林东野对萧寒破口大骂，他一直把萧寒当兄弟，才拼命压抑对林雨竹的感情，萧寒不便多说，只是对他好言相劝，林东野根本不买账，扬言从此和他一刀两断。
卢山对宋老板苦苦相逼，宋老板只好承认他是日本人，画上是日本的鸟居，卢山想知道他的身份，宋老板自称是一个普通的日本人，因为喜欢中国才来这里，吴纯闻讯冲进房间，卢山猜到他们俩都是日本间谍，自己被迫一直在帮他们做事。
原来，吴纯每次都让卢山帮忙到宋老板的店里买饭，他出于好奇就打开饭盒，发现吴纯把拍摄的情报给宋老板，卢山发现这个秘密以后，宋老板就把他的家人交给关东军当人质，卢山被迫帮他们做事，他越想越生气，拔枪对准宋老板，宋老板就以他家人的性命相威胁，卢山顿时傻眼了，宋老板不想再见到卢山，吴纯赶忙把卢山拉走。
深夜，萧寒旧病复发，他挣扎着爬起来吃止痛药，不由地想起在上海的那段经历，他和王怡芳假扮夫妻潜伏，结果被国民党特务发现，萧寒掩护王怡芳逃出去，结果被打伤。萧寒不能说出事实真相，只能眼睁睁看着林雨竹痛苦，他心如刀绞。
当天夜里，林雨竹也夜不能寐，当她得知萧寒已经成家，忍不住伤心流泪，林甬升来给林雨竹送宵夜，劝她慎重考虑自己的婚事，林雨竹答应不会冲动做决定。郝有才一早带警察来查封济世医院，给她扣上非法行医罪名，林雨竹猜到他们为了那批药而来，萍萍打电话找林东野求助，卢山接的电话，借口林东野在开会。
孙启忠闻讯赶来为林雨竹解围，郝有才根本不买账，强行把医院查封了，孙启忠得知林雨竹早就把那批药转移走了，才放下心来。萧寒接到上级的密电，国民党即将对他们进行打压，还要解散政工队，萧寒觉得日军不会这样善罢甘休，担心接下来有更大的阴谋。
增田知贞利用中国老百姓试验细菌制剂，还让小林武觉如实画下来，他被血肉模糊的尸体吓得呕吐不止。1940年10月底，日本731 部队石井四郎中奖来到1644部队与增田知贞共同策划实施了震惊中外的宁波细菌战。1940年10月27日凌晨3点零六分日军低空侦察，6点47分，日军侦察机向城市散发传单，要给大家空投大米。
萧寒觉得此事很蹊跷，提醒政工队的队员们不要收空投物资，江海生伤愈归队，他也觉得不对劲。日军战机空投大米和面粉，百姓们争相拿着东西去捡，发现里面有很多跳蚤，林雨竹提醒家里人不要碰这些东西，她要对大米和面粉进行检验。
杨秋草收集了一小盆大米，萧寒担心里面有毒，让他赶快洗澡。萧寒拿着样品去医院检验，正好看到林雨竹被郝有才拦在门外，他把郝有才撵到一边，让林雨竹拿着样品去化验。检验过程很麻烦，需要分步进行，林雨竹打电话把检验科的医生叫回来帮忙，她怀疑日本人通过大米和面粉传播病毒，会引发大面积的瘟疫。
百姓吃了空投的大米和面粉，很快出现发热，浑身抽搐等瘟疫症状症状，林雨竹号召医护人员对他们进行抢救，提醒大家做好防范措施。杨秋草接触那些米和面感染瘟疫，他躺在床上打滚，付大虎不能进去帮他，只能在门外捶胸顿足，萧寒当即决定把杨秋草送到医院。
萧寒让江海生找一个板车，让胡子明帮他和付大虎做了安全防护，他们俩把杨秋草送到林雨竹的济世医院。
瘟疫患者越来越多，济世医院人满为患，林雨竹和医护人员忙得不可开交，可病患还源源不断送来，家属围着林雨竹，苦苦恳求她救救自己的家人，萧寒送杨秋草来医院，他站出来为林雨竹解围。林雨竹和医护人员对杨秋草进行抢救，他的病情渐渐稳定下来，林雨竹打电话向卫生防疫署荣处长求助，荣处长对她置之不理，林雨竹让萍萍联系几家有影响力的报纸。街上的鸡和狗吃了空投的有毒大米和面都死了，乞丐们把这些都拿走吃掉。
尹龙发报向上级汇报此事，上级领导当即决定利用媒体曝光此事，还派出小分队去根据地做宣传，提醒老百姓预防和阻断这种细菌的传播。林雨竹一连打了五个小时，卫生署的领导们都对此事置之不理，林雨竹决定召开新闻发布会，记者们很快来到医院，林雨竹给他们发了口罩和手套，公开曝光了日军投放带有鼠疫大米和面粉的罪行。
张恒遵照第三战区的指示，禁制士兵们离开营区，还对散布谣言的人进行严惩。上级派王茂林配合萧寒的工作，王茂林感谢萧寒的救命之恩，萧寒欢迎他的到来。萧寒和付大虎来看杨秋草，他们只隔着门玻璃看了看他。
因为鼠疫死亡的百姓越来越多，宋老板看到满大街的尸体，以及家属的哀嚎之声，他立刻向上级报告，增田知贞举行庆功宴，小林武觉心里五味杂陈。为了检验试剂的效果，增田知贞派一支小分队去实地考察，让小林武觉跟随他们把看到的情况画下来，答应让他和哥哥小林武义尽快见面。
