虽然总一郎赌上性命演了一场戏，但L仍不能百分百确信月不是基拉。为了说服L，月也作为对策室的一员参与搜查行动。模木报告说，新出现的基拉很可能与日本有代表性的企业四叶草集团有关联，月听了以后，为了证明自己的清白，向L发誓要尽全力抓住基拉。

虽然彼此心存芥蒂，但是在搜查过程中，月与L结下了奇特的友情。这时，借着参加四叶草集团广告代言甄选的机会，海砂、松田和月潜入了四叶草本部。另一方面，害怕警方察觉基拉的行动尾尾井等四叶草集团的干部们聘请了号称能力仅次于L的侦探Babel进行调查。

在甄选现场，海砂在Babel逼的追问下，吐露了基拉对策室的内情。“第三个基拉”与月、L的头脑战渐渐白热化，L告诉总一郎等人了Babel的真实身份就是尼亚。L设下引蛇出洞之计，“第三个基拉”果然露出了马脚。“第三个基拉”被捕，L从他的提包中拿出死亡笔记。

在接触到笔记的一瞬间L看到了死神雷姆，大惊之下将笔记掉落在地。捡起笔记立刻恢复了记忆的月当场杀死“第三个基拉”，重新取得笔记的所有权。

被作为“第三个基拉”逮捕的火口突然死亡。在火口带着的黑色死亡笔记上写着“这个笔记上写下姓名的人，如果在十三天以内不写下下一个名字就会死掉”，根据这一规则，L宣布月和海砂是清白的。

得到L完全信任的月作为L的友人加入了基拉事件调查。在失去基拉的记忆前，对笔记做出种种安排的月让海砂去取出埋在森林里的红色笔记，以便让她再次利用“死神之眼”查到L的真实姓名，但是就在海砂接触笔记本前被人袭击，笔记本也被抢走。

袭击海砂的油多川的幕后主使是海砂认识的检察官魅上照。魅上照从笔记本里夹着的信中得到了海砂与基拉的关系，开始代替基拉制裁罪犯。新的基拉事件发生本来更加证明了月的清白，而L却加深了对月的怀疑。为助L一臂之力，尼亚查找从海砂手中夺走笔记的犯人。

尼亚虽然从油多川得到了从海砂处抢笔记被抢的口供，但在说出幕后主使者的姓名前，油多川死于心脏麻痹。这时，与魅上照取得联络的月，着手进行新的除掉L的计划。魅上照按计划来到基拉对策室要求收缴火口一案的物证，实则是要利用“死神之眼”查明L的真实姓名。另一方面，L也赌上自己的性命向基拉发出直接对决的挑战。

借助魅上照的“死神之眼”，月终于将L的本名L.Lawliet写在笔记上。然而，早有防备的L对笔记做了手脚，真的死亡笔记已交给总一郎保管，月拿到的不过是渡制作的赝品。终于确认月就是基拉的L敦促月自首。与此同时，总一郎等人也赶到现场，突然事态发生重大变化，L被害。

月确信这次是赢了L，决定尽早取回笔记，遂以为好友L报仇为名继续留在基拉对策室。但是，在L墓前，渡向基拉对策室的成员展示了L生前录好的视频，L指定尼亚成为他的继承人，而且叮嘱她和基拉对策室的成员一定不能让基拉夺回笔记。尼亚来到对策室，很快推理出杀死L的凶手就在那日来基拉对策室收缴火口一案证据的检察官中，让众人刮目相看。

另一方面，她却对总一郎的儿子、L的生前唯一的朋友夜神月缺乏警惕，这让月不禁洋洋得意。月让海砂恢复了关于笔记的记忆，从此以后，月、海砂与魅上照三人联手铲除罪犯。基拉肃清罪犯的势头越来越猛烈，并渐渐成为得到人们压倒性支持的人物。为了早日实现没有犯罪者的世界，月再三试探父亲，想夺回黑色死亡笔记。这时，夜神妆裕被绑架了。

总一郎接到绑架者打来的电话，犯人要求用死亡笔记做交换。尼亚断定是基拉绑架了妆裕，月则决定利用这个机会夺回死亡笔记。

通过侵入监控摄像头系统，尼亚在录象中找出了绑架妆裕的犯人——基拉对策室成员日村章子。月与总一郎去救妆裕，与此同时，尼亚也开始了自己的行动。