蔡元培带着北大的老师来到游行示威的学生团体中，学生们情绪激动地表示要去自首与那被捕的三十二名学生一起进监狱。蔡元培镇定地告诉他们，他们是读书人决不能做乌合之众似的事情，出了这样的事情他深感内疚，决心引咎辞职。但在这之前他会亲自去京师警察厅将三十二名学生营救出来，李大钊也告诉学生们爱国更需要冷静再冷静。
政府会议上，总理钱能训宣读决定，要撤除蔡元培的校长职位，并封闭北大校园。对此，教育部总长傅增湘直接提出辞职，学生游行是受爱国心趋势，他们抓捕学生撤换校长就是火上浇油，会引起更大的动荡。钱能训拉着他，表示自己也和他一样明白这些道理，但他们拗不过段祺瑞，如此安排也是无奈之举。谈起蔡元培的后继者，他们亦深感除了蔡元培谁也管控不了现在的北大，吴炳湘想要通过这群学生作为挟持蔡元培，瓦解学生的工具。吴炳湘是段祺瑞的嫡系，傅增湘对此很是担忧，但现在唯有这条钢丝可以往前走了。
李长泰来到吴炳湘处商讨被捕学生的事情，蔡元培直接闯了进来，吴炳湘倒还懂些礼数，他坦言告诉蔡元培自己也是被徐世昌大总统所训斥，职责所在实在无奈。李长泰竟开口直接斥责游行示威的学生是国家的犯人，蔡元培据理力争李长泰竟是伸出手来指着蔡元培训斥毫无礼数和廉耻，吴炳湘差人将李长泰拉出去，也就此溜走躲开蔡元培。
被捕的学生在监狱中呐喊着毋宁死不独立，但狱卒根本不管不顾只用监狱犯人的看官方式侮辱和苛责着学生们。游行示威的学生群体中也出现了内讧，傅斯年的总指挥被撤销愤怒离开，邓中夏、赵世炎等人提出要联合北京十四所高校罢课全力营救被捕学生，敦促各校校长与政府交涉保释被捕学生，并要求惩办卖国贼同时致电巴黎代表团死力抗争绝不签字。
陈独秀和李大钊撑着伞走在泥泞的小路上，他们在今天终于感受到了《新青年》存在的意义和力量。陈独秀问李大钊是否有找到中国的道路和真理，李大钊相信马克思主就是中国的真理和道路。陈独秀已开始将《共产党宣言》进行刊登，二人对俄国的十月革命看法也很一致，比起英法美陈独秀认为俄国的方式可能更适合中国。从今天起，他们二人要并肩走上这条和反动政府对抗的道路，李大钊表示光靠学生不行，他们必须发动起全部的中国人民，直接参与到改造整个社会的斗争中来，从根本上改造这个摇摇欲坠的社会，还要让这场暴风雨来的更猛烈一些。
政府贴出公告，要严查火烧赵家楼的事情，对为首的学生严加处罚，这一举动直接引起了学生愤懑，他们撕毁公告高喊罢课以示抗议。吴炳湘的军事警察厅门前，北京各高校的校长一直站着等待着见他，蔡元培告诉吴炳湘，他们今日此举就是为了保释被捕的学生，他解释学生的行为是为了抗议不平等巴黎和约，不是无理取闹。各大校长纷纷表示，若能释放被捕学生，他们可以集体辞职。北京各校已经开始罢课，若此事闹大肩负京师治安指责的吴炳湘也不会有好日子过，但吴炳湘只认徐世昌的命令，对于校长们的话是油盐不进。就连汪大燮亲自来见吴炳湘，将自己同外交同仁们签署的保释承文亲口念给他，吴炳湘也只是收下承文，但仍然坚持必须要徐世昌的手谕。
吴炳湘对被捕的学生一一进行彻夜审问，企图将游行的幕后指使人污蔑为李大钊和陈独秀，但学生们根本不上套，证词全部一致，不给他们任何漏洞。政府的信任危机已经形成，游行示威更加严重，商界也开始抵制日货。傅增湘第三次提出辞职，表示若不同意辞职就得释放被捕的学生。李长泰叫嚣着他们手里有枪怎么能让几个学生翻天，吴炳湘激动站起来说道，学生已经组织起北京学联，他们通过演讲等方式已经动员起全国的高校，工人、商界纷纷开始响应，就连军队都开始出现分化，等到中央公园的国民大会一开，那就任何方式都无济于事了。对此，吴炳湘提议释放学生，如果因为不释放学生而闹出大事，他就也一走了之辞职了事。钱能训也附议释放学生，徐世昌无奈同意释放，但放话5月7日北京各高校必须复课且所有师生一律不能参加中央大会。
