李时珍来到考场，却因错过时间不得进场，但他急中生智利用楚王世子赠送给他的腰牌总算进去顺利参加了考试。

贡院的阅卷房内，当主考官冯天驭对一份卷子大加赞赏之后，很快又看到了另一份内容与之完全相同的卷子。这让他顿生疑惑，很快查出这两份卷子分别是李时珍和一个叫乔生的。乔生已经不知去向，李时珍被抓来审问。面对一身正气的李时珍，冯天驭相信不是他作弊。经过周密地调查，他终于明白是荆王府在陷害李时珍。冯天驭不敢得罪荆王府，明确告诉李时珍是冤枉的，但他也无能为力。他劝李时珍三年之后再来考试，那时一定帮他。李时珍见官场黑暗，无心涉足仕途，便断然拒绝。

李时珍落榜还被扣上个舞弊的帽子，回到家中，几乎崩溃。从小一起长大并一直暗恋李时珍的斯语，在李时珍房门口守了三天三夜也不见他出房门半步。苌葶出现，一番话让李时珍含泪走出房门。斯语见状，十分伤心。苌葶对李时珍的信任使李时珍重新燃起生活的信心，他们相约私奔远走他乡。朱成翊良心发现，被妹妹和李时珍的爱情所感动，帮助他们逃出了蕲州。

但是，李时珍和苌葶几经周折，历经磨难，终究未能逃脱王府的追捕。苌葶在路上染病，被抓回之后便卧床不起。李时珍在王府遭受酷刑，加上担心长葶，气郁致病已是奄奄一息。李言闻和李行义到王府求情，李行义要求自己留下代兄受罚，让病危的哥哥回家治病，荆王准许。

荆王府派人要李言闻到王府为苌葶治病，李言闻两难。斯语主动请缨并立下生死状代父去王府为苌葶治病。李时珍在父母的精心照料下病情有了好转，长葶经李行义的治疗和斯语的心理疗法重现生机，王爷守诺将李行义、斯语放回家中。

李时珍科考失意，爱情破灭，灰心到了极点。李言闻决定让李时珍学医，这让李时珍又燃起了生活的热望。李父教导李时珍医药知识和处世为人的道理。一年一度放花灯的日子到了，苌葶借口出来放花灯在湖边与李时珍相遇。俩人约定，等明年王府祭祖大典之时再次出逃，这一年苌葶决定做个乖乖女，要李时珍好好学医，将来好养家糊口。

福成药店内，漂亮的村姑庞玉兰来为弟弟求药，被荆王府的管家何三调戏，幸得黄一丰救助。黄一丰将玉兰引见给李时珍，由李家为其弟诊治足疾。