范佩清以客席讲师身份来到医学院授课，并且建议大家接触最新研发的虚拟解刨系统，通过练习剥离皮肤组织，更好地深入观察人体深层结构。然而医学生傅剑成的练习成绩不合格，却能够游刃有余地实刀解刨尸体，甚至发现大体老师身上多处淤青，申请要调看死者生前资料。这种情况是范佩清当法医以来从未遇过，所以她第一时间决定报警，学生们都觉得尸体泡过防腐剂，证据也都被污染，恐怕法庭和警方未必愿意受理。傅剑成没有理会同学讨论的话题，沉默寡言地走下楼，路过长廊看见小鸟尸体后驻足。
之后没过多久，网上爆料汉明安养老院虐待老人，视频里清晰可见失禁老人被护工推到天台吹冷风，偏巧大体老师正是出自这家养老院。重案组查到近期又有老人陈永福去世，初步判断死于心脏衰竭，但是在遗体火化之前，范佩清发现陈永福身上也有类似不明显淤青。傅剑成想要追查陈永福的真正死因，奈何尸检房禁止法医之外入内，幸好他的坚持有所回应，范佩清破例让他旁观。在整个尸检过程中，傅剑成表达自己的观点，最终一致认定老人生前曾经长期处于低温状态，继而导致冻死。
重案组警员来到养老院向护工了解情况，同时拿出引起热议的视频，护工承认是为避免吵到其他老人休息，才不得已这么做。可当唐心问及她们有没有将陈永福推去天台，两名护工异口同声地否认，还表示陈永福患有心脏病，三餐饮食都是比较清淡。与此同时，霍宝英等人找到陈永福的儿子和儿媳，得知他生前来家里吃晚饭，普通清淡食物并无任何不妥，唯独胡辣汤算是重口。然而这个细节没有引起警员的注意，反而将注意力关注到养老院分发给老人的鱼油营养品。
无良媒体报道湛霆滥药，导致他近来情绪低落，余星柏为能让他摆脱这种状态，通知他带队去养老院搜证。湛霆在同事们的鼓励下，总算是恢复些许信心，又因搜证毫无所获，为此有些沮丧，即便是发现养老院进购没受规管的山寨鱼油，也无法证明他们虐待老人致死。余星柏安慰湛霆就算找不到证据也没关系，无所谓外界的流言蜚语，应该要眼光长远。
神秘人趁护工不备便将李伯推到天台，并且锁上天台的门，直至重案组接到电话匆忙赶来，这才避免老人发生意外。李伯以为是陈永福冤魂来索命，极度恐惧的状态下说出实情，原来事发当晚，护工把陈永福推去天台，李伯觉得吵就故意锁上天台门，害得陈永福整晚待在天台。井浩然觉得有人在暗中调查陈永福的事情，因为他们之所以赶去天台救李伯，全因一通匿名电话，并且查到上传视频的IP地址是在范佩清任教的医学院。范佩清忽然联想到极度关注养老院案的傅剑成，结果在他家里发现许多动物标本，才知他的母亲生前是标本师。
傅剑成知道范佩清的来意，大方承认自己在对面天台偷拍养老院，以及接近住在邻近天台的李伯，通过聊天观察他的微表情，觉得对方肯定知道许多秘密。为能让李伯交代真相，傅剑成把他推到阳台吹冷风，又以匿名的方式给重案组打电话，包括他在茶餐厅听到的警方问话，最终认定是陈永福子女、李伯和养老院共同造成他的死亡。
因为陈永福生前有高血压跟长期心脏病，需要控制每天的脂肪和盐分摄取量，然而当晚陈永福食用过一碗口味很重的酸辣汤，大量饮水导致体内水分囤积，增加心脏负担，结合长期服用劣质鱼油，体内积存汞毒素导致肠功能紊乱。也正因如此，护工看到陈永福失禁尿床，一气之下推去阳台，没想到李伯故意锁门令她们疏忽陈永福，所以才发生后面的惨剧。
