赵高驾马怂恿皇上立胡亥为太子，皇上说他老毛病又犯了。皇上到了洛阳要队伍停下来说今天是仲夫吕不韦的祭日，于是就要去。李斯说为什么这次会兴师动众去吊晔吕不韦，蒙毅说皇上也是有感情的。吕不韦墓前有一群人在为他吊晔，李斯和蒙毅前去看看什么情况。李斯看到一人长得跟吕不韦极像，就怀疑他是吕不韦之后，蒙毅说他会把这个人交给皇上处置，李斯说能饶人处且饶人，蒙毅说他只是这样说说而已。于是李斯就让蒙毅带着吊晔的人先走，那人叫吕班，他谢过蒙毅救命之恩，蒙毅说要谢就谢李斯吧，吕班想要送蒙毅价值不菲的镯子作为谢意，蒙毅想起了这件事一定跟皇上的身世有关，这镯子跟玉娘送给灵儿的是一对，于是他就让吕班把镯子送给秦直道上的灵公主。
皇上来到吕不韦的坟前，皇上看到了烧了一半的吕氏春秋说那些人一定是吕不韦的后人，李斯听后害怕极了，说要追上他们，皇上说算了。传说吕不韦是皇上的生父，赵姬怀着孕来到了公子子楚身边，后来是吕不韦带着皇上打下了江山，秦始皇的心里难免会很复杂。
扶苏对蒙恬说秦直道还剩下不到百里，蒙恬高兴地不行，说他们还要加紧时间修建秦直道。
卫队长找到灵儿说吕班给她送来了一只镯子可是没找到她，灵儿看到镯子之后想着这只镯子跟母后送给自己的显然是一对，于是陷入了沉思。
灵儿和蒙恬来到暖宫，蒙恬让灵儿给发现的泉水起名，灵儿给新发现的眼泉说就叫满珠泉吧，大贵听后说感激她。
扶苏拿着蒙毅带给灵儿的信，还说还要在秦直道剪彩当日与蒙恬一同出面求圣上答应她跟蒙毅的婚事。灵儿听到了高兴极了。
皇上刚对蒙毅说让他加强戒备，赵高跪在皇上面前说徐福跑了，他还找来了船工，船工说徐福把他们骗了，他带着童男童女还有两百艘船朝东海去了，他还说徐福说世上根本就不存在长生不老药。秦始皇听了之后说瞒天过海，这是秦始皇的奇耻大辱，生气极了，大喊之后就晕倒了。御医给皇上看过病之后说只要按时吃药就会好的。御医将要走时，赵高问他皇上到底病的怎样，御医说实不相瞒他们必须歇息一段时间，不然皇上的身体承受不了。
皇上叫来蒙毅执意要上车调养，根本不听蒙毅的劝阻。路上他们受到秦直道的快报i，秦始皇说直道的工程贯穿有望。蒙毅建议皇上召扶苏回咸阳，皇上说自己一定会好起来的你，还说明天就出发，按原路祭祀过先祖之后再朝西部出发。蒙毅担心皇上的身体，赵高却说他多嘴，自己只听皇上的。
御医为皇上看过病情之后说不能再前进了，至少要休息一个月，皇上说最多停留三天。到了沙丘，皇上对赵高说要他陪自己去邯郸故地重游，这时，车外传来打鸟的小孩说死了，于是下命处死他们还命人以后不许在他面前提死字。皇上睡觉梦到了扶苏，醒来他却不见了，心里很是难过。
皇上的车马快到沙丘时突然抽搐起来，御医说天气太热让人把他抬到屋里，皇上就是不下车还让赵高把蒙毅找来，下令从现在开始任何人不准进入车内。
赵高下了车犹豫不定，让赵城在马车边打听皇上跟蒙毅的谈话。秦始皇对蒙毅说他不在对长生不老药苦思冥想了，皇上对蒙毅说扶苏是最合适的太子人选。赵城听了之后就把这件事告诉了赵高。
赵高来到河边找到正在玩耍的胡亥告诉了他皇上要立扶苏为太子，还说让他沉住气。皇上对李斯、蒙毅、赵高说他已无力远行，要回咸阳，赵高于是建议让蒙毅替皇上祭祀山川。
蒙毅说自己年轻没有资格代替皇上祭祀，可是赵高坚持推荐他，最后蒙毅就不得不领旨了，皇上还 交代蒙毅说倘若自己有不测一定要找到蒙恬和扶苏修好直道和长城。
赵高找到赵成给了他一些药说这位药能让皇上好好睡觉。皇上吃了药躺在床上仿佛看到了玉娘，玉娘说皇上应该休息一下，皇上就说起了自己一生的经历，还说直道就要修建完成，玉娘劝他不要去了说他们很快就要团聚了，说着玉娘就消失了，皇上找不到玉娘却见到到赵高在自己身边，他让赵高准备笔墨想要写遗书，他写完招数之后让赵高火速把它交到直道，让扶苏把兵权交给蒙恬之后火速回城。
赵高端来了赵成送来的药亲自喂皇上吃，皇上说他不要吃药，赵高却逼着皇上吃完，皇上醒悟叫着蒙毅的名字，可是赵高却激怒他说蒙毅已经被派往山川祭祀了。秦始皇欲火攻心吐了血，赵高私下叫赵成上了马车，赵成看到死去的皇上吓得跪下来，赵高吩咐他守在这里，要是有人问起就说皇上睡着了。
蒙毅代替皇上祭祀山川，不料祭祀的灯灭了，心里担心皇上遭遇不测，于是心里为皇上祈祷。
