圣谱历1648年，在曾被称为神州的土地?极东上空的航空都市舰武藏，是极东唯一的独立领土。在武藏上的阿利亚达斯特教导院三年梅组学生们过着平淡的生活。在学校，他们所谓的“上课”是追赶跑跳碰，什么招都行，什么招都不奇怪。但是此时主角葵?托利却不见踪影。
本多?正纯，是个立志要当政治家的穷学生，她在快饿死路边的关头，被轻食店“青雷亭”里工作的自动人偶P-01s救了起来。另一方面三年梅组，葵?托利提议要在深夜的教导院里玩试胆大会。
为了除掉深夜的幽灵，三年梅组全员采购必要的物品。而此时的托利，踏进了久违的后悔通道。另一方面，正纯也来到了后悔通道，从父亲正信以及他的朋友小西那，听说了十年前发生的事情。