听过傅剑成的分析后，范佩清不得不承认他很聪明，却也逾越许多底线，法医的真正职责是帮死者说话，真正惩治凶手的人应该由警察和法官。傅剑成明白范佩清的意思，也为自己的行为道歉，并且回应自己的模拟解刨成绩为何不合格。范佩清回到医学院，立马向院方汇报系统存在瑕疵，建议院方停止使用。校长对范佩清大加赞赏，答应会联系相关技术人员修正系统，范佩清则是透露发现这个瑕疵的人，其实是医学生傅剑成。
湛霆不告而别，独自来到西贡海域坐船轻生，临死之前给师父余星柏发去短信，表示自己完全达不到他的期望，就连养老院搜证工作都出现各种失误，所以不想再重蹈覆辙，连累法证部和其他无辜的人。余星柏通知大家寻找湛霆下落，终将目标锁定在西贡海域，等他赶到为时已晚，湛霆彻底失去气息脉搏。
大家处理完湛霆的后事，回到法证部触景伤情，发现余星柏已为他们准备好出庭作证的资料，并且着重标记关键要点。反观余星柏是最后到场祭拜湛霆，全程情绪低落直至离开。坐在公交车上，余星柏满脑子都是检方在法庭上的羞辱，就算是湛霆付出生命都要恶言相向，瞬间觉得自己完全不配当师父，因为没有能力保护好徒弟。
霍宝英关心余星柏会出意外，骑着摩托跟在公交车后面，一直抵达终点急忙追过去，想尽办法安慰他，唱起之前放风筝喝醉酒的那首歌。余星柏在大家面前都是故作坚强淡然，实则心里比任何人都难过，所以牵动着他的回忆，还是忍不住眼眶泛红。
正当余星柏准备往回走，突然天降大雨，二人躲雨直至天晴。霍宝英想要送余星柏回家，余星柏委婉拒绝，而是借走她骑车专用的头盔。当晚霍宝英画了两个洋葱头代表自己和余星柏，放在床边盯着发呆，忍不住露出娇羞笑容。
之后的一段时间里，法证部缺少湛霆明显不适应，去现场搜证经常丢三落四。范佩清看见余星柏来给法证部送东西，主动上前和他攀谈。一直以来大家都知道湛霆都把余星柏当作偶像，这也是他加入法证部的终极目标，然而余星柏如此颓废的样子，实在是很难让范佩清彻底安心。
尤其范佩清发现湛霆给余星柏制作的满分卡，感慨师徒俩习惯都是高度相似，足以说明余星柏在湛霆心里的位置和分量。尽管范佩清能够理解余星柏痛失爱徒的感受，但是她希望余星柏可以打起精神出庭作证，为法证部、为湛霆讨回公道，绝对不要因此而一蹶不振。
湾仔法院二审当天，余星柏举证摩托车头盔带有防水功能，死者并没有受到视线影响而出车祸。不仅如此，余星柏还在现场找到飞溅到树干上的牛粪，由此可以推断私家车司机高速驾驶。辩方律师完全无视余星柏提供的证物，还在往湛霆身上泼脏水，扬言他是一位不可信的证人，要求法庭拒绝采纳法证部的意见。
但是余星柏再三强调吃药和滥药是属于两件事情，何况人非圣贤岂能无过，而他直接拆穿辩方律师肝脏有问题，明知不能熬夜的情况下，居然还在出庭之前去私人会所玩到天亮，甚至给当事人出错律师函。果然这番话怼得辩方律师哑口无言，审判长结合法证部呈交的新证据，最终宣判被告危险驾驶致人死亡罪名成立。
