李时珍被景王在朝堂之上当众称作师傅很诧异，景王谦恭一定要拜李时珍为师，两人谈论重修《本草》一事。李时珍对景王十分敬重，且充满期望。

朝鲜太子在参观太医院时突然晕倒，经李时珍就治，病情好转。朝鲜太医金基泰对李时珍的出色表现十分敬佩，要拜李时珍为师。李时珍表明自已只是一名实习医师，还没有资格收徒。

三个月的实习期满后，李时珍顺利拿到太医院颁发的行医腰牌。此时山东上报发生瘟疫，皇上招大臣商议，决定派李时珍去山东除疫。

李时珍带着一班人马去疫区与来京城的斯语一行擦肩而过。斯语在京城的家中遇到自称李时珍徒弟的金基泰，得知李时珍的去向。斯语把孩子交给黄一丰和玉兰照看去找李时珍，金基泰执意随行。

疫区不断扩大，重灾区已被官府隔离，李时珍冒死在重灾区救治百姓，得知斯语也来到疫区，便来到临时用来隔离疫区的护城河边与斯语隔河相会。官府规定隔离区一律只进不出，疫区尚未染病的灾民想逃出疫区被官兵射杀无数。李时珍为安抚百姓，当众饮用被污染的河水，说自己也染病毒，大限只有七天，要百姓相信他七天定能治好染病的百姓。暴乱平息。李时珍吩咐斯语和金基泰，能治好瘟疫的药方尚缺灵芝，让他们无论如何要在七天之内找回灵芝。

斯语和金基泰奔走深山，惊奇地发现本是盛产灵芝的地方却找不见灵芝，一位采药老农告诉他们灵芝已被朝廷征收。二人赶紧抄近路追赶朝廷征收灵芝的车队，斯语从山上摔下来被苌葶率领的车队相救，苌葶得知李时珍尚在疫区，火速赶来。李时珍此时已感染了疫情，情形危急。苌葶做主将御药灵芝全捐献给了疫区。斯语和金基泰说动官员进入隔离区，李时珍和百姓得救，疫情也得到了控制。

有人告李时珍动用御药，罪当杀头，可是皇上念李时珍除疫有功，提拔为太医院吏目，赏白银百两药材百斗。李时珍和家人团聚，在李时珍帮助下，黄一丰和玉兰开起了药膳馆，生意红火。