陈独秀独自坐在房间的椅子上，点燃的煤油灯一直照耀着他严肃的脸庞。清晨，起来的延年拿起一捧米喂给鸽子，看着父亲的房间扫着地。陈独秀光着脚衣衫不整的躺在桌子上熟睡，手里紧握的稿子写的是《研究室与监狱》，对社会文明的存在和发展发起了尖锐的探讨。
李大钊站在街上进行宣讲，天津和上海的学生实施罢课以支援北京学生运动，北大学生要求严惩卖国贼，青岛不签字，不接受胡仁源出任北大校长，并立志非允后不散。北洋政府暴力镇压学生运动的暴行激起了人民群众的极大愤慨，北京数十家高校师生及工人、商人等各阶层群众纷纷发起游行，五四运动迅速蔓延，像一座座火上在全国各地爆发。
代理教育总长傅岳棻和吴炳湘等着钱能训，上海已经出现了三罢，且欧洲巴黎东京都已出现了大规模的抗议活动，各外国势力都在要求北洋政府马上控制局势。段祺瑞要求想尽一切办法务必稳住北京的局面，徐世昌决定撤离步兵、宪兵等军队，由京师检察厅全权负责北京的治安。吴炳湘对此颇有微词，军队都不在了光靠警察有何用，但事已至此，傅岳棻要求释放被捕学生并且军警不得再掺和学生的事情。为此，吴炳湘又和傅岳棻嚷嚷了起来，钱能训气愤地阻止了二人的争执，让他们马上去处理各自的事务，吴炳湘拿着裁撤军队的命令无奈地叹着气。
徐世昌发布总统令，宣布释放被关押的学生，并撤离所有警察。但看着被打开的房门，学生们无一人走出。北京学联向全国发出电文，政府如此无理关押爱国学生，蔑视人权，这样何以为国，他们决不能自行散去，他们要求罢免曹汝霖、章宗祥和陆宗舆，如此他们才会走出“监狱”。面对学生的要求徐世昌召开会议，眼下巴黎中国代表团的驻地已被围得水泄不通，再不释放学生，代表团的成员恐怕就会被当作卖国贼被围攻。钱能训提出不能因为这么几个人而不顾大局，徐世昌看着众人纷纷响应钱能训的提议，这才慢吞吞地要副总统代为向学生致歉，并发布了对曹章陆三人的罢免令。学生们得知曹章陆三人的罢免命令，高呼中国学界万岁的口号，庆祝他们获得的胜利。
陈独秀同李大钊、胡适、鲁迅等人在编辑部喝着茶，谈起学生运动和巴黎和约，鲁迅提出是时候打掉国民性中逆来顺受的奴性，但胡适却认为第一要务是上课，爱国和救国应是长久之计。陈独秀对此深为不认同，他打断这一话题，提起《新青年》下一步的打算。众人皆觉得应该趁热打铁拒绝签订巴黎和约，如此腐朽的政权应该和他斗争到底。但胡适却不主张暴力革命，与众不同的想法让他和编辑部的同仁已是接任不同。
陈独秀和李大钊提起要考虑胡适的感受，不要对他太过批驳让他觉得受到孤立，李大钊只是将胡适当做自己人所以才直言以对。陈独秀和李大钊对马克思主义已经有了一定的倾向，二人对马克思主义有了进一步深入地认识和理解。但中国目前还尚未有全部的马克思主义著作，他们决定将现有的资源同中国的实际相结合，李大钊越来越肯定马克是主义是中国的唯一出路，更觉得俄国十月革命是先进的革命，它是无产阶级社会主义的革命。列宁认为社会主义革命可以在帝国的薄弱处爆发，李大钊深以为然，觉得像中国这样积贫积弱的国家也可以走社会主义道路。
