芬奇前往和女友第一次约会的咖啡店回忆往日的时光，不料他的这一举动却暴露了他，里瑟接到“机器”的报警和根一起前去保护芬奇。回到安全屋后，“撒马利亚人”的杀手紧随而来，以利亚依靠以往的人脉将芬奇送往安全地并随行保护他。

可是“撒马利亚人”仍然找到了他们，在护送芬奇的途中以利亚中枪身亡，芬奇被带走。在芬奇被“撒马利亚人”转移的途中，根与肖及时赶到救下了芬奇，在肖的掩护下根带走芬奇驾车离开。逃亡路上，根和芬奇依旧不断被追杀，根劝芬奇不能再像现在这样一味的防守了，是时候用“机器”开展反击了，但芬奇仍然犹豫不决。

在一次被伏击中根中枪了并且他们的车被警察拦下，芬奇被带往市中心的警察局，根被送往了医院。在警察局的芬奇回想到身边的好友一个个的倒下，他终于决定放弃自己那一直谨守的规则，他决心向“撒马利亚人”开战！“机器”解放了全警察局的囚犯帮助芬奇趁机越狱，与此同时，根牺牲的噩耗传来…

芬奇独自一人前往根的家乡得州，似乎是打算前往她的出生地悼念她，“机器”一直陪伴着他。里瑟和肖正打算去寻找芬奇，却接到新的“号码”——美国总统！总统即将出席一个高级别的筹资晚会，里瑟和肖混进了晚会现场对总统实施保护。

里瑟及时发现了定时爆炸装置解除了危机，可是晚上现场的电视剧机屏幕上却出现了警告语，在抓住了一名假扮的服务生后，肖对其一番审问候假装放走他并顺藤摸瓜的找到了恐怖分子的老巢，原来是参议员的妻子为了反对政府对公民的监控行为，而决定为自由而战。

肖在“机器”的帮助下成功脱困，弗斯科发现恐怖分子计划用无人机袭击总统的座驾，最后肖成功延缓了总统上车的时间避免了这次危机。但肖、里瑟、弗斯科都被特勤组逮捕，这时候三位以前的“号码”分别出现救出了他们三人。芬奇前往根家乡的途中来到了一所军事基地，盗取了里面封存的电脑病毒——冰封9，这时芬奇他们唯一能击溃“撒马利亚人”的机会…

“机器”知道芬奇一直在犹豫是否要释放冰封9病毒，因为芬奇深知冰封9可以消灭“撒马利亚人”但同时“机器”也将一同消亡。“机器”给芬奇放映着里瑟、肖、弗斯科这些芬奇身边伙伴以前的模拟，给他看一个没有“机器”的世界借此帮他做决定，但最终还是得芬奇自己拿主意。

在“机器”的帮助下，芬奇进入了国家安全局，他将在里面的机房释放冰封9。由于国安局里设置了静电屏蔽场，“机器”只能暂时切断与芬奇的联系，它给里瑟和肖发送信息让他们前来帮助芬奇。就在芬奇即将输入最后的语音密码释放冰封9时，“撒马利亚人”的特工找到了他并控制了他，头目格里亚将自己和芬奇困在密封的房间，在得知只有他一人知道语音密码后，格里亚下令抽空房间的空气打算与芬奇同归于尽。

紧急关头里瑟和肖接通了连接外界的路由器，“机器”重新激活救出了芬奇。最终，芬奇说了出语音密码释放了病毒。