吴炳湘打开牢门释放被捕学生，但所有学生坐在原地纹丝未动，他们每多在监狱待一天，就能引起中国人民的激愤一日，若他们的死能唤醒四万万同胞的意识，他们就是死得其所。蔡元培和陈独秀对学生们能有如此心性和意志甚为感动，陈独秀用大笑忍住眼中的热泪，大声呵斥要唤醒一个被旧思想禁锢上千年的国家绝非如此简单，这个腐朽又深陷灾难的国家还需要他们活着。学生们被这番言辞和陈独秀的霸气惊醒，纷纷站起来互相搀扶着离开牢笼。
陈独秀深以为革命者不能做自绝于革命的事情，但李大钊告诉他闹钟和炸弹是相辅相成的，为了唤醒更多沉睡的人，有的闹钟选择用自己的生命作为原料化作炸弹，以此叫醒一大批沉睡的人。同时，闹钟呕心沥血的啼鸣就是为了推进炸弹的出现，并通过培养更多闹钟，以持之以恒的毅力，唤醒所有沉睡的人。
陈独秀正思考着李大钊闹钟与炸弹的说法，海威匆匆跑来告诉他们郭心刚已经不行了。陈独秀和李大钊急忙跑来医院，郭心刚挣扎着坐起来，他知道自己大限将至，看着国家和政府如此落后羸弱，他的心中充满了痛苦和绝望。他恳请二位先生要救救这个国家和民族，郭心刚将用鲜血写就的横幅交给李大钊，回顾他和陈独秀第一次相遇的窘境，郭心刚笑称自己这个脾气实在太坏。陈独秀抱着郭心刚，称他是这个国家的英雄。郭心刚看着爱人白兰，嘱咐她要将自己带回青岛和父亲葬在一起，青岛收复的那一天，她要记得来坟前告诉自己和父亲。最后环顾一次周围的爱人和同学，郭心刚就这样离开了这个他无比眷恋又深感无奈地世界。
李大钊站立在书桌前提起笔却又放下，思索再三却是将毛笔生生折断。陈独秀抱着郭心刚用鲜血写就的“还我青岛”条幅，痛哭流涕。陈独秀写信给胡适，将连日来北京发生的事情一一陈书，更将郭心刚的死告诉他要他转告给延年。教育部李司长来到北大，却避开蔡元培将命令交给教育处老师，政府要下令裁撤蔡元培，并将被捕学生重新移交法庭审讯， 勒令北大即刻整饬学风。
张丰载带着一群纨绔子弟来到一等清吟小班，说着自己除了是报社的记者还是京师警察厅的高级警探，第二情报组的副组长，奉命收集北京学校的消息以瓦解学生组织。他要发展这些人成为线人，而兰香班就是他们接头的地点。次日，唯恐天下不乱的无知学生就开始将蔡元培欺骗背叛被捕学生，曹汝霖等人要刺杀、炮轰北大的无稽消息在北大学生中传开。鲁迅对五四运动评价甚高，但李大钊敏锐地发现被捕学生虽被释放，但社会矛盾却是更加尖锐了。安福系军阀意欲借着此风头签约并镇压学生运动，而北大成为了出头鸟，蔡元培更是在劫难逃。
李大钊来到蔡元培家中，看着蔡公只觉得他的背影落寞地令人压抑。警察厅又要传讯被捕的学生给他们定罪，若学生再次被捕那后果将不堪设想。段祺瑞要打法律牌，此举让蔡元培很难再想出合适的应对方法。汪大燮来到蔡元培处，说是段祺瑞召见了他，明令不得再出现与政府不同的声音，并直指蔡元培不能再担任北大校长，要让胡仁源顶替其北大校长一职。蔡元培早已三次提出辞职，他唯一关心地就是不能让学生再进监狱。蔡元培坦言只要学生和北大平安，他无论做什么都可以，汪大燮和李大钊一直认为三十六计走为上，现在唯有蔡元培的离开才是最好的做法。
