里从皇宫出逃的太医吴浩然，他却断然据绝了李时珍拜师学医的请求。

公元1521年四月二十一日，朱厚熜抵京登基，年号嘉靖。登基后的第六天，大臣张慎联合众臣上书，要求嘉靖尊孝宗为皇考，尊父亲兴献王为皇叔考，母亲蒋王妃为皇叔母。蒋王妃得知消息，勃然大怒，拒绝进宫，并且一病不起。李言闻照料太妃有功，被嘉靖封为九品吏目，徐长明被封为八品太医。

在这场长达三年的“大礼仪”之争中，朝中与嘉靖作对的大臣有的被贬官，有的被流放，更多的被杖毙。正直忠勇的李言闻为几位杖刑受伤的大臣疗伤，并且暗地里将杖刑致死“罪臣”张慎之子张行义收为养子，改名为李行义。这惹怒了蒋太妃，且被逐出京城。李言闻携李时珍和养子李行义回到家乡蕲州。

十多年之后，李时珍和义弟李行义，还有李言闻收养的好友之女斯语都长大成人。李行义跟着李言闻学习医术，李时珍则按照父亲的要求一心科举，只能暗地里偷学医术。李时珍入书院的第一天因抢了荆王世子朱成翊的风头，从此便成了朱成翊的眼中钉。在书院时间越长他与朱成翊的积怨越深。在王府的干预下，李时珍不得不退出书院，回家自学。

不久，朱成翊的爱妃因喝了李言闻开的药后暴亡。朱成翊要斩李言闻，幸亏荆王府郡主朱苌葶出面求情。朱成翊答应给李家三天时间找出原因，否则定斩不饶。李时珍和李行义通过朱苌葶找到世子妃用过的药渣，发现里面少了一味叫黄精的药，而多了一味不知名的药，这让兄弟俩大为疑惑！