在被折原杀害的敷村教授的电脑里，里有提示抗病毒剂所在的线索。藤丸与加纳、南海一起，循着线索的提示好不容易来到了深山中的某个小屋。那个小屋是藤丸从前经常与家人一起拜访、充满了回忆的地方，最近被敷村教授当作了研究所……但是不知为何，藤丸一行人进入小屋的事被恐怖分子们得知了，藤丸等人又一次陷入了危机中。

另一方面，在THIRD-i本部，由于叛徒与病毒感染着的出现而被问责的雾岛交出了指挥权，信任指挥军镰田（斋藤步）的强硬作风让THIRD-i的成员们感到为难……

然后，在死囚房里做出诡异行为的谜样男子神岛紫门与恐怖集团令人意外的关系终于明朗了。

被人嫁祸杀死警察而被通缉的藤丸，在音弥、葵、真子（德永惠利）、英（久野雅弘）等报社成员的帮助下，躲在一个学校里。对于亲人四分五散，又得不到「THIRD-i」信任的藤丸来说，那是唯一一个能冷静下来落脚的地方。但是空无一人的学校里，却惊现恐怖分子的身影！……此时J告知「THIRD-i」包括藤丸在内的五个人已感染上了病毒，并向「THIRD-i」提出要求，让他们以释放神岛紫门（嶋田久作）来交换这五人的解毒剂。

「THIRD-i」在已得知恐怖分子计划后，新指挥官镰田本着“为了战争，牺牲不可避免”的观点，认为与救出藤丸等人相比，抓住恐怖分子更为重要。

与外界断绝联系，又迫于病毒威胁的藤丸等人将会面临什么样的悲剧呢。

在与潜入学校的恐怖分子搏斗后，藤丸最终得到了抗病毒剂。但是，病徵出得很早的英还没有来得及注射药剂就气绝身亡了。藤丸认为英的死全部都是自己的错，陷入了悲痛的深渊……

另外一方面，J为首的恐怖分子袭击了拘留所，成功救出了教祖神岛紫门，并开始实行最极端的病毒计划{BLOODY MONDAY}.

渡过了朋友的死，坚定了战斗信念的藤丸和「THIRD-I」协力与恐怖分子面对面。"最后的星期一"，藤丸究竟能不能够拯救朋友、东京和地球吗?还有一个就是，因为J而逐渐明朗的事实，追逼著藤丸。