当年范佩清作为黄永权的助理，收到指示帮忙处理一起死因调查，并且给出相应的尸检报告，成为检方控告秦克男的有力证据。可时至今日，范佩清陷入自我怀疑，为能寻求真相，委托余星柏代她上门拜访黄永权。余星柏在门外遇见霍宝英，二人走进房间发现黄永权突发疾病去世已久。
自从米歇尔案件发生之后，韦建邦遭到公司同事和社会各界的非议，而他也主动承认自己曾经为生意会和客户上床，但是现在已经改过自新，回归家庭。正当建邦向大家保证会好好经营公司之时，重案组以劫杀案对他实施逮捕，带回警署接受审讯。
韦建邦自知瞒不下去，如实交代自己之所以会和米歇尔吵架，其实是拒绝对方提出上床的要求，所以米歇尔一怒之下打了他耳光，甚至还在酒水里下药。可是法证部调查现场，除了韦建邦和米歇尔以外，完全没有第三人在场，也就意味着韦建邦即将面临谋杀控诉。
谭倩雯不遗余力要给建邦寻找证据，奈何案发现场外部环境存在监控盲区，包括接送谭倩雯的出租车未装记录仪，关于黑衣人的线索毫无头绪。井浩然表示他们就算是锁定疑犯，并不代表会停止调查，反而好奇谭建为何如此关心韦建邦。
当井浩然问及这件事情，谭倩雯坦言韦建邦是个很爱老婆的男人，年轻时和她在同一家公司工作，后来为能重新挽留妻子付出许多。所以谭倩雯明白失去又拥有的珍贵，因为坚信韦建邦的人品，也知道他是无辜清白。
黄永权的妻子过世，又无子女依靠，生前患有癌症晚期，知晓自己时日无多才联系义工机构处理后事。霍宝英和余星柏想要从黄永权的验尸手稿寻找些蛛丝马迹，可是手稿还没找到，意外发现黄永权年轻时和小男孩的合影，以及明天风筝会周年比赛。
余星柏觉得若是找到小男孩，或许会有手稿的下落，于是连夜制作好金鱼风筝，次日带着霍宝英去参加风筝大会。偏巧碰上风向不稳定，风筝大会提前结束，霍宝英不肯放弃坚持要放风筝，幸好皇天不负苦心人，终究还是让她遇到照片里的男孩，如今已经长大成人。
可惜男人去国外之后，很少和黄永权联系，根本不知道验尸手稿。霍宝英并不气馁，她认为手稿没有线索，至少也算是帮助黄永权完成心愿，高兴之余连喝两瓶啤酒，没多久就烂醉如泥，余星柏无奈用特殊方式让她醒酒。此时霍宝英接到男人电话，得知黄永权常去一家名为“木”的咖啡店，意外收获已经出版成小众书籍的验尸手稿。
法院开庭审理米歇尔的劫杀案，重案组和法证部陆续出庭作证，还有报告显示死者生前抓伤建邦，指甲残留其皮肤组织。纵然建邦据理力争，否认自己杀人，终究无法改变无期徒刑的判决结果。
谭倩雯为保护建邦妻儿，正面回怼无良媒体记者，井浩然及时出面护送他们回去。当晚组员齐聚小屋，井浩然隐约听到隔壁房间传来鼓声，开门查看发现是谭倩雯敲鼓泄愤，他只能默默离开。
熊承宇出狱后成为地方老大，因为记挂着秦克男的恩情，对他也是有求必应。秦克男知道范佩清解刨忠爷肯定遭到古惑仔报复，从他身边调走手下去保护范佩清，怎知古惑仔是来向她道歉，原来她顺着忠爷的纹身开刀，在不违反尸检程序的前提下，还变相保住忠爷的面子。
既然是误会一场，秦克男英雄救美毫无意义，但是范佩清决定要帮他重新调查陆诗诗真正死因。秦克男推测凶手熟悉药理，也许陆诗诗使用的按摩膏是对方提供，二人分头行动调查按摩膏来源，在一家药妆店查到线索，获悉陆诗诗每逢周末会去买东西，并且去上烹饪课。
余星柏翻看黄永权撰写的尸检报告书籍，看到他在自杀案里说明有人将那替明混入草莓口味的大福糕点，立马跟霍宝英亲手制作大福尝试如何掩盖药苦味，无一例外全都失败。联想到陆诗诗血液中含有高量糖蛋白，余星柏让霍宝英去采购各式各样的水果，结果发现掺有蜜拉圣果的大福完全尝不出苦味。