如今余星柏为徒弟击败辩方律师，恢复法证部的名声，却还是无法在短时间内走出来，索性申请假期去外地散心，没想到遇见对搜证感兴趣的孩童。余星柏跟在后面瞧个究竟，发现孩子们在向一位名叫司徒亮的老伯学习法证，此时村民慌张跑来通知司徒亮去案发现场，一同前往竟是河上村的沉香树被人砍断。
村民们都将此树奉为风水神树，保佑着家家户户安居乐业，可现在河上村与河下村争吵不休，互相指责。司徒亮留意到旁边看热闹的余星柏，故意指控他才是凶手，作为外乡人的余星柏若要自证清白，须得在短时间内找到真正的伐木凶手。
正是因为司徒亮的激将法，余星柏承诺一天时间就能搞定，从现场收集证物到回去检验观察，司徒亮都在有意无意地给出线索。当天晚上，余星柏到司徒亮家里做客，通过聊天得知他是法证部的前辈，并且破获土瓜湾纸盒藏尸案。
由于这起案子是香港开埠以来第一例没人证、没指纹、没认罪口供的凶杀案，所以在当时引起轰动，凭借着科学鉴定锁定疑犯。然而司徒亮抱有不同观点，尤其现场许多证据遭到破坏，尽管疑犯前两年已经出狱并且不想追究，可是司徒亮始终觉得疑犯是被冤枉，直至今日都放不下。
司徒亮观察到余星柏请假来河上村，每天跑去湛霆自杀的海域潜水，以为他是想不开。余星柏表示自己潜水是为寻回徒弟的工作证，可惜这么多天以来毫无进展，司徒亮提醒余星柏凡事都要往前看，无论真想潜得多深、飘得多远，始终都会留在某个角落。
很快余星柏依据动机以及石灰粉找到伐木凶手，并且还发现同伙都是本村人，二人无奈交代是赌钱招惹高利贷，以至于在开车跑路时意外撞断沉香树。司徒亮将这件事情发布到网上，还有关于余星柏的视频，余星柏生气跑去质问，发现已有媒体记者等在家里，而他不情不愿被司徒亮拉着接受采访。司徒亮为能查出纸盒藏尸案的真相，未征得余星柏同意，直接向媒体透露会共同重查此案。
当年土瓜湾发生命案之后，警方通过走访死者罗晶晶的人际关系，迅速将嫌疑目标到男友武志佳身上，包括他所工作的凉茶店也都列入案发第一现场。后来法院判决下达没多久，凉茶店因此歇业，司徒亮买下凉茶店重新模拟布置，在没有新型科技帮忙的情况下，唯有采取这种办法保存线索。
至于警方为何会认定武志佳是凶手，主要还是源于罗晶晶的同学证词，以及结合环境证物推测武志佳的杀人动机。依照同学所提供的信息，罗晶晶在案发之日去过武志佳的凉茶店，并且和朋友约定夜里十点在马头围村交换漫画。
然而在此期间，武志佳全程闷闷不乐，疑似是遇到些棘手的金钱问题。罗晶晶离开凉茶店后回家，直至晚上八点独自出门，曾有目击者证实她出现在凉茶附近的大厦楼梯。反观死者的朋友描述自己准时十点抵达马头围村，但是迟迟没有等到罗晶晶出现，也知道她一向都有不守时和爽约的习惯，索性先行回去，没想到隔天清洁女工在凉茶店附近发现巨大纸箱，里面正是罗晶晶的尸体。
尽管纸箱和尸体早已界定为被污染，可是考虑到搜集的证物太少，综合所有人的供词，死者罗晶晶在前一天晚上八点之后就失去联络，所以警方立马封锁凉茶店，猜测武志佳存在金钱纠纷，失手杀害女友罗晶晶。
