稻叶夕士因父母车祸身亡被叔父一家领养，在叔父家里生活处处受到排挤的他本希望考入寄宿制高中后独自生活，可是录取后高中的宿舍却在火灾中烧毁。夕士不得不开始寻找租房，最终找到了房租仅仅只要2万5千日元的寿庄。但让他没有意料到的是，那里竟是一所妖怪和人类共同居住的妖怪公寓。

公寓里暗藏着各式各样的妖怪，而入住这里的人们也都各有特色，就这样夕士在这人类与妖怪共同生活的妖怪公寓里开始了自己的高中生活。某天，夕士无意中预测到了同学田代会遭遇车祸，但没等他上前阻止，车祸就已经发生。后悔莫及的夕士握住了田代的手，却惊异的发现田代的痛苦转移到了自己身上。

某天茜姐造访妖怪公寓，她原是侍奉大神神社的灵兽，如同母亲一般照顾着阿栗和小白。阿栗的生母是个精神错乱虐待孩子致死的怨灵，她的执念束缚着阿栗使他无法升天。茜姐前来是为了阻挡阿栗生母的作乱，妖怪公寓里的住民也一同准备保护阿栗迎战恶灵。夕士得知了阿栗的悲惨身世，决心保护阿栗不受生母恶灵干扰。