李时珍和李行义找到抓药的药店理论，药店掌柜坚持自己没有抓错药。眼看三天限期已到，就在他们几乎绝望的时候，李时珍的好友黄一丰终于打听到此药名叫钩吻，有剧毒。

面对王爷和世子的审问，药店掌柜拿出一本药书《本草别录》证明黄精就是钩吻，二者为同一药。李时珍情急之下从身上掏出黄精和钩吻，让王府当场验明，两味药分别让两头牲畜吃下，结果吃了黄精的安然无事，吃了钩吻的则当即毙命。药店掌柜被斩，临死前要家人烧了所有的本草书籍。世子朱成翊依旧要斩李言闻，郡主再次相救。大堂之上，李时珍发现苌葶郡主似曾相识，但一时没想出个头绪。李时珍从此背着父亲研习古今药书，发誓写出一本准确的本草书籍来。

苌葶郡主为安抚哥哥失去爱妻的伤痛，找来李时珍，并和他跑遍蕲州，销毁了全城所有药店中被人们误认为是黄精的钩吻。之后，郡主和李时珍回忆起童年一次难忘的相遇，二人从此成为好友，常常出游郊外。荆王妃见郡主神情异样，便开始给她张罗婚事。郡主坚持不嫁，提出李时珍才是自已的最爱。王妃叫来李言闻一番羞辱，要求他管束好自已的儿子。从此李时珍和苌葶都被家里严管起来。

世子朱成翊自爱妻去世后就常常在翠花楼酗酒鬼混。王府祭祖大典在即，世子的随从何三求郡主出面把世子朱成翊叫回家。苌葶答应了何三的请求，但要何三带她去见李时珍一面。李时珍和苌葶相见互诉衷肠，然后一起去翠花楼找世子。面对醉生梦死的哥哥，苌葶痛楚万分。世子醉眼朦胧，见李时珍在场，便好一番羞辱。李时珍拂袖而去，对父亲发誓不再见苌葶。

李家医馆来了一位经过特殊打扮的不速之客，坚持要李时珍为她看病。李言闻叫来李时珍，来人露出真面目，原来是朱苌葶。李时珍见是苌葶拔腿便走，苌葶一路追出来，在街上长葶摔倒把脚扭伤，李时珍才心软地来扶起她，两人和好如初，约定等李时珍考取功名后再嫁他。

朝中大臣严蒿托人来荆王府为公子严世蕃说媒，这正中王妃下怀，世子和王爷、王妃一起向郡主苌葶施压，苌葶不为所动。王妃不得已答应女儿，如果李时珍考取功名，便同意这门婚事；如果李时珍考不中，苌葶便乖乖嫁到严家。李时珍去武昌参加乡试，偶遇楚王世子并与他结为至交。朱成翊为拆散李时珍和苌葶这对恋人，让何三想办法让李时珍落榜并身败名裂。