戚继光下令杨文亲自检查六十门虎蹲炮，胡守仁检查军需，而陈大成则负责带着兵士好好休息准备作战。
长谷堪助的手下抓了上岛探查的兵士，对他严刑拷打，试图问出戚继光的计划。
俞大猷求见福建巡抚请他出兵一起助戚继光打倭寇，但巡抚生怕丢官拒不见俞大猷，俞大猷对巡抚不出步兵表示理解，但他称福建水师一定要出兵助戚继光一臂之力。
林雪在营地中发现了虎蹲炮，她将虎蹲炮的样式、规格画成图纸，用信鸽传给了长谷堪助。
翌日辰时一到海水退潮，千钧一发的时刻到了，戚继光下令前锋队开始攻岛，长谷堪助故意示弱，把戚家军放入了岸防炮的射程之内。长谷堪助突然命令岸防炮以远标尺射击，但倭寇并未处于虎蹲炮的射程之内，一时间戚家军的队伍被倭寇的炮火有点打乱了阵脚，但坚强的戚家军军士依然趟着淤泥前进，危急时刻，俞大猷率领福建水师到达，杨文等人看到俞大猷的水师不禁精神一振，但戚继光下令此仗必须由戚家军来打，不能逼得俞帅违返规制出手。他决定亲自率一千精锐正面攻击倭寇，令杨文率部下绕到后面攻击倭寇的老巢，俞大猷下令增援戚家军，全部火炮对准横屿岛上炮台开炮。经过一场恶仗，戚家军夺岛成功，但看着满地躺着的戚家军兄弟，戚继光禁不住两行英雄泪。倭首长谷堪助和大内晴英仓皇逃走，伺机再度卷土重来。
王印登岛刺探军情造成长谷堪助早作准备，以致此次战役军损比预想大很多，戚继光决定不循私情，将王印军法处置，王昱竹不惜向丈夫下跪替弟弟求情，但戚继光坚持原则，王印也决定以死为自己犯的错赎罪。随着戚继光一声令下，王昱竹晕倒在戚继光怀里。
嘉靖四十一年，曾经不可一世的严党终于走到了尽头，徐阶、张居正等人做出了对严党的最后一击，御史邹应龙上疏，弹劾严世蕃诸条罪状，件件查有实据，徐阶和张居正多年卧薪尝胆终于快要迎来胜利，而严嵩一党的命运则到了最后关头。严嵩在雨中跪了一天才算见到了嘉靖帝的面，嘉靖帝与他推心置腹一番谈话，他说严嵩历经三朝，掌阁二十年，什么样的风雨都经过、苦过，唯独应该没有尝过甜的滋味，甜的是他儿子严世蕃，而苦的则是他这个为儿子遮风挡雨的老父亲。
严嵩将三个箱子放在嘉靖帝面前，一个箱子里装的是他这么多年来贪墨的账，一个箱子里装的是奏疏，奏疏有言官御史弹劾他们父子的，还有保胡宗宪和戚继光的，而第三个箱子里则是两份名单，一份是严党在各个部门任职的人的名单，另一份则是徐阶拟定的接任名单。
嘉靖四十一年，严党垮台。严嵩被贬为庶民，遣回江西老家，严世蕃处死。胡宗宪遭到牵连，他将浙江诸事托付给钦差大臣谭纶，进京面圣。徐阶担心胡宗宪出事，那远在福建与倭寇决战的戚继光就保不住了。
胡宗宪为保戚继光，将之前划拨戚家军的军需账目全毁了，他让谭纶记住，所有的钱都是他胡宗宪一人贪了，花天酒地挥霍了，唯独没有给戚家军一分一毫。徐文长也按胡宗宪的意思写信给戚继光，让他记住无论朝廷传来怎样的消息，只要圣旨没到，切勿妄动，戚家军可回新河休整，养伤备战，但万不可主动求战。胡宗宪嘱咐徐文长留下来辅佐谭纶，并让他无论任何时候都要以戚家军为重。徐文长坚持要跟着胡宗宪进京，声称普天之下能用他徐文长的人唯胡宗宪一人。
