调查全世界“奇迹”真伪的奇迹调查官，平贺·约瑟夫·庚与罗伯托·尼古拉斯·尼古拉斯。他们被扫罗大主教，命令去圣罗萨里奥教会调查。那是主张“怀上了神之子”的修女·多洛丽丝受孕的真伪，还有找到了印证恶魔崇拜疑惑的“蛇之符契”的碎片。在现场开始调查的两人，感到了教会中有不稳定的气氛。

在圣罗萨里奥教会，一个神父被杀了。第二天，圣母像流泪，在寄宿学校的学生马里奥一副恍惚的状态说出神谕。平贺和罗伯托调查不断发生的“奇迹”的真伪。那个时候，学生卡洛斯似乎在害怕着什么闭关在自己的宿舍里。此时，事件再次发生，这次神父和修女两个人被杀了。然而平贺发现了一连串的杀人事件的共通点。

的暗部神父被杀事件再次发生。平贺和罗伯托为了寻求线索，潜入了创办了寄宿学校后死亡的米海尔·伯朗主教的房间，但在那里却发现了表示恶魔崇拜的符契碎片。第二天，卡洛斯一副被恶魔附身的状态突然狂暴起来。平贺和罗伯托拿着圣水，决定尝试除魔。不久后，恢复平静的卡洛斯说着，也可称为圣罗萨里奥教会的黑暗事实。