朱成翊与本地巡抚听惠民局主管杨洪勤说宫中每年要进大量蕲艾，认为这是个赚钱的路子，于是吩咐家丁将乡民的庄稼拔掉，强逼乡民改种蕲艾。李时珍发现乡民改种蕲艾后口粮没有保障，便向父亲学习种植蕲艾的方法，努力提高蕲艾产量，产量提高后可一半土地种蕲艾，一半土地还可种庄稼。

因蕲艾制作方法不对，百姓卖给惠民局的蕲艾又被如数退回，百姓怨声载道。李时珍在邻村走访学习蕲艾制作方法时得知附近山上住着一位制艾高人，便独自上山寻找求教。几经周折，终于如愿见得一个叫华南的高人，也就是

李时珍守在华南屋外不肯离去，最后，华南被李时珍的诚心和人品感动，答应收李时珍为徒。

李行义发现蕲州出现了几例肺瘟，因为此瘟疫非官府的阿胶不能治愈，于是赶紧报告惠民局。惠民局主管杨洪勤联合知府和巡抚趁机向朝廷要钱，将几例的肺瘟患者谎报为几万例，于是，朝廷下拨买阿胶除疫的银两全进了这三人的腰包。杨洪勤拿着大把的银票到京城找到严世蕃，买了个太医院院判的官衔。杨洪勤的下属李堂提拔为蕲州惠民局主管。

不久，一场规模空前的肺瘟再次席卷蕲州，而朝廷除疫的银子早已下拨。杨洪勤无奈之下找到严世蕃问计，严世蕃要求他发动当地药商捐钱捐药。药商无计可施，只好用假阿胶充数。

李行义发现惠民局用假药除役，义愤填膺。李时珍得知瘟疫在整个蕲州蔓延，想请华南下山相救。华南似有隐情，不愿下山。李时珍无奈之下只身下山救助染病的百姓，就在李时珍与施舍假药的官员发生冲突时，华南突然出现，帮李时珍摆脱困境。没有阿胶，李时珍与华南用罗汉果研制出一种药有很好疗效，疫情得到有效的控制。

福成药行的何三一伙仿效李时珍的除役药丸，制假贩假，害死不少百姓，李行义与黄一丰决定要找到他们出售假药的把柄。李行义只身前往福成药行，发现那里正在大量制作假阿胶，不料被何三发觉打昏。当何三派人将昏厥的李行义拖至郊外的悬崖顶正准备抛下悬崖时，李行义被一直在暗中保护他的舅舅老焦相救。老焦带着李行义回到了久别的京城，从此，李行义在舅舅老焦的指引下踏上了一条复仇的不归路。