让赵贞吉想不到的是海父就是死于倭寇之手，杀父之痛，海瑞锥心难忘！赵贞吉只得以杨金水已疯、无人查证为由，案子停办，称自己已用八百里急递上奏朝廷，只等朝廷旨意下来。并命海瑞立刻把军需押运到胡宗宪大营，十天后按旨办案。 海瑞押运军需来到胡宗宪大营，胡宗宪以诗明志。海瑞见机询问：胡宗宪以贪墨修河工款以致河堤失修处斩了马宁远、常伯熙、张知良还有李玄，是否另有隐衷。胡宗宪以案卷已经提交刑部，并不正面回答。郑泌昌、何茂才以通倭的罪名将倭酋井上十四郎和淳安的百姓齐大柱等判令处斩，胡宗宪知道是冤狱，亲派总督衙门的人来帮助海瑞平反冤狱，却为什么不追查到底？胡宗宪反问海瑞不是已经在查。海瑞问得浪打空城，不过却没有白来，正赶上齐大柱迎娶了自己在战场上救下来的女子。 赵贞吉的奏疏送至司礼监，秉笔太监陈洪大呼反了，要直接上奏嘉靖帝。秉笔太监黄锦建议还是先通报吕芳。吕芳命黄锦稳住嘉靖帝，自己前往诏狱见了沈一石一案的两个证人：高翰文和芸娘，并嘱咐二人只有沉默，才能保命。而嘉靖帝已经猜到浙江必有奏折，暗示吕芳“外重内轻”，吕芳立刻拟旨，命在杭州的锦衣卫立刻把杨金水押解进京，让赵贞吉署理江南织造局的差使，命他不惜一切给胡宗宪东南前方筹措军需！

赵贞吉示下谭纶领办郑泌昌、何茂才一案，郑泌昌、何茂才听到圣旨知道杨金水逃脱了罪责，自己也不会自保，索性就交待自己实际就是为织造局、为宫里当差的，内阁也是为宫里当差的，都是为了嘉靖帝干的。而毁堤淹田也是严世蕃写信让自己干的，杨金水也知道，嘉靖帝自然也知道。 赵贞吉沉不住气向谭纶交底，倒严就不能牵涉嘉靖帝，牵涉嘉靖帝就倒不了严，还会牵祸裕王。就是倒严，像胡宗宪这样的人就得保，要保胡宗宪毁堤淹田也不能问，谭纶也陷入了两难。 锦衣卫要求供状中一切牵涉到宫里的内容都要删去，海瑞坚持凡是奉旨审案，务必都要将原供词一字不改呈交朝廷、呈交嘉靖帝，赵贞吉也要谭纶劝海瑞供词最好不要这样呈送朝廷。

一番劝说，海瑞执意不改一字，将郑泌昌、何茂才的供状上报朝廷。并言倘若因此获罪是自己一人之罪，与他人无干系。 郑泌昌、何茂才的供状送到司礼监，惹怒了司礼监五大秉笔太监。吕芳一面急递赵贞吉，责问他将这样的供词呈上来是诚何心！命赵贞吉、海瑞、王用汲重审，一面找严嵩、徐阶商量对策。严嵩当即表态，真如郑泌昌、何茂才所言，是严世蕃他们叫浙江毁堤淹田，还敢通倭，就应该满门抄斩！可吕芳担心牵涉了胡宗宪，影响了东南抗倭的大局。徐阶也认为两份供词是陪审官海瑞主审，陪审官王用汲记录，并无赵贞吉和谭纶的署名不正常。二人赞同吕芳的说法，供词不能呈交嘉靖帝。 嘉靖帝已察觉有异，陈洪避开黄锦借机将真相告诉了嘉靖帝。