赵高找胡亥来看皇上，胡亥看到死去的皇上心里难受极了说以后自己就没有靠山了，于是就大声痛哭。赵高说现在还不是伤心的时候，现在关系到皇位的继承问题。赵高对胡亥说皇上驾崩之前只留下了一份诏书，如果扶苏继承皇位，他就没有一片天地了，问他到底是想要掌控天下还是要受别人的操控。胡亥说自己如果这样做江山社稷定不会长久，他担心百姓不会服自己。赵高却在麻痹胡亥说错过了良机就追悔莫及。胡亥默允了，赵高于是就高兴地叫他太子。
李斯因为皇上驾崩伤心不已，他感激皇上的知遇之恩。赵高说让李斯为今后着想，他还拿出了皇上的玉玺还拿出了诏书，说这是皇上生前写的，可惜长公子没看见。赵高说现在谁继承皇位就在他的掌控之中，李斯说这不是他们决定的，说着就叫人来，却没有人来。赵高说李斯是扶苏的岳父，恐怕他没机会了，还说长公子并没有接纳李贤，等到秦直道修建成功之后就会休了她。赵高又劝他为自己的前程好好想想，还说李斯不能跟蒙氏家族相比，让他识大局。李斯说自己明白了，他问道胡亥的想法。赵高说胡亥说如果自己继位他就封李斯为长封侯。李斯看过扶苏写给胡亥的书信之后就说这都是命，于是就拜见胡亥为太子。
赵高当着李斯和胡亥的面烧掉秦始皇生前写的诏书，胡亥说明天一早就下诏回京，要是有人反对就杀无赦。赵高说蒙恬和扶苏手握大兵，等到改过诏书之后就用诏书收了他们的大权，还说通知各郡遇到蒙毅就杀掉，李斯为他求情说这样做会打草惊蛇的，还说他们按照原路巡游返回咸阳秘不发丧。
赵高对朝臣说因为身体欠安，朝堂之事交予李斯转奏，自己掌管宫中之事。李斯暗中找人说让他到直道等到扶苏就犯之后就把李贤带来，他的手下在他出发的路上被蒙毅抓到说他们是到秦直道去送诏书的。于是蒙毅就想看来皇上还是安然无恙的。
诏书责怪蒙恬和扶苏不务正业还赐死二人，扶苏听了诏书不相信是秦始皇的诏书，可是看过之后就不得不信心里难过极了，扶苏说君要臣死臣不得不死。蒙恬说这其中一定有诈，万不可草率行事，一切等到自己查明真相之后再做决定。扶苏回到帐中拔出刀想要自行了断，李贤说蒙恬要自己保护他，还说自己要跟公子一起死。公子害怕自己一死的决心动摇，李贤说要他去跟乔女到个别。李贤跪在乔女墓前说自己因为嫉妒害了她，要去找她作伴，扶苏说不让她自责。
灵儿快马加鞭找蒙恬，蒙恬来到扶苏军帐中说自己已经复书，要再等等看。蒙恬还说皇上已经封胡亥为太子，这不合常理，他说自己和扶苏并不是贪生怕死之人，但是一定要死得明白。扶苏决定用死来证明自己的清白和对皇上的衷心，随后他一个人骑着马到了山里拔剑自刎，这时候李贤也骑着马赶来了，她看着扶苏的尸体说自己生不能和他相爱，死要死在一起，随后李贤也自杀在了扶苏的身边。
蒙恬写了一份书信让送诏书的曲公呈给皇上，他说只要皇上看了这封信之后就什么都会明白的。曲公在回咸阳的路上遇见了蒙毅，他没有理蒙毅直接回了咸阳见了赵高，曲公告诉赵高说扶苏已经自杀了，还说蒙毅写了一封信要呈给皇上。赵高看了那封信之后庆幸皇上已经死了，他告诉胡亥说现在必须要处死蒙毅兄弟，要不然他们会有后患的。
蒙恬想不明白自己的下场为什么会是这样，灵儿劝蒙恬远走高飞，但是蒙恬说自己一定要等到皇上下诏书自己才能走，还说自己不害怕死。这时候韩成送来诏书说皇上还是要赐死他，蒙恬看了之后说自己死的不明白，韩成看说要是蒙恬不信的话自己要亲自把他押回扬州受审，等皇上亲自过来审他。
蒙恬临走的时候交代了灵儿一些话，随后跟着韩成上路了，但是在半路上大贵带着人要救出蒙恬。蒙恬看了之后让大贵赶紧走，大贵没有办法只好眼睁睁的看着蒙恬被带走了，冒顿知道了蒙恬要被皇上处死之后也带着人过来了，冒顿说蒙恬跟他交战数年没想到他没有死在自己的刀下却进了大秦自己囚车。这时候冒顿说自己要让蒙恬死在自己的刀下青史留名也不能让他死在J臣的刀下。
蒙恬说他们蒙家世代忠诚，他不会抗旨不尊的，但是冒顿让他和自己一起起兵杀回咸阳，蒙恬说自己就算是冤死也不会起兵让生灵涂炭的。蒙毅办完了祭祀的事情之后决定直接回咸阳，这时候大贵骑着马赶来说让他赶紧去救蒙恬，还说蒙恬被囚禁于扬州，扶苏公子已经自杀了。
蒙毅听了之后不敢相信这是真的，他说自己走的时候皇上亲口告诉自己说要立扶苏为太子的，现在怎么会是这样。