来到京城嘉靖帝就请胡宗宪吃面，并和他一起算了一笔账，一碗面只需几钱银子，而一年严嵩父子收的盐税就高达三百二十万两，上交户部仅一百二十万两，分给他胡宗宪四十万两，试问四十万两可以买多少碗面？养活多少百姓？胡宗宪唯有跪地认罪的份。嘉靖帝问胡宗宪这四十万两又有多少流到了戚家军？戚继光究竟贪了多少？胡宗宪称眼下大明可以没有严嵩、严世蕃，没有徐阶、张居正，没有他胡宗宪，但绝对不能没有戚继光，至于戚继光个人究竟贪没贪相信皇上心里有把秤，他只知道所有的钱都是自己一个人贪的，一个人花的，账实在是交不出来。
胡宗宪被押进了诏狱，一道圣旨传到戚家军军营，摘了戚继光的兵权。遭到牵连的戚继光，怎么也不肯任胡宗宪蒙冤，他千里疾驰入京，持剑欲闯诏狱。
徐渭感念胡宗宪对他的知遇之恩，求得皇上恩准，陪同胡宗宪一同蹲大牢，胡宗宪向徐文长交代但凡戚继光要想继续对抗倭寇，荡平海波，那么只有和他胡宗宪划清界限，让他去死。为防他死后徐文长做傻事，胡宗宪提出他编写的《筹海图编》即将完成，手稿在谭纶处，他让徐文长答应帮他完成此事。
胡宗宪希望后人看了他的书后能念他之苦心，而有意重振大明海洋之盛世，徐文长答应了下来，胡宗宪让徐文长劝戚继光离开，其他什么也无需对他说，以戚继光之聪明，在他死后一定会明白自己的苦心，胡宗宪用血在狱中墙上画下了大明的直浙海岸线，并写下“宝剑埋冤狱，忠魂绕白云”的诗句后自杀身亡，时年五十四岁。
就在戚继光准备冲进狱中之时，徐渭含泪出来了，他代为转达了胡宗宪的遗愿，告诉戚继光如果真为胡大人好就马上回军营等圣旨。
直到传来狱卒的呼叫声，称胡大人死了，戚继光才猛然间明白了，胡大人是在用自己的命在救自己，在保戚家军，自己得替胡宗宪、替那些为了抗倭事业献出生命的人继续活下去，直到海波清平。
徐文长回到杭州，从谭纶手里接过了胡宗宪留下的全部书册，不到一年时间《筹海图编》问世，在众多的海防地图中，当属此书最为权威，正是在此书中钓鱼岛被明确标在中国版图。
王昱竹又来到弟弟墓前凭吊，作为姐姐她真的恨戚继光，为什么不能让弟弟战死沙场，非要死在他的令下，但作为戚夫人她又知道丈夫所为是对的，若不大义灭亲，以后如何能够服众？
王昱竹的父亲王入汉本是个好官，但也牵扯进了严党案，被定了罪。徐阶担心戚继光会受牵连，张居正告诉他只有一个办法可以解决此事，那就是在皇上下旨之前让戚门王氏不再是戚门王氏，他早已修书一封给王昱竹，只看这位夫人对丈夫的爱是小爱还是大爱了。
王昱竹作出了痛苦的抉择写下休书，离开了戚继光。这样一来，戚继光将不会因为王家获罪而被诛连。
嘉靖四十一年，六千倭寇趁大明朝局势动荡，从福建沿海登陆，迅速扩张到两万人，倭寇接连攻克多地，并包围了兴化府城，福建巡抚再次上奏朝廷，请求各路援军入闽。而此刻朝中自诩清流者赵炳然担任浙江巡抚，将戚继光认作胡宗宪一党，不肯放半点权力。戚家军全军被调往杭州郊外驻扎，戚继光依旧赋闲，猛虎囚于牢笼。
得知福建兴化府城遭到围困，戚继光心急如焚，他找到赵炳然只求一战，求率师入闽，保兴化府城，收福建失地。赵炳然却不以为然，称刚招了两千新兵的戚家军当务之急应该是督训新兵。
冈川信在城外杀死了广东总兵派来的信使，一众倭寇化装成明军士兵，蒙混入城。