1987年，两个世界之间的通道首次被发现。1996年，一个世界的禽流感被传入另一个世界导致几亿人死亡，两个世界也从此走上了不同的发展道路。克莱尔的父母不幸死于这次流感疫情，她随后被米拉带到了学校，接受秘密培训。
在学校里，还有其他孤儿。也是在那里，克莱尔知道了在另一个世界还有自己的“影子”。这些孤儿不再是孩子，而是战士。他们日常除了接受间谍训练，还要时刻学习“影子”生活上的点点滴滴，严格保持一致。克莱尔就是因为那边的“影子”摔断了双腿，自己同样被硬生生打断了下肢。为了留下痛苦的记忆，整个过程连麻药都没有使用。
在克莱尔痛苦无助的时候，有一个叫斯潘塞的孩子陪伴着她，成了克莱尔的初恋。但战士是不能有感情的，斯潘塞没过多久就离开了学校，应征去了另一边的世界，克莱尔再没有见过他。就这样过了16年，克莱尔已成为学校的教师，接替米拉的工作，继续教育其他孩子，直到一个新命令的到来。
克莱尔在另一个世界的影子就是外交部长范彻的女儿克莱尔。根据最新的情报，时任副主管的奎尔与克莱尔相恋，此后的仕途会有很大发展。组织认为已经到了行动的时候，在亚历山大·蒲柏的安排下，克莱尔以外交公务来到了另一边的世界，见到了接头人兰伯特。
兰伯特的意思很明确，他只是个信使，负责传递两边的消息，其他事情都要靠克莱尔自己解决。说完，他递给克莱尔一个小纸袋，里面是氰化物胶囊。如果身份曝露，这个胶囊就是唯一的退路。而为了保证毒性，每十二个月就要更换一次。
克莱尔开始了自己的行动，趁“影子”外出期间，在她的家中安放了多处监视器。每天，克莱尔都会在屏幕前观察“影子”的一举一动，学习她的发音、用词和习惯动作，寻找着合适的安插时点。
这个时点终于到来。“影子”发现了奎尔与前女友的暧昧信息，一怒之下向奎尔提出分手。克莱尔立刻将此情况上报，得到的回复是，在事态失控前，不惜一切代价取代“影子”。克莱尔有了自己的资金，雇佣两名大汉伪装成入室抢劫，冲进“影子”的公寓。没想到“影子”挣脱了控制，逃到公寓楼下的车内。
守在楼下的克莱尔来不及思考，冲上前拉开车门，在“影子”那难以置信的目光中，将她掐死。克莱尔没有任何感觉，就像毒蛇看着自己蜕下的皮，冷冷的叫两名大汉处理尸体。之后奎尔赶到，看到鼻青脸肿的克莱尔。两人之间的关系“神奇”的恢复，婚礼按原定计划举行。
几年后，克莱尔的女儿出生了，取名斯潘塞。奎尔却在这个时候，察觉到了异常。今晚是奎尔的生日，将在家里举行庆祝派对。他找了个借口让克莱尔外出购买岳父最喜爱的雪茄，然后霍华德X对屋内进行了彻底的搜查。在克莱尔的维生素瓶里，找到一颗发出杏仁味的胶囊。这已经足够证明克莱尔的身份，但霍华德X打算暂时保密，查出整个情报网络。
可奎尔接受不了这个现实，生活多年的妻子，竟然是个“陌生人”。平步青云升到局长的职位，自己却成了最大的安全漏洞。霍华德X希望奎尔以平常态度，举行这次生日派对，奎尔做不到。在宾客面前，他提到与克莱尔相识之初的一些细节，没想到克莱尔对答如流，完全没有破绽。
等到所有宾客离去，奎尔向克莱尔摊牌。不顾克莱尔的挣扎，拖着她走向药箱，将维生素倒在桌上。奎尔要弥补安全漏洞，他拿着胶囊让克莱尔吞下去，反正克莱尔没有其他的选择。克莱尔含着泪，这粒胶囊已经过了有效期。自从女儿斯潘塞出生后，这个世界的生活就不再与她无关，不可能说放弃就放弃。