陈独秀邀请李大钊和胡适来家中吃饭，延年拿着邹永成将军送来的两壶酒，陈独秀倒出酒来想和他们庆祝学生被释放，五四运动获得胜利的喜悦。乔年气愤地看着延年进去和父亲、先生一起吃饭，未成年的自己却要和弟弟妹妹们坐在院子里吃饭，抗议这也是封建礼教。陈独秀拿出自己编写的《北京市民宣言》，交由延年进行念读，提出五条宣言，要求民众拥有集会自由等权益，陈独秀就此要将学生运动拓展为社会运动，并要公开宣称若政府不同意便将斗争进行到底。李大钊对此当然是非常高兴，更是提出自己要亲自上街去发传单。胡适劝他已经是北大的青年导师，不必做这些自毁学术前程的事情。三人的思想矛盾已经越来越大，胡适自知和陈李二人的想法已渐行渐远，喝得大醉的他推开众人独自踏上回家的路。李大钊知道陈独秀已不再方便出面，对于这篇宣言的印发他决定由自己全权负责。
延年跑来认真地询问陈独秀是否会去发传单，陈独秀回复他自己已经安排好一切，并嘱咐他不用做任何事情。张丰载看出了传单中陈独秀的字迹，他提出要吴炳湘马上派出警察对发传单的人进行抓捕，目标直接锁定陈独秀。
李大钊准备好要发的传单和要穿的衣裳，看着怀表默默地坐着等待着时间的到来。易群先即将离开北京，临行前向陈独秀辞别，陈独秀将自己曾在杭州写下的诗送给易群先，意在表达作为革命者就要不害怕失败，始终保持不屈不挠的意志，易群先收下诗词感念先生对自己的勉励。
天桥新世界游艺场内，陈独秀和高一涵喝着咖啡，等待着李大钊等人来撒传单，按计划他们撒完传单就会到红楼图书馆汇合。李大钊和邓中夏、赵世炎等人走入游艺场内的戏院，安排好了各自的位置就行动起来。陈独秀和高一涵站在二楼准备撒传单，高一涵叮嘱陈独秀不要在二楼撒传单，这样目标太过明显不安全。陈独秀说着明白，就让高一涵先下楼去，自己随后就到。
李大钊也登上戏院的二楼，陈独秀缓缓打开装着传单的包裹，戏曲鼓点一阵阵急促地奔向高潮，英雄气短，但必须为所当为之事。陈独秀和李大钊将传单扬起，并高喊要抵制签订巴黎和约，坚决驱逐卖国贼出京。在外围盯着的学生看着跑来的警察赶紧进来报信，并拉着李大钊离开躲进了演出的后台。陈独秀淡定看着张丰载带着的警察上楼来，丝毫都没有要逃离的念头，就此，陈独秀被捕入狱。
延年和柳眉白兰等人在北大找寻了一通都没有找到陈独秀，却等来了陈独秀破坏社会治安的拘捕令。面对警察的嚣张气焰，君曼丝毫没有退缩，她将孩子们护在身后，冷静地面对着警察的搜查。延年跑来向李大钊报信，陈独秀被捕李大钊就是下一个抓捕的对象，高一涵力劝让他回老家避避风头。陈独秀是社会名流政府并不能将他怎样，但李大钊情况特殊，在众人的规劝和拖拽下李大钊总算是离开了北京。
陈独秀带着手铐脚镣被警察拖来吴炳湘的面前，吴炳湘佯装生气大怒他们如何能用这样的方式对待社会名流和新文化的领袖，并亲自蹲在地上为陈独秀解开脚镣。陈独秀是因为爱国而被捕，他的被捕已成了报纸报刊的头条，吴炳湘声称自己已经做好了一切准备，他既然能把陈独秀请到这里就不会半途而废。陈独秀提出自己在监狱里也要读书和写作，即使不发表也可以。吴炳湘说这监狱里没有名字，他以后就只能被称为178号。
邓中夏将孙中山同徐世昌、段祺瑞的代表会谈时说的话传达给众位学生，对于徐世昌和段祺瑞的无耻行为孙中山十分气愤，学生们也就此提出抗议政府无端抓人，立即释放陈独秀的要求。回到来家的李大钊心中十分记挂陈独秀的情况，他每日都找来报纸阅读关注着北京的动态。磨墨提笔，李大钊致信邓中夏感激学生们对陈独秀的营救，并再次强调了要实现强迫政府拒签巴黎和约的最终目的。
