魏晋时期，皇宫里突然发生一起血案，朝中重臣与妻子被神秘黑衣人残忍杀害，唯有女儿英慧携带青囊经侥幸逃脱，英慧身为宫女，自然吓得魂飞魄散，匆匆逃亡，然而后面追兵不断，英慧眼看着危在旦夕。就在这时，英慧忽然瞧见前面有一辆马车，原来，是皇甫谧与师父善珍刚给太子看完病，赶着封赏马车回家。英慧趁此机会，偷偷躲进了马车，这才保住了一条性命。
皇上命令王赞、司马魁共同追查英慧的下落，而另一边，善珍师傅带着金银绸缎等封赏回来了，大家迫不及待地打开宝箱，却惊讶地看见英慧躺在里面，还不等大家反应过来，英慧已经跳出了箱子，一路狂奔，很快便不见踪影。
此时，在山野荒郊中，有纨绔子弟故意刁难乡亲，有一身好功夫的采药女香苓挺身而出制服了小混混，然后威风凛凛地回了家。香苓是一名美丽的少女，也拜师在善珍门下，是皇甫谧的师姐。皇甫谧想跟善珍师父学习一针通三穴的本领，但师父却不肯教。善珍一直想得到华佗的青囊经，因为只有看了青囊经，才能彻底治好皇子的病。可是没有人知道，青囊经其实就在英慧手里。
乡绅恶霸梁柳来到香苓家里讨要债务，见老两口拿不出钱，便嚷嚷着要把香苓娶回家当小妾。正在这时，皇上忽然传来圣旨，让香苓与神针堂掌门善珍结为夫妻。香苓非常震惊，却也只能乖乖接受。其实，善珍也不愿意接受这桩婚事，因为他知道自己和香苓年龄不匹配，但是，善珍因为替皇子治病而承蒙皇上宠幸，已经引起了不少大臣的嫉妒，如果再贸然拒绝婚事，恐怕会被扣上欺君之罪的帽子。
梁柳与父亲和司马魁在一起谈事情，得知有个宫女英慧私自携带青囊经出逃，司马魁便鼓动梁柳去捉拿英慧，一定会得到好处。此时，英慧躲在神针堂的厨房里，一不小心被皇甫谧发现了，皇甫谧出于好心决定收留英慧。这时，香苓来到神针堂找皇甫谧，谁知遇见了鬼鬼祟祟的梁柳，两人一言不合便发生了争执打斗，好在香苓功夫高深，梁柳只能灰溜溜地离开。
梁柳再次来到神针堂故意滋事，指责善珍年逾花甲却贪图香苓美色，甚至不顾香苓与皇甫谧青梅竹马的情分。善珍被梁柳气得不轻，差点晕了过去。龙虎山山寨大王布准是一个仗义的人，专门锄强扶弱，这一天，他又解救了一个无辜的姑娘，教训了贼，得到了百姓的赞美。善珍与香苓最终还是完婚了，布准作为皇甫谧的好友，也前来参加婚礼，但是却被官兵悄悄尾随，在关键时刻，皇甫谧放走了布准，引来官兵追问。
官兵来到神针堂，称这里窝藏山贼，要大肆搜查一番。皇甫谧赶紧争辩，今天可是皇上御赐的大婚，谁敢为非作歹？官兵听到此言，便不敢继续搜查，只能匆匆离开。此时，香苓穿着大红喜袍坐在房间里，她想起善珍的话，原来，善珍早就知道香苓和皇甫谧心心相印，所以准备来一场假结婚，等到客人们都散去，就还香苓自由身，不再与她互称夫妻。
司马魁提议梁庆邦与梁柳前去祝贺婚礼，于是，梁家父子假惺惺地上门祝贺，善珍冷着脸招待，他心里也很明白，这两人来者不善。这时，被善珍赶出门的二徒弟元亨竟然也过来祝贺，还带了枣泥山药糕。善珍虽然与元亨师徒缘尽，但也没有让他难堪。司马魁胆大包天，让官兵们再次包围了神针堂，声称要搜查捉拿山贼和英慧。
善珍义正辞严地拒绝官兵搜查，但官兵们却强行闯了进来。刹那间，神针堂的弟子与官兵打得天翻地覆，香苓听到外面的动静，也冲出来助阵。经过一番打斗之后，布准带着英慧顺利逃脱，但皇甫谧和香苓被捕，与神针堂一起接受盘问。
在盘问过程中，梁柳出言不逊，指责皇甫谧和香苓勾结在一起，给慧珍戴了绿帽子。慧珍气急攻心，一下子晕倒在地，没有了脉象，谁也无力回天。顿时，神针堂从喜堂变成灵堂，皇甫谧和香苓等人都失声痛哭，梁柳却得意洋洋，自认为除掉了一个眼中钉。正当弟子们为慧珍守孝时，官兵却突然赶来抓捕皇甫谧和香苓。
