李行义的失踪使李家焦急万分，四处寻找。当他们在郊外的悬崖顶找到李行义的一只鞋后，相信李行义已经遇害，李家陷入了深深地悲痛之中。李时珍决定找出真凶，为弟弟报仇雪恨。他在黄一丰的帮助下来到惠民局药材库，找到了假阿胶等一批假药。正当李时珍带着“证据”，准备离开惠民局时却被惠民局主管李堂发现。李时珍将计就计，掌握了惠民局制假贩假等犯罪证据。李堂摸不清虚实，也不敢轻易加害李时珍，眼睁睁看着李时珍离去。李时珍到知府衙门状告惠民局。知府得知自己一伙的罪恶行径已经暴露，老羞成怒，授意李堂杀人灭口。是夜，张村有人来请李时珍出诊，不料半道跳出杀手将他砍倒，并扔进村头废屋。斯语见李时珍夜深未归，去张村寻找。经好心人指引，斯语终于在村头的废屋找到了奄奄一息的李时珍。斯语割血相救，李时珍得以生还。

李时珍在斯语和家人的照顾下身体慢慢康复，他说动父亲支持他继续告下去。他到了巡抚衙门状告福成药行与惠民局勾结贪污朝廷除疫银两、制假贩假，使得瘟疫蔓延、百姓死伤无数。巡抚暗示李时珍不要再告。朱成翊也找到李时珍，以成全李时珍和苌葶的婚事为条件让李时珍撤诉，遭到李时珍的拒绝。

很快，巡抚便用假的人证物证告李时珍出售假药害死人命，将其缉拿归案。危急之时，顾先生出面带领众乡绅为李时珍求情。巡抚有所收敛，却暗中找严世蕃问计。严府明示先定罪再说，巡抚随即判李时珍秋后问斩。顾先生赶紧给亲家刑部尚书冯天驭写信求救，冯天驭研究卷宗后觉得案情重大，似乎与严家有牵连，随即请内阁大臣夏言定夺，夏大人正愁找不到拿捏严嵩的把柄，下令彻查此案。

钦差大臣冯天驭到达蕲州，引起当地官府的恐慌。朱成翊勾结巡抚想杀李时珍灭口，可李时珍命大福大，又被冯天驭相救。很快，冯天驭便在蕲州查明了案情真相，让朝野震动。

严世蕃哭求其父严嵩保命，严嵩无奈带严世蕃去夏言府跪求开恩。夏言一时心软，暗示冯天驭舍卒保车，放过严家。冯天驭无奈，只得将蕲州惠民局李堂和福成药行何三打入死牢，判李时珍流放西域。