘的组织，对他们有着致命的吸引力。
最近的几场冲突，在人类社会一石激起千层浪。在坎贝尔教授的推动下，夏洛特市即将举行一场名为“人类权益峰会”，实为探讨对变种人赶尽杀绝的集会。会议上，众多政要、富豪都会出席，他们这次不分肤色、不分阶层，只为同一个目的，为了自己的种族而去灭绝另一个种族。
基地的同伴们收到这个消息后，决定采取行动。他们认为里德的父亲奥托研究了抑制X基因的课题这么久，一定有一些具有价值的东西。就在斯特拉克一家努力回想家里发生的事时，坎贝尔教授也跟他们想着一样的东西。里德的母亲被坎贝尔盯上了，大伙儿发现时，里德他们立即赶去。在向老母亲解释一番后，总算让老母亲了解清楚奥托的所作所为，还有里德、安迪和劳拉的真正身世。
然而特勤局并未仁慈地让这家人多享受一会儿天伦之乐，很快，他们便追到保险公司门口。自从索尼娅死后，安迪便恨透了特勤局，他觉得索尼娅的死是自己的错，如果那天他和劳拉施展能力，那么索尼娅就不用死。特勤局的人追来时，安迪对他们下了狠手，幸得劳拉及时阻止并拉走他，才没有让无辜的特勤局职员丧命。
另一边厢，洛娜和埃斯梅还有约翰、克拉丽丝他们结伴，先是利用超能力挟持了一名拥有参会资格但行动不便的富翁，让他以换保镖的方法，把洛娜和埃斯梅换走原来的保镖，让他们混进会场。这位目标富翁是曾经参与了折磨变种人的实验，埃斯梅对他恨之入骨，在达成目的后，打算痛下狠手，可是被克拉丽丝阻止了。克拉丽丝看在眼里，觉得埃斯梅即使帮助变种人组织，但她跟大伙儿不是一路的。
里德一家依依不舍地和老母亲分别，离别时，老母亲告诉了里德他们一个重要的消息，就是奥托曾经和一位叫玛德琳的旧同事经常联系，找到她可能会获取一些有用的资料。
洛娜他们混进会议后，在会场里制造了混乱。特勤局的人毫不留情，约翰在一片混乱中受了伤。
变种人的闯入并未让坎贝尔受挫，反而让更多的政要富豪看见了变种人的残暴，让双方的关系更加紧张了。