让突击队没想到的是，在菠茨坦的神秘小楼外，遭到激烈的反抗。经过一番枪战，击毙了所有反抗人员。当伊安、艾米莉X和霍华德冲进小楼时，发现并不如此前所设想的。这里不是情报站，更像是所学校。有教室、课桌，黑板上还有两个世界的历史事件对比。可见这里专门培养孩子学习两个世界的知识，然后到另一个世界替换，成为影子特工。更让霍华德痛心的是，地下室里找到了孩子们。他们口吐白沫，已服毒自尽。
有用的资料都被焚毁，只在沙发垫下找到了一份身份资料。从资料里的鉴证、海关信息来看，这应当是刚被派驻出去的影子特工。在这个世界里，霍华德X的等级要高于艾米莉X，所以前往海关调查的工作，只能由霍华德出面。在出发前，艾米莉X特意叮嘱伊安调查一下测谎室里的那个工作人员麦克斯，此次行动除了伊安、艾米莉X和霍华德，就只有他知道，消息泄露的最大嫌疑人非此人莫属。
到了海关，海关人员认出资料中的人的确以外交官员的身份到了另一边，随行的还有两个人。此事变得越来越严重，需要通知另一边的霍华德X，希望能在事态失控前找到这三名影子特工。
而此时，另一边的世界也不安宁。克莱尔被拷在客厅的暖气片上，奎尔抱着一直哭闹不止的女儿不知该如何是好。从责任上来说，他应当马上向战略部汇报，对克莱尔进行审讯并捣毁整个敌方组织。但克莱尔的话让他犹豫不决。奎尔已深陷在此事当中，身为局长却让妻子接触到机密文件。还有女儿斯潘塞，两个世界都容不下她。一旦克莱尔的身份曝光，被毁掉的不止是克莱尔，还有奎尔的仕途和生活。
奎尔借口生病，躲在家里思索着何去何从。奥尔德里奇却不请自来，还带来了他最喜欢的热汤。名为探望，但从他的一字一句里，奎尔听得出奥尔德里奇已对自己产生了怀疑，只是在等着自己去战略部自首。就在这个时候，不安生的霍华德X竟然还打电话来，要求准备一间界面室。
霍华德X接到消息，那边的世界要求见面。如果没有重要的事情，绝不可能以这种方式见面。在奎尔的安排下，霍华德X走进了没有监控的界面室，意外的看到在玻璃另一边出现的人是霍华德，而非艾米莉X。
霍华德向霍华德X通报了查到的三名影子特工的姓名、身份，但他不经意间说的“我们”让霍华德颇为恼火。这“我们”里包括了霍华德和艾米莉X，霍华德X可不喜欢霍华德干预到自己的生活。一场本来应当是交换重要情报的对话，变成了如何照顾家庭的争吵。
霍华德想帮霍华德X挽回家庭成员，霍华德X却不想领这个情。在霍华德X看来，霍华德就是从艾米莉X身上找到了以前的感情，所以都没问一声躺在病床上的艾米莉。霍华德X没有告诉他，艾米莉已经苏醒但还没有恢复记忆。他的岳母夏洛特已赶到柏林，准备让女儿进行长期的康复训练。而在安德烈的问题上，霍华德其实早就知道。只是他深爱着艾米莉，连她的缺点都愿意接受。面对这个痴情种子，霍华德X已无话可讲。两人就这样不欢而散，各自推门离去。
可两个霍华德都没想到，一场更大的阴谋即将开始。奎尔私下找到了奥尔德里奇，承认情报的泄露源头是在自己。但他没有说出克莱尔，而是把幕后操纵者说成了霍华德。
伊安联系不到测谎员麦克斯，想来一定是畏罪潜逃。他去找过亚历山大，但亚历山大有恃无恐，即不承认也不否认与菠茨坦的学校有关。而且亚历山大的狡诈远非伊安所能想象，亚历山大看得出伊安对艾米莉X有情，霍华德出现后，艾米莉X的态度有明显变化。从这一点上，亚历山大旁敲侧击，在伊安心中埋下一粒种子，挑拨他与霍华德的关系。
