经过治疗，郑远海基本康复，他向前来探望的南克江透露了八号海域礁石下可能有潜艇能通过的水道，勾起了南克江的探求欲望，他们两一起向基地起草了联合勘察的报告。 秦思婷探家回来，听说了郑远海的事，抑制不住自己的情感，朝病房跑去。 病房是空的，她默默看着窗外和南克江在一起的郑远海，松了一口气。 姜喜子还要住院观察，郑远海康复出院，他被任命为588护卫舰的舰长。 梅杏也心神不定的给病人看着病，由于一时疏忽，把一位急性阑尾炎当成了轻微肠痉挛来医治，致使病人穿孔，成为一起重大的责任医疗事故，面临开除的境地，这时，秦思婷站出来主动承担责任，梅杏儿感激秦思婷的姐妹情谊。她找到秦思婷，告诉她自己不爱郑远海，希望秦思婷去追郑远海，秦思婷将信将疑地看着梅杏儿。 为了秦思婷，梅杏儿违心向郑远海表示了自己只是把他当大哥哥，不想跟他谈恋爱，希望他能跟秦思婷好！使得郑远海目瞪口呆。 为了秦思婷，于季东心烦意乱，公司业务每况愈下，助手林雪找到梅杏儿，希望她去劝劝。梅杏儿来到于季东公司，建议两人一起出外旅游，到大山名川去，散散心，消除烦恼，于季东同意了梅杏儿的建议，于是两人一起离开了东江。 于季东在梅杏儿的陪同和开导下，忘掉了烦恼，懂得了人活着还有别的意思，同时他觉得梅杏儿善解人意，非常感谢她能陪他出来。 深夜，查完铺的郑远海心思重重地来到甲板上，政委过来，一眼看出了他的心思，他希望郑远海象出海训练一样，不要轻言放弃，郑远海默默地点点头。

梅杏儿假毕归来，在门诊值班，郑远海拿着病历在她身边坐下要求看病，梅杏儿急忙问怎么了，郑远海说是心病！梅杏儿明白过来，她劝他别这样，然后叫了下一个病人，郑远海无奈地离开。 晚上，于季东将梅杏儿约出来，将一束红色的玫瑰送给梅杏儿，向她表达了心意，他觉得这次跟梅杏儿出去，才发现她才是自己要找的最合适的人，梅杏儿惊呆了。 于季东满面春风的回到了公司，他打电话把所有朋友召集到了军迷吧，当着郑远海，秦思婷，梅杏儿，谢庭群等宣布，他已经找到了最爱，这个人就是梅杏儿。所有在场的人都震惊，郑远海追上梅杏儿问这是怎么回事，梅杏儿为了秦思婷，为了让郑远海死心，她流着泪默认了于季东的话！ 按基地布置，郑远海率领588护卫舰，陈建军率领186驱逐舰在海上实施单舰对抗演练。郑远海心事重重，情绪沮丧，几次贻误战机，让陈建军枪得先机，三战三败，受到了鲁淮成的电话批评。郑远海终于理智的醒来，他重新部署了进攻路线，利用陈建军三战三捷的大意心理，当186舰打开雷达搜索目标时，接收到的是郑远海588舰的攻击信号。 陈敬国嘲笑陈建军，全舰队最好的导弹驱逐舰竟然输给了一艘护卫舰，陈建军表面不以为然，但心里感到了郑远海给他争当新驱舰长的挑战和压力。 南克江接受了指挥挑战深潜极限的长航任务，他意识到这次出海危险性，他来到军迷吧找秀竹，但秀竹不在，他让马一凡转告秀竹说，自己没有一天忘记过她，然后匆匆离去，谢庭群展开了追求秀竹的最后一搏，他拿着报纸包着的纱巾送给了刚刚回来的秀竹。 南克江的潜艇出发了，秀竹突然发现了包纱巾的报纸上刊登着南克江救女青年的事迹，真相终于大白，秀竹朝潜艇码头跑去，可是潜艇已经远去。

潜艇在300米的水下开始了长期航行的演练，水兵们从兴奋期，到烦躁期，再到最后的呆滞期，挑战着人的生理极限。 南克江的潜艇在水下克服了重重困难深潜了90天，郑秀竹在岸边默默为他祈祷等待了90天。 潜艇终于完成我军潜艇的有史以来最长的长航，也挑战了外军长航时间，当南克江撑着疲惫的身躯登出潜艇时，迎接他的是秀竹的深情拥抱，两个人终于揭开误会，和好如初。 谢庭群在爱情上失败了，他不甘心就这样输给南克江，当基地将南克江提任艇长的报告上报舰队时，他再次假传圣旨，给压了下来。鲁淮成坚决抵制舰队派来的关系干部，坚持南克江代理艇长的职务，一直带到正式任命到达为止。 在精选未来旗舰舰长问题上，鲁淮成别出心裁搞了个心理测试，叫秦思婷专程到中国科学院搞来一套心理测试的教材，对所有候选人进行室外高台上，边行进边回答问题，由此淘汰了一批候选人，最后只剩下陈建军和郑远海两人，他们经过较量，最终打成平手。