为能更加还原现场，司徒亮拿出装有武志佳指纹、凉茶药材和衣物纤维的纸箱，然而这些东西都属于是环境证据，无法百分之百肯定凶手身份。其实当年民众非常关注这件案子，警方碍于压力尽快破案，直接采信还未证实且对武志佳不利的证据，从而忽略武志佳曾经收到过号码为“A333888”的百元纸币，怎知案发当天，纸币凭空消失不见。
余星柏觉得纸币才是引出凶手的关键，可惜警方根本不相信，没有积极寻找纸币下落。时至今日已过四十二年，司徒亮迫切希望查出真相，余星柏发现他在凉茶店扫把上找到第三者血迹，立马联系法证部进行血液检验，报告结论此人极有可能是东南亚籍，并且还有吸毒的习惯。
司徒亮带着余星柏去找武志佳，发现他正遭到媒体记者的纠缠，多亏好兄弟沈大辉出面解围，非但没有嫌弃他以前坐过牢，甚至还给他介绍工作。武志佳很感谢能够沈大辉这个朋友，二人说话间，司徒亮和余星柏走了过来，拿出第三者的虚拟画像向他了解情况。可当武志佳看见画像第一眼，神色骤变，表示自己已经不想要洗刷冤屈，而是希望能够平平淡淡地生活。
当天下班后，武志佳躲在角落里默默注视一对母女，直到女孩发现吓得他仓皇而逃。女孩莫静恩跟过来发现武志佳的小腿受伤，善良地送给他创口贴，武志佳心情复杂，回赠一条蒲草编织的手绳。
经过司徒亮走访调查，总算查到画像上的人是一位名叫林发的蛇头，主要工作是帮人偷渡。司徒亮和余星柏来到林发常去的废弃酒厂，果然从水泥成分里检测出异样，重案组砸开其中一口酿酒大缸，发现里面居然藏着男性尸体。
范佩清对尸体进行检查，除了腹部致命伤和小腿处的牙印之外，还在其他地方发现钟表、蒲草手绳以及旧报碎片，DNA比对过后证实死者就是林发。井浩然觉得林发和武志佳之间必然有着密不可分的联系，或许可以两件案子合并调查，而他去找武志佳了解情况，看到莫静恩妈妈在警告武志佳离自己女儿远点。
两人前往警局接受审讯，井浩然留意到武志佳送给莫静恩的手绳，奈何武志佳否认自己认识林发。霍宝英通过旧报碎片翻出一九八零年十月十一日的今朝日报，藏匿罗晶晶尸体的纸箱里面也有这份报纸，唯独缺少赛马版，也就意味着林发和罗晶晶身上的报纸属于同一份。
虽然法医和法证部没办法证实井浩然的猜测，可是他们基本能够确定林发死亡时间是下午四点，井浩然认为武志佳就算不是杀人凶手，也绝对参与水泥埋尸。范佩清又拿出牙齿检测报告，强调咬伤林发小腿之人极有可能是八到十二岁的孩子。
霍宝英独自来凉茶店查案，司徒亮见她对余星柏如此上心，不免回想起初恋女友柳青，对方同为重案组警员，为了帮自己是不遗余力。余星柏在凉茶店外面等司徒亮和霍宝英，三人向兴启物业公司的沈大辉了解情况，询问他是否见过报纸上的字迹。
沈大辉表示自己完全记不得，事后将司徒亮等人留给自己的复印件丢进垃圾桶，正巧武志佳从垃圾桶里看见这张纸。莫静恩妈妈卖假燕窝被人拆穿，居然把女儿推出去当挡箭牌，武志佳及时出现赶走辱骂莫静恩的妇人们，还主动给她买冰淇淋安抚情绪。
莫静恩非常感谢眼前这位大叔，相信他绝对不会是杀人犯，其实武志佳已经知道凶手身份，可他顾念朋友情义不愿供出，何况就算是翻案也无法让时光回溯。此时莫静恩无意间说的话提醒武志佳，主动向司徒亮和余星柏提供中学时期的照片，认定沈大辉就是凶手。当晚司徒亮接到霍宝英的电话，得知她已经联系收藏失踪纸币的知情人。