正是因为蜜拉圣果的主要成分是扰乱味蕾，所以就算是大福里添加那替明，也基本是很难让人察觉到苦药味。凶手能够想到用甜品杀人，还将杀人计划部署如此精密，秦克男深感无力，实在想不明白对方的真正动机。幸好秦克男已经通过网络联系到烹饪教室的学员，约定明天在指定地点见面，而他邀请范佩清一同前往，获取烹饪食谱之余，意外得知陆诗诗在烹饪班和嫣妮丝颇为熟识，有次嫣妮丝向陆诗诗哭诉自己压力大，希望她能帮忙拿些治疗失眠的药品。
秦克男带着范佩清陆续走访烹饪教室的学员，并且拿到关于全体合影照片，二人都不由愣住，原来所谓的嫣妮丝竟是悠悠，也就是秦克男的前女友。范佩清检查周围是否还有其他线索，顺手打开一扇房门，随之爆炸扑面而来，秦克男急忙将她护在怀里，侥幸逃过一劫。事件发生之后，秦克男需得留院观察情况，至于范佩清尚无大碍。法证部勘查现场推测有人利用射灯的高温制造粉尘爆炸，余星柏在墙壁处发现遗落的纽扣，凭借技术还原梅花图案，又鉴定出面粉是从日本进口的牌子，专门用做蛋糕烘焙。
范佩清有理由怀疑闺蜜悠悠参与到七年前的自杀案，当她拿出陆诗诗经常使用的按摩膏产品，已然看出悠悠表情变得奇怪。尽管悠悠故作镇定不予理会，可她和秦克男的恋人关系也是事实，当初秦克男无法忍受悠悠的强势，最终选择结束长达八年的爱情长跑。后来悠悠知道秦克男移情别恋，便用嫣妮丝的名字到烹饪教室上课，故意接近陆诗诗，和她成为好朋友。陆诗诗完全没有防备之心，甚至愿意编谎话帮助悠悠去拿药物，但是范佩清知道悠悠是想要报复陆诗诗和秦克男。
如今范佩清找到悠悠，无非是希望她能回头，不要继续一错再错。然而悠悠全程沉默不语，直至范佩清起身离开，她忽然接到丈夫姚舜宏的电话，神色越发凝重。此刻姚舜宏已在审讯室面对警方询问，重案组早已搜集足够证据指控他意图引发尘暴杀人。案发现场找到的樱花纽扣出自姚舜宏的甜品店，还发现汽车后备箱的面粉和店铺面粉，都属于同一种牌子。
井浩然查到姚舜宏七年前从日本归来，以客席导师身份在烹饪教室任教，所以学校资料根本没有姚舜宏的名字。正当井浩然认定姚舜宏是杀害陆诗诗的凶手，重案组又在姚舜宏租用的迷你仓里盛装大福的餐盒，上面检验出秦克男的NDA，以及姚舜宏偷拍陆诗诗的照片。
眼看事实证据摆在眼前，姚舜宏承认自己七年前痴迷陆诗诗，私下里偷拍很多照片，怎知陆诗诗发现大骂他是变态，扬言要报警处理。姚舜宏恼羞成怒，为避免事情闹大，情急之下想到要杀人灭口。虽然看似案件了结，实则另有隐情，范佩清主动去找悠悠，认定她才是杀害陆诗诗的真正凶手。因为每个人拍照习惯不同，姚舜宏喜欢将人物置中，可唯独陆诗诗的照片失焦，而且还在边缘位置，也就意味着他照片里的女主角正是悠悠。
范佩清拆穿悠悠早有预谋做好掺有那替明的草莓大福，继而装进和陆诗诗同款的餐盒里，趁其不备换走餐盒，这一幕落入姚舜宏的视线里。正是姚舜宏太爱悠悠，才会默默捡走悠悠丢在垃圾桶里的罪证，整整保存七年的餐盒，需要靠它来给悠悠顶罪。所以之后的尘爆、遗落现场的纽扣，以及在迷你仓找到的证据，全都是姚舜宏保护心爱之人的用心良苦。范佩清想让悠悠明白自己犯下的错误，应该由自己来承担，这也是当初她成为法医的准则，倘若真的选择逃避法律审判，恐怕连儿子嘉朗都会感到失望。
悠悠回到家里看着丈夫写给自己的信，脑海里浮现出昔日的美好点滴，终在此刻幡然醒悟，意识到丈夫对自己的深情。次日重案组准备移送姚舜宏之时，忽然看见悠悠在范佩清的陪同下来到警局，主动交代犯罪经过，为七年前的错误承担责任。随着自杀案尘埃落定，涉案凶手皆已伏法，秦克男坐在观众席上看着嘉朗演出时，仿佛观看陆诗诗在聚光灯下跳芭蕾，内心得以释怀。范佩清答应悠悠会照顾好嘉朗，同时好奇秦克男对未来如何打算，秦克男还未想好之后的规划，但他很感谢范佩清和余星柏等人的帮助。
余星柏趁着同事们去聚餐，准备独自在办公室享用美食，没想到霍宝英突然过来要和他庆祝自杀案告破。也正因霍宝英参与侦破这起旧案，直接从巡警调往西九龙区重案组，田七、小夫等一众警员热烈欢迎，唯独井浩然依旧是冷酷模样。