辜鸿铭同黄侃等讨论起天要下雨娘要嫁人中的娘是指已婚的女子还是未婚的女子，他是想以此指代要走终归会走，要留的还是会留下。走至公告栏处，他们看到一群学生堵在那里，只见蔡元培留下一封告示说着“吾倦已”，便就此离开北大。辜鸿铭应学生要求解读，却只是对蔡元培信中的典故进行解答，可一群年轻人对古典文言文实在是学而不精听不懂。黄侃私自解读说是因为学生们惹了祸害的蔡元培不得不跑路，辜鸿铭当众驳斥他对蔡元培的污蔑，蔡公之所以出走完全是出于奸人所害，此举不论是无奈之举还是缓兵之计，他都坚决相信蔡元培绝不会抛弃北大。
鲁迅深知蔡元培是被政府逼走的，他走矛盾就能转移到他的身上，从而保住了被捕的学生。但为了拯救蔡元培，李大钊提出要马上组织成立北京各校教职联合会，出面同政府交涉，学联将抗议、演讲整合起来一起抵制，由北大教授写联名声明，若教育部不挽留蔡元培他们将全体辞职。
北京各大高校校长联名上书要挽留蔡元培，傅增湘将北大全体教授请愿书以及众多请愿文书交给手下代为转交钱能训，随后扭头就走直言这个位置根本不是人做的。教育总长和各大高校校长的辞职信纷纷交到政府里，学生中已经出现了极端现象，有人在演讲中劳累过度猝死，还有人留下极具煽动性的遗嘱投湖自尽。事态已经发展到了无法控制的地步，李长泰竟认为是因为政府的手段太过软弱，要用强硬手段来解决。钱能训提出此是事的根源还是巴黎条约，但徐世昌顾左右而言他，竟出具条文要依法审讯游行学生，还要对不服管制者进行逮捕惩治。
陈独秀、胡适和李大钊带着学生们布置着郭心刚的灵堂，长津店的工人们也赶来吊唁，并表示徐世昌胆敢卖过工人们绝不答应。白兰回忆着郭心刚同自己描述的青岛，她的哭泣令在场所有人都更感痛苦。延年乔年等人也回到北京吊唁朋友，陈独秀亲笔写下“君去矣甘将热血红青岛 吾来也不许狂奴撼泰山”的挽联，个人和国家的命运是分不开的，陈独秀深感要救国就得有牺牲，没有牺牲就不可能有胜利。李大钊深以为郭心刚是北大和全中国的英雄，并同时宣布北京学联和教职工联合会的决定，自五月十九日起北京全体学校总罢课。看着郭心刚以鲜血写下的“还我青岛”，众人拉起手来为郭心刚默哀。
李大钊组织北大学生将罢课和抗议、讲演结合起来，并要同上海、长沙等地的学生和工人阶级形成横向联合。陈独秀写就《为山东问题敬告各方面》的文章，要告诫大家青岛问题是全中国所有人的事情。
陈独秀指出国民斗争的矛头应该指向卖国政府，并让延年乔年必须在即刻把文章油印出来。次日，学生们在街头发着传单，展开演讲，激动地喊着爱我中华保卫祖国的口号。赵世炎、邓中夏、许德珩等学生代表走上街头，将学联的宣言进行阐述，痛陈卖国政府的种种劣迹，整个街头都充斥着爱国的呐喊。李大钊在长津店内，高声将日本无理霸占山东青岛，软弱政府竟要签订丧权辱国的巴黎条约一声进行宣讲，工人们每日流血流汗，但他们从未能在这个国家上真正获得自己的权利。李大钊呼吁工人们对于学生们的爱国行为要予以支援，工人们握紧拳头高喊誓死捍卫主权。
听着延年天下兴亡匹夫有责的演讲，纺纱机专卖处的处长沈德玲也走上演讲台，表示会将纺纱机的专利公开给国人，以图中国的技术发展。警察冲进来要驱赶聚集的人群，白兰站上演讲台，厉声斥责他们是一群头戴警帽手拿警棍的糊涂虫，学生们此举是为了救中国，也是为了救他们。警察们听着白兰声嘶力竭的呼喊，竟纷纷放下警棍，甚至转而支持起学生们的呼吁。
湖南长沙，毛泽东将二十多所学校的代表召集起来，协商声援北京的五四运动。邓中夏受陈独秀和李大钊委派来到此处，作为土生土长的湖南人，回到家乡他是又感慨又激动。邓中夏将北京的情况如实向在场师生进行汇报，事到如今学生们能做的就是要坚持下去，一起掀起一场全民族的爱国主义运动，拯救这个濒临崩溃的祖国。谈起此次运动的目的，邓中夏当即表示，他们就是要促使政府拒签巴黎和约，唤起全民族的觉醒，让劳动者成为天下的主人。邓中夏将陈独秀撰写的文章发放给湖南的学生，毛泽东浏览后，宣布要马上成立湖南学联发动全省总罢课，并联合湖南各界形成大联合，以此向政府施压。同时，他还建议创办《湘江评论》和北大的《每周评论》呼应起来，德才兼备的毛泽东也理所应当的被推举成为了《湘江日报》的主编。
