李言闻悲愤之极，进京求见蒋太后面呈李时珍的案情。嘉靖知道后命冯天驭重审此案。严嵩授意严世蕃将罪过转嫁到荆王世子朱成翊的身上。嘉靖果然上当，以为朱成翊是幕后黑手。太后暗示要杀一儆百，打击藩王，以稳朝政。嘉靖判朱成翊极刑。

之后，嘉靖还派大太监崔方赴灾区慰问，并奖励李言闻家救灾有功。李言闻表明应该得到皇上奖赏的是李时珍的师傅华南。崔方见到华南时不由得大吃一惊，原来华南就是当年被宫廷追杀的太医吴浩然。崔方顿生杀机。华南自知难逃一死，便支走李时珍，临别前嘱咐李时珍要完成他重修本草的愿望。

华南求崔方放过李时珍，因为他什么也不知道。崔方答应。华南坦然赴死。

李时珍回来找不到师傅，却发现了以自己名义垒起的华南的墓碑，大恸，之后又发现华南留给他的一本太医院医簿，心中顿生疑惑。

蒋太后去世，嘉靖感觉到死亡临近，下诏选一皇家血脉的少女为自己祈福，并让道长负责炼制长生不老丹药。苌葶知道自己和李时珍尘缘已尽，于是决意出家前往。李时珍找到苌葶劝她放弃这一念头，被苌葶拒绝。

皇宫内建起炼丹房，道长带来两个徒弟，苌葶发现其中一个徒弟就是李行义，感到诧异。李行义求苌葶为他的身份保密，并要求苌葶不要让他的家人知道他还活着。

李时珍的好友黄一丰和玉兰结为了夫妻。李时珍心中念念不忘苌葶，当他偶尔从父母的谈话中得知他和斯语早有婚约时，便开始有意疏远斯语。

李行义受命修建炼丹房，乘机修建了从炼丹房直通嘉靖修道打坐秘室的通道，伺机复仇。嘉靖下诏召二百童女进宫献血作为药引，使第一批丹药很快炼成。就在李行义着手复仇计划的同时，被抽血的宫女们铤而走险也决定谋杀嘉靖。可是谋杀失败，参于谋杀行动的宫女全部被凌迟处死。李行义的复仇计划被搅，一个叫杨雪英的宫女在李行义的帮助下躲过劫难并与之相爱。