皇甫谧和香苓不知所措，这时多亏李公公及时赶到，遣散走了官兵，才让二人逃过一劫。原来，李公公也不是故意来救人，只是因为皇子危在旦夕，需要皇甫谧和香苓进宫为皇子治病。于是，皇甫谧和香苓便坐着车前往皇宫。皇甫谧见到病重的小皇子，皇上和其他几位妃嫔见皇甫谧实在年轻，便有些不放心，皇上给了皇甫谧一炷香的时间，命他速速思考解决办法。
另一边，布准带着英慧回到自己的住处，经过山寨里众人救治，英慧只是受了一些皮外伤，性命无虞。梁柳假意去祭拜善珍，其实是去神针堂挑衅，梁庆邦见儿子这般无礼，便出面阻拦。此时，皇甫谧终于让小皇子苏醒过来，令皇上龙颜大悦，但皇甫谧也做了说明，自己只是缓解了皇子的病痛，想要除去病根，必须要有华佗的青囊经。不管怎么说，皇甫谧终究是逃过一劫，他的实力也着实让梁庆邦刮目相看，梁庆邦掌管着草春堂，负责所有草药事宜，一直与神针堂分庭抗礼，他很害怕皇甫谧以后会成为心腹大患。
皇甫谧与香苓在善珍坟前祭拜，他真诚地对师父的墓碑说道，自己想娶香苓为妻，把神针堂延续下去。香苓想起善珍生前对自己的好处，也是泪眼婆娑。
吴统领接到密报，得知山贼可能私藏了逃跑的宫女，便带着人上山去搜。布准自然不能违抗，谁知大家一起上山，正碰上英慧跑了出来，关键时刻，布准与手下的兄弟二虎和毛溜演了一出戏，称英慧是自己新娶的老婆。吴统领这才打消了疑心，布准也松了一口气。等吴统领走后，英慧好奇地询问布准和官兵是什么关系，她对布准有些不放心。布准只好回答，如果没有吴统领罩着，自己和山寨里的兄弟们都将没有好日子。
布准见英慧有些怀疑自己，不禁十分气愤，自己明明看在皇甫谧的面子上，才妥善照顾英慧，没想到却招来了一番怀疑。英慧听到皇甫谧的名字，这才对布准放松了警惕。另一边，香苓告诉师兄弟们，虽然善珍师父已经不在了，但大家还是要齐心协力，把神针堂维持下去。师兄弟们都很尊敬香苓，表示以后听从香苓吩咐。
皇甫谧和香苓用金簪打开了师傅的遗物宝盒，发现里面有一本红囊经。原来，华佗所著的青囊经有很多篇都残破失传，善珍这才写了一本红囊经，就是为了补齐青囊经。皇甫谧决定好好研习这本红囊经，将善珍的精神发扬光大。
梁柳发现父亲竟然在家里供奉了善珍的牌位，他非常生气，一怒之下和父亲大打出手，谁知一不小心失手害死了自己的父亲。梁柳悲痛欲绝，他不但不悔悟自己的过错，反而将所有责任都怪在了神针堂头上，跑去神针堂兴师问罪。此时，布准恰好来到神针堂寻找皇甫谧，加上香苓用皇上的名头来压制梁柳，使得梁柳也不敢轻举妄动，只得灰溜溜地离开了。
墙倒众人推，善珍去世后，善珍家族里的长辈们便前来霸占神针堂，还企图索要所有财产。皇甫谧非常气愤，他警告这些无理的长辈们，如果自己离开神针堂，那么就无人会给皇子看病，这份罪责自然会落到长辈们头上。长辈们听到皇甫谧的话，意识到神针堂责任重大，这才纷纷起身走人。
梁柳居心叵测，他故意约善珍家族长辈一起吃饭，实则是挑拨离间，唆使长辈们清理门户，除掉皇甫谧，甚至诬陷皇甫谧才是害死善珍的罪魁祸首。长辈们听信了梁柳的谗言，第二天就带着许多人去神针堂找麻烦。正当长辈们和皇甫谧争论时，香苓挺身而出，称皇甫谧非但没有杀害善珍，当善珍危在旦夕时，还施针尽力营救善珍的性命，只是善珍当时已经没有脉象，回天乏术。长辈们见香苓言之凿凿，这才相信了她的话，不再为难皇甫谧。
梁柳认贼作父，与司马魁共谋大事，司马魁索性也收下了梁柳这个义子。长辈们思来想去，总觉得信不过皇甫谧，便将此事报告给官府，皇甫谧便以谋害善珍的罪名被捕入狱，三日内就要提审。司马魁来到大牢中探视皇甫谧，实则是想说动他站到自己的阵营中，一起同朝为官。皇甫谧行的端做得正，并不愿和司马魁同流合污。