霍宝英入职重案组负责九龙城金店盗窃案，还未完全摸清来龙去脉，居然又收到烂口炳会在仓库收货的消息。大家火速赶往仓库实施抓捕，井浩然和霍宝英联手围堵一名想要逃跑的参与者，没想到对方居然是谭倩雯。原来谭倩雯为能给韦建邦翻案，不惜以记者身份威逼销赃店老板交代事情，根据他所提供的地址前往烂口炳收货的仓库，希望对方能够拿出米歇尔保险柜里丢失的珠宝首饰。
然而此话一出，烂口炳起了杀心，好在重案组及时赶来。谭倩雯想要趁乱溜走，井浩然直接将她抓回警局，查明缘由后，气恼她做事鲁莽冲动，索性折返送回位于偏僻郊外的仓库。谭倩雯丝毫没有意识到自己的错误，还在据理力争，井浩然懒得回应，开着车扬长离去。事实上，井浩然并未彻底走远，只是将车子停在不远处，直到霍宝英骑着小摩托载谭倩雯出现。霍宝英觉得韦建邦的案子堪比秦克男翻版，就算是已经判刑，但是还有诸多疑点，说不定凶手另有其人。
井浩然完全不等霍宝英把话说完，提醒她赶紧回去写报告，霍宝英无奈先行离开。谭倩雯和井浩然赌气，故意不坐他的车，独自一人往下坡路走，结果在半路遇到汽车抛锚的井浩然。冷静过后，谭倩雯和井浩然都为方才的事情道歉，二人冰释前嫌，忽然想起案发当天是超级月亮的景象，说不定附近会有摄影爱好者捕捉到黑衣人的镜头。
也正因通过这条线索，失眠小组的成员们帮忙寻找照片，虽然没有找到黑衣人的声音，却在房顶发现一只黑猫。问题在于警方翻看别墅周边所有监控，完全没有发现黑猫，说明监控录像已经被人动过手脚。经过技术组协助破解系统活动日志，证实米歇尔在一年之内有过六次删改监控系统的片段，时间大概从三十分钟到六十分钟左右，最近一次是案发当晚停止录像功能，紧接将预先准备好的录像覆盖之前的录像，显然是让某些见不得光的人进入住宅。
井浩然立马向李长官申请重启案件调查，联合法证部进行现场二次勘查。余星柏在别墅外面看见霍宝英感到惊讶，才知她已在重案组工作，霍宝英很高兴能和余星柏成为搭档，尽管是在不同部门，但她相信上次风筝案配合默契，接下来也不会例外，旁边同事闻言掩饰不住八卦窃喜。
张世熙和湛霆检查梳妆台发现一条红色书签带，根据红色带子裂痕翻找书柜，果然找到沾有米歇尔失禁尿液和其他人血渍的年报。重案组与法证部对此展开讨论，分析案发当时的具体经过，井浩然质问法证部为何疏忽重要物证，若非他们的纰漏，又怎会导致韦建邦平白无故坐牢四个月。
湛霆心里无比自责，在场人都不知如何回应，余星柏等到重案组离开后，安慰大家不必过于气馁，毕竟法证部只负责搜证工作，没有人会联想到米歇尔死因跟书签带有关。因为这件事情给湛霆带来的困扰，便是他在之后的搜证工作中出现不自信乃至自我怀疑的状态，好在同事们对他非常包容。
没过多久，法院宣判韦建邦无罪释放，韦建邦面对众多媒体镜头，扬言会状告法证部追讨自己的损失。尽管余星柏表面故作淡然，认为湛霆做错事情要勇于承担，可是范佩清知道余星柏多么在意徒弟感受，只是习惯以其他方式表达关心。
余星柏和范佩清吃完饭，还不忘给湛霆带去夜宵，提醒他要为明天出庭作证做准备。可在庭审现场，辩方律师举例湛霆滥药和疲劳加班，从而记错车牌号码。法官结合辩方证人证词以及物证，又对于湛霆搜证时精神状态存疑，基于疑点利益归于被告，最终裁定危险驾驶致人死亡罪名不成立。
宣判结束之后，湛霆独自躲在洗手间里平复情绪，余星柏等在门外接到范佩清的电话，意外得知韦建邦妻子在洗衣店工作摔倒流产。若非韦建邦判刑入狱，妻子必然不会如此辛苦工作，所以韦建邦迁怒到湛霆身上，动手打了他。余星柏带着湛霆前往海边散心，希望他能引以为戒，明白作为法证人员的重要性，任何不起眼的物品，都有可能作为重要证据呈交法庭。