天津南开大学内，学联副会长马骏将赵世炎和周恩来介绍给众人。赵世炎将北京学生运动的情况进行了阐述，将带来的《每周评论》分发给学生们。天津女界爱国协会的邓颖超提出由刘清扬带队组织学生赴京请愿，还将天津学界起草的宣誓书进行阐述。南开也创办了天津学联报刊，周恩来被聘请成了天津学联报刊的主编，他向众人将报刊目前的情况和整体的创办主旨等内容做了详细精要的介绍。并提出要以革新和革心为主旨，号召用新思想改造新青年，将这样的有志之士集合起来，唤醒中国人民的意志。南开为了换取捐助经费，竟要聘请曹汝霖为校董，周恩来走到示威的学生群体中，厉声将消息公之于众，并声称这是南开的奇耻大辱，他高呼誓雪国耻带领学生团体去向校方进行抗议。
北京政府内，钱能训代徐世昌召开会议，日本公使提出要中国政府拿出强硬手段对待学生运动，吴炳湘指出全社会各阶层都已卷入这场活动，矛头已直指政府，若不采取强硬手段势必会引出更大的骚乱。总统府提出要加强巡逻，严禁集会游行和发传单的社会激进行为，不服制止者就要进行惩罚。钱能训指出要软硬兼施，硬也要有度，但吴炳湘对钱能训左右圆滑的言论十分不满。最后众人达成协议，让学生提前放假，增加文官考试制度，并派遣密探打入学生内部进行策反工作。
北大校内学生们看到政府要求严格取缔排日风潮的通告，联想到现如今连马队都上了街上巡逻，见人就打，气焰十分嚣张，学生们决定坚决不执行三日复课令，若再无法抵制他们就离开学校另谋救国之路。
陈独秀让延年乔年去红楼将油印机搬过来，要将对于日使照会及段祺瑞的感言都印刷出来，明日由十人团散发。延年乔年离开后，遇上了于正庭等人，本应忙于明日演讲的他们却手拿宣传单资料说着师命难违要去给傅斯年等人送过去油印。看着宣传单上写着北大要迁往上海的消息，延年很是惊讶，胡适却觉得学校搬去上海远离北京的政治漩涡，学生能安心学习才是最重要的。
延年搬着油印机回来，陈独秀问起他们这么晚回来的理由，乔年将胡适撰写将北大搬往上海的倡议书情况告诉给父亲，陈独秀很是震惊。他看完倡议书，大怒胡适如此做法就是釜底抽薪，会让学生运动功亏一篑。但延年认为胡适也是北大的教授不是陈独秀的跟班，他有权表达自己的思想和理念。陈独秀推开众人的阻拦直奔红楼，大喝胡适此举就是背叛，会制造分裂。李大钊赶紧安抚，但陈独秀言辞激动，勒令这批宣传单和签名信一个都不能发。
李大钊同胡适进行过沟通，胡适是害怕北洋政府真的下毒手把北大解散，将陈独秀等人抓起来，他认为将北大迁走就能保全所有人。但李大钊也认为这都是胡适的思想发生了偏颇，将国家和个人的命运主次关系闹混了。陈独秀表示北大南迁无异于逃跑，胡适若真成了瞻前顾后的谋士，如何能担得起青年导师的名声，他表示胡适是自己带来北大的，就应由自己把他拉回来。胡适赶来红楼，陈独秀告诉他北大南迁的倡议书已被全部销毁，他不能成为被北洋政府驯服的绵羊。胡适归国就是为了做好新文化，他一心致力于启发中国人们的思想，仍旧认为学者应该和政治划清界限，政治只是政府的事情。他支持五四运动，可现在所有学校都罢课了，没有人认真搞学问了，难道这就是陈独秀想要看到的中国。但陈独秀告诉他，中国的生意盎然是斗争来的，不是等来的，中国之所以有如今的局面，就是因为郭心刚太少，胡适之太多。