伊安明知亚历山大所言非虚，与艾米莉X接触的霍华德绝非此前那个霍华德，这个霍华德终究要回到那边的世界。但他还是忍不住的排斥霍华德，对麦克斯的通讯进行监听，得知了亚历山大安排的接头地点。全小队成员出动时，唯独留下了霍华德。
接头地点是在菠茨坦广场的地铁出口，按情报界的传统作法，曝光的内鬼必定在自己人的安排下撤离。但伊安和艾米莉X深知亚历山大的为人，所谓的撤离很可能是一劳永逸的灭口。当麦克斯出现在车站时，伊安和艾米莉X果断出手，将亚历山大派来的杀手解决，救下了尚不知情的麦克斯。
押着麦克斯回到安全屋审讯。虽然麦克斯愿意配合，但他只是个小卒子，哪能知道亚历山大建立学校的动机，更不可能知道之后的具体计划。得不到情报的伊安怒火中烧，看到麦克斯小心翼翼保护着手里的行李箱就大怒，认定是从亚历山大那里得到的昧心钱。他抓起行李箱用力掷到墙上，哪知掉出来的不是一叠叠的钞票，而是一张张涂鸦。那是麦克斯已故儿子的涂鸦，亚历山大正是利用这点拉拢麦克斯，承诺让他去那边的世界寻找还在世间的“儿子”。
这种感觉不是伊安和艾米莉X所能体会的，一旁默不做声的霍华德却深有感触。他上前轻轻帮麦克斯收拾好行李箱，但下面的事也让他愤怒了。麦克斯承认向亚历山大泄露了艾米莉警告有人渗透的消息，随后亚历山大制造了车祸。霍华德从没想过那场车祸是场阴谋，这也让他更加担心妻子的安危，决定返回自己的世界。
而另一边的世界已经陷入混乱。霍华德X接到彼得的电话，得知奥尔德里奇已赶来抓人。来不及细问的霍华德X抓起身边装着艾米莉重要资料的行李袋，在奥尔德里奇到达前离开了公寓。当他赶到彼得家，却见彼得掏出了手枪。这下霍华德X明白了，自己被彼得出卖。现在彼得就是要制造正当防卫的假象杀了霍华德X，就能保住自己和妻子克莱尔的秘密。
在霍华德X看来，这是个愚蠢的主意。霍华德在最底层的界面部工作了三十年，怎么可能挟制局长取得机密情报。从彼得手中夺过手枪，霍华德X抓起行李袋逃走。也正如他所预料，奥尔德里奇虽然不知道霍华德和霍华德X调了包，但他并不相信霍华德和彼得是泄露情报的人，却认定彼得有所隐瞒，似乎是在保护某人。而霍华德一定知道内情，这才是奥尔德里奇要抓捕霍华德的原因。
被霍华德X逃走，彼得感觉自己的生活全毁了。仅剩的希望就是克莱尔交代出影子特工的下一步行动，或许能及时阻止，戴罪立功。可克莱尔绝不会告诉他，鲍德温已经除掉三人，三名影子特工拿着受害者的身份证明分别以邮递部工作人员，办公室职员和外务部秘书的身份混入了政府大楼。克莱尔还给了鲍德温另一个任务，解决霍华德X，帮彼得圆谎。此时的彼得感觉到自己的生活已完全没有了希望，深陷在自己无力解决的间谍游戏中无法自拔。绝望之下，他拽着克莱尔上车，紧踩油门在大街上飞驰，完全不顾前方亮起的红灯，直到重重撞上停在路边的车辆。
霍华德X也知道逃跑只会增加自己的嫌疑。他将行李袋再次放到了安德烈家里，除此之外他也找不到安全的保管地点。然后霍华德X来到内务部自首，配合奥尔德里奇调查。哪知刚被奥尔德里奇带进审讯室，大楼里就响起了枪声。原来在邮递部的影子特工把枪支放进邮包内，躲过检查。随后在分发邮包的过程中，将枪支暗暗送到办公室和外务部的内应手中。只等时间一到，就大开杀戒，造成惨重伤亡。