王海军任改装后的159舰舰长，李强被派到舰艇学院学习，任政委。王山魁着急抱孙子，为了生男孩还是生女孩的事和马建成半开起玩笑，两人小酌怡情，相谈甚欢。信息化终端海上试航会议，王海军自信的准备了两套作战方案，王山魁觉得儿子有些托大，便单独叮嘱李强，如果海军指挥失当立即接替他指挥。李强勉强答应。王海军帮助李美花找到一份比较合适的工作，李强万分感激。在训练中，试验舰遭遇魔鬼天气，许多新人不能适应海上恶劣的条件上吐下泻，有的甚至打了退堂鼓并不断的抱怨为何挑选这种天气训练，王海军怒斥说训练也要当作实战来看待，继续坚持带队训练。最终王海军带领新兵们完成了难度极高的训练任务，顺利返航。为了给孩子治病，李美花耽误了上班时间，为了避免被开除，美花跟酒店签了一份她看不懂的合同，合同的工作性质其实是陪客人吃饭。美花受到了客人的调戏和侮辱，酒店反而以她以女色勒索客人要小费而向派出所报案，结果闻讯赶来的李强误会了美花。王海军听说美花被欺负了，怒不可遏冲到酒店，教训无良老板，却被纠察带走。

卢向泉来李强家见到李美花和孩子要回老家，感到心酸，让李美花留下来并把美花还来的钱拿给她。事影响很恶劣，王山魁和卢信泉都感到棘手，但谁也没想到这家酒店的董事长竟然是卢向东，卢向东闻讯出面教训老板，却被老板用匕首刺伤，尽管向东最终制服了老板，自己还是伤势过重昏了过去。卢信泉痛苦万分，拿着向东要交给海军的夹子。海军拿到夹子发现向东交给他的是几张存折和一封信。医院里，卢向泉和向东冰释前嫌。第一号实战演习迫在眉睫，王海军打人事件还在处理中，王山魁破格将海军暂留军舰，降为副舰长，戴罪立功。159舰进入强风区，陈舰长决定继续向前。因观通系统出现故障，王海军命令切换到战时程序，关闭所有仪器，状况紧急，王海军下达作战命令，李强与王海军之间起了冲突。王海军解除李强的指挥，要求他离开指挥室，副舰长也说李强违反了海军条例。李强发现自己理解错了司令员的意思，被战士押下。109指挥室里，彭向前和陈舰长认为王海军改变计划是因为终端失灵，他们面临两种选择，全力出击或者原地不动。蓝方旗舰见王海军没有使用电子供给系统，猜测他们终端系统失灵，舰长下令继续寻找109，并活捉王海军。情况危急，李强和战士们及时抢修了错综复杂的光缆，随着一连串的报告声，各项系统全部恢复正常。王海军立即连接109，对敌舰展开了全面进攻。

蓝军旗舰失去了战斗的能力，王山魁无奈地站在前甲板上默默吸烟，舰长唯有苦笑。演习结束，整个观察室一片沸腾，只有马建成一动不动，众人立即将他送往医院抢救。医院的手术室里，众人匆匆赶到，手术室门缓缓打开，众人急忙迎了上去追问结果，主刀大夫终于流出了眼泪，马建成去世了。隆重和庄严的遗体告别会，大家追思着马建成过往的功绩……宜川号拉响志哀的笛声，马玉将父亲的骨灰撒向了大海。马玉因劳累及伤心过度流产。医院里，马玉向海军提出自己去北京考国际海洋法博士的想法。马玉考上中国政法大学国际海洋法博士；向东的公司开得如火如荼，还将公司开到了沙特；海军和李强继续完善159的训练科目，在全军大比武中取得优异成绩。马玉在答辩过程中和海军爱情修成正果。作战会议又一次紧急召开，这是一次全新的战争，王山魁要求王海军单独指挥宜川号，并要他不立功不要回来见他。王海军说他只要记住，他是王山魁的儿子。另一头，挺着大肚子马玉在许锦云的陪同下，为马建成扫墓。宜川号发现了目标，全速前进。王海军带领全新武装的159舰进行返航训练。