胡适叫来编辑部的同仁商讨对策，他提出由自己暂时来承担《新青年》和《每周评论》的主编，但钱玄同、鲁迅等人都认为《新青年》只有陈独秀可以领导，现下先行暂停出版。至于《每周评论》则可由胡适暂时担任主编，继续办下去。
全国各地都在积极开展营救陈独秀运动，上海已经成为全国运动的中心，李大钊来信提议将全国学联设立在上海，以此可增强学生运动的影响力。各地学子都汇聚北京，巴黎和会的签字时间即将到来，北洋政府已经电告巴黎表示若抗议无效就在合约上签字。北京巴黎两地将联合行动，各省请愿代表随后将到总统府请愿，巴黎也将有三万华人包围中国代表团驻地和陆征祥住所，不达目的决不罢休。
钱能训对于陈独秀被捕一事实在是不能再承受，学生运动已成洪水猛兽，这已经不是他们能够阻止的了。徐世昌感叹这世道是要大变了，秀才造反了也会搅得天翻地覆，钱能训告诉他，陈独秀他们是要用外国的理论来改造中国，他不清楚这是什么理论，但他知道自己已经落伍，若能急流勇退还能抱有一丝颜面，但若死扛到底就只能遗臭万年了。钱能训哭着拿出辞职信，他恳求徐世昌饶了自己。徐世昌收下了辞呈，让他离去保自己的颜面，随后扬天长叹自己已是难以脱身，只能遗臭万年了。
1919年6月27日北京城内诸多请愿代表要求北洋政府拒绝在合约上签字，讲过两天一夜的斗争，28日晚徐世昌被迫接见了实名代表，陕西代表屈武以头撞地，以死抗争，史称“血溅总统府”，徐世昌被迫接受学生的要去。
周恩来等人带领着天津学界进京进行请愿，如愿以偿的他们回到休息处很是高兴，但同时天津学界没有统一的一个组织，女协得到通知晚了差点没能赶上集会。周文来提出要将学联和女协的优秀学生汇集到一起，成立一个更为严密的组织同时出版一个刊物以成为天津学界的思想引领，并为这一组织起名为“觉悟社”。
巴黎，代表团们听着楼下华人的怒吼，法国人对中国人如此血性都刮目相看，华人们甚至阻止起敢死队声称要用三个人的命换一个大使的性命。而楼上的代表们都很想冲下楼去，也说出他们自己内心的真实想法。
1919年6月28日，在全中国人民的坚决抗议下，中国代表团拒绝在巴黎和约上签字，这是中华民族伟大觉醒的一个重要标志。中日两国也签订了协约，山东问题得到了一定程度的缓解，但日本在山东仍然占有很大的权益。
湖南长沙，毛泽东光着脚站在水桶中，汗流浃背的印刷着《湘江日报》的文稿，他认真地念着创刊号的文章，满手油墨一身汗的他，十几天内一人编辑、排版、印刷，将创刊号全部完成。他念及陈独秀为了唤醒民众意识不惜入狱，只觉得自己的这点牺牲根本不算什么。他让会员们将创刊号加紧印刷出来，好发到各个学校中去宣传。1919年青年毛泽东在长沙组织湖南学联和救国十人团，深入社会、街头进行演讲，广泛发动群众掀起拯救陈独秀的活动。他指出陈独秀是中国思想界的明星，科学和民主的大旗不会倒下，新文化的思潮更会越发闪耀。在天津，同为青年的周恩来也在积极发表有关营救陈独秀的文章，力求动用全社会的舆论力量来拯救这位新思想的领袖。
吴炳湘端着煤油灯给陈独秀送来，私下他还是得尊称一声陈教授，还将陈独秀入狱后的报道交给他，现在他们二人简直成了新闻报道的主角。吴炳湘同陈独秀聊起这报道中的虚虚实实，并旁敲侧击的提醒陈独秀小心被捧杀。陈独秀看着《湘江评论》中毛泽东的文章，笑着说以后或许就是像毛泽东这样的青年会推翻旧社会的封建，他对于断头流血尚且不怕，更何况是吴炳湘的威胁。陈独秀拒绝了吴炳湘提出的同警察厅合作的建议，听着陈独秀豪迈地唱着苏轼的《定风波》，碰了一鼻子灰的吴炳湘只好带上帽子离开。