萧寒号召政工队的队员们去街上进行消杀，发传单向百姓们做宣传，还要向他们宣传抗日的思想。日军化妆成当地百姓的模样，小林武觉和他们一同前往，佐藤认出小林武觉，拜托小林武觉有时间给他画一张像，他们来到一个村子，把村民们关在一起，点火把他们活活烧死，还把患鼠疫死了的人开棺，查看一下器官腐烂的程度，小林武觉恶心地狂吐不止。
萧寒带着队员们去附近村里做宣传，他们路过那个村子，看到那里火光冲天，那一小队日军早已经离开了，萧寒找了两匹马和付大虎去追他们。日军发现情况不妙，就把马车扔在路边，抬起那些资料逃走，留下几个人掩护，萧寒和付大虎快马加鞭追上去，把那几个日军全歼。小林武觉在树林里作画，他因为思念家乡画了富士山，小林武觉突然感觉浑身发冷，猜到自己得了鼠疫，不许同伴靠近他，最后晕倒在草丛里。
林雨竹和萧寒并肩作战，他们目睹了太多的生离死别，对日军的暴行恨之入骨，林东野派卢山给林雨竹送花，还要请她吃饭，林雨竹断然拒绝。王茂林接到上级的命令，鉴于目前形势紧张，准备让萧寒他们尽快转移，郑英达突然死里逃生回来了，王茂林和尹龙都欣喜若狂。
郑英达坠落山崖后侥幸逃生，被一个老猎户救了，老猎户夫妇精心照顾他，郑英达的伤势渐渐好转。
郑英达简单讲述了自己死里逃生的经历，就迫不及待向王茂林打听政工队的情况，王茂林详细介绍了萧寒整顿政工队的成果，郑英达深感欣慰。
张恒召开紧急会议，还把姚华康叫来列席，姚华康一见到林东野就向他表示祝贺，为林雨竹那批药的事向他赔罪，林东野不再追究，还和他称兄道弟，李满彪最后一个赶到，张恒主持了这次会议，宣布了上级的命令，要把八路军赶到长江以北，如果他们反抗，就讲他们一举歼灭，姚华康当众表态会不遗余力协助军队的行动，首要任务就是消灭政工队。
李满彪在营区四处抓捕倾向共产党的人，卢山向林东野汇报此事，林东野陷入迷茫，没想到国共合作就此破裂了，陈汉生提醒林东野远离萧寒和林雨竹，以免被连累，林东野坚信林雨竹不是共产党，陈汉生劝他好好配合抓捕八路军，只有这样才能消除嫌疑。
王茂林来给政工队送菜，站岗的队员不许他进门，多亏江海生及时赶来，把王茂林叫进去。姚华康派郝有才带着警察四处抓捕政工队队员，林东野带兵在政工队驻地附近蹲守，付大虎来医院看杨秋草，被警察当场逮到，杨秋草冲出来救人，被郝有才当场开枪打死。萧寒随后赶来，看到杨秋草倒在血泊之中，他心如刀绞。
王茂林叮嘱胡子明和尹龙等人处处小心，他刚想出门离开，突然发现对面楼上有人监视，他不动声色把胡子明叫进去。林东野时刻关注着那个院子的动静，无意中发现姚华康的人也在附近埋伏，他决定让姚华康做这个恶人，卢山知道他不想背上背叛兄弟的罪名。
萧寒假扮警察挟持了姚华康的太太，还开着姚华康的车到警察局，让姚太太当面逼姚华康把付大虎放了，姚华康只好照办。萧寒把姚太太送到半路，还让她提醒姚华康不要沾花惹草，以免得了见不得人的病，姚太太气得咬牙切齿。
萧寒开车回到驻地，卢山在对面楼上看得清清楚楚，还看到一男一女在窗边聊天，卢山赶忙向林东野报告，林东野得知今晚八点统一行动抓捕萧寒和政工队队员，他决定抢先行动，就让卢山带兵去抓人，可那里已经人去楼空。萧寒让胡子明他们开车离开，他和江海生等人跳墙头撤离。
1941年1月6日，皖南事变暴发，国民党掀起的第二次发功高潮达到顶峰，周恩来奋笔疾书“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急”。姚华康和李满彪带人四处杀戮，导致无数无辜百姓惨遭杀害，林东野见此情形，心里很不知滋味。张恒让林东野劝林雨竹在报纸上发表一份声明，就把医院还给她，林东野担心林雨竹不肯听他的话，张恒以林雨竹的性命相威胁。
萧寒带着政工队队员们撤到安全地带，队员们情绪低落，王茂林带着大家一起唱“新四军军歌”，队员们顿时信心倍增，萧寒发现王茂林视力不好，就给他配了一副眼镜。郑英达被任命为淞沪游击支队主任，他来看政工队队员们，鼓励大家齐心协力一起抗日。
林东野来找林雨竹，刘嫂急匆匆跑进屋向林甬升报告，引起林东野的不满，林甬升质问林东野为何滥杀无辜，林东野心里有苦说不出，一时不知道如何解释，他想和林雨竹好好谈一谈，林甬升只好先避开。林东野劝林雨竹写一份谴责共产党，驱逐和镇压共产党的声明，林雨竹断然拒绝，他只好悻悻离开。