芹泽烧毁和外国做非法生意的黑店，不明事故的众人都以新选组为恶。随着清晨的一声炮响，国内动乱的格局与战争似乎一触即发，新选组接到命令前去护驾，不为军队所认可的新选组在两难境地之时，芹泽显示出了异常的胆魄，由于此次护驾的优秀表现，新选组被授予“新撰组”的名号（之前为只称壬生浪人组）。

近藤劝说芹泽先生隐退（迫于会津公对于芹泽表现不满的压力），表明自己一定会使组里壮大龙之介巧合之下得志了芹泽不久之后将于人世，另一方面新见携带着效果开始稳定的变若水出逃准备卖出变若水，被闻讯赶来的岁三等人斩杀。

会津公下了命令要除掉芹泽，岁三近藤决定合众人之力杀掉芹泽，龙之介得知此事，竟已来不及告诉大家芹泽的身体问题，最终芹泽被杀，众人亦决意杀死跑丢的龙之介，然而被总司找到的龙之介展示出与其最早截然不同的求生欲，最终被总司推进河里故意放跑。从此新选组在黑暗之后走入了黎明，而变若水的研究转而由山南进行。