陈独秀每天泰然自若的在监狱中徘徊思索，笔耕不辍地写着文章，一个有信仰的人是不会轻易向现实磨难妥协的。君曼带着一摞书同孩子们一起来狱中探望陈独秀，对丈夫深为了解的君曼还悄悄为他拿来了马克思主义的书籍。现在全国人民都在为了营救陈独秀而努力，但狱中的陈独秀只每天认真地读书写作，可看着胡适接手后的两期《每周评论》报刊，陈独秀怒斥这简直就是杜威的研究专刊，国内和国际事态的研究板块也全然没有了，愤怒地陈独秀要求立刻将胡适叫来，自己要见他。
胡适来见陈独秀，看着憔悴地陈独秀，胡适撇过头将眼中的泪水擦干，但陈独秀一脸地冷漠只将写好的诗赠与吴炳湘，而诗的背面却写着“诸恶莫作，众善奉行”。胡适的孩子已经满百日，但陈独秀身陷囹圄没能到场庆贺，为此他也很是愧疚。陈独秀同胡适谈论起《每周评论》的情况，胡适解释吴炳湘一再威胁和强调若再出现言辞尖锐的政治导向型文章，就要立即停刊还要加重对陈独秀的罪行，他不得已只能改变报刊风格。陈独秀觉得现在最要紧地就是要鼓动群众大力发展五四运动，以此来唤起民众的思想，胡适却觉得清谈误国，李大钊和胡适的思想已经出现很大的分歧，眼下李大钊是俄国派，胡适是美国派，而陈独秀现在也已经倾向于俄国派，他主张对此问题开展辩论。胡适同意，但他现在和李大钊已经是对立的，问起陈独秀的立场，陈独秀起身摘下墙上的黄纸，说着也要给胡适写一幅字。
延年收拾行李决定去找李大钊救父亲，柳眉也要一同前去，但延年拒绝了她并要她尽快回去上海，陈家现在的情况对她已无任何好处，甚至还会连累她的家人。柳眉没有说话转身离开，延年来不及吃饭就提着行李赶往车站。河北，李大钊帮着家里耕地，农民们赶上了丰收，却仍旧是吃不饱饭，甚至只能平时少吃点，艰难时候竟然得出去要饭，农民们觉得这当牛做马就是他们的命，但李大钊却说道命要自己来定。延年提着行李来找李大钊，平时同父亲闹得不可开交，关键时候却还是血浓于水。李大钊告诉延年，陈独秀的事情是虽有远虑但无近忧，他现在成了三方势力争夺的焦点，他人在监狱还能少些是非麻烦，倒也是好事。现如今邓中夏等人通过学联引导了社会的舆论，营救陈独秀的事情很快就会有眉目，很快赵世炎等人也会来到李大钊的家中，他们又能一起为五四运动和新文化运动做出贡献了。
京师警察厅召开记者会，对陈独秀在狱中的情况进行了汇报，吴炳湘对陈独秀在狱中的特殊优待进行了大肆宣扬，声称陈独秀甚至在狱中胖了四斤，但立案侦查期间陈独秀仍旧不能接受采访，也不能发表文章。河北韩文公祠内，李大钊带着学生们一起来参观并为他们讲解了韩愈的生平。他对于外人评价他为批儒大师的称呼很不认同，他非常尊崇儒家的教育，甚至就住在韩文公祠内，对于韩愈慷慨陈词的文章更是深有感触，他所批驳的只是腐朽地孔教三纲。众学生就此在李大钊的落脚处帮忙收拾起来，烧火做饭很是热闹。
蔡元培已放弃辞职，警察厅也未找到陈独秀的具体罪证，过几天陈独秀就能出狱，巴黎和约拒签后全国学联也已经决定结束罢课，暑假结束后就正式开课。南北两个政府的和谈虽然不太乐观，但五四运动已经唤醒了全体中国人民的意识，外媒纷纷评论东方巨狮已经觉醒。李大钊高兴地拿出酒来，庆祝五四运动的全面胜利，随后就坐下来和同学们讨论起五四运动究竟伟大在什么地方的问题。