一本写满离奇故事的笔记，传了数代人。笔记早已残破不堪，当中的故事早已难辨真假。但无论是故事，还是真正的传奇，笔记透露出的信息，足以让人回味无穷。
一九零三年，日本人大谷光瑞以宗教考察为由进入中国腹地，进行地理勘探的情报工作。在途经中国长沙时，其中一支探险队分支跟随日商鸠山美志，在长沙北部的一座山镇内，停留了约三个月的时间。一整支考察队进入，却只有六人归来。一周后，鸠山美志向日本日清贸易研究所转外务省提交了一份报告，报告提及这山镇底下埋藏的东西，史称鸠山报告。
一九三三年的一个夜晚，一辆诡秘的火车驶进长沙站，惊醒了在值班室熟睡的守夜人。守夜人顾庆丰好奇之下，上前查看这辆突然进站的列车。顾庆丰抹开满布灰尘的车窗，里面挂着的尸体把他吓了个半死。
第二天，一名位高权重，人称“佛爷”的军官带队前来查个究竟。佛爷和部下一边查实列车的状况，一边向顾庆丰打听情况。他们得知，这辆列车是深夜突然抵达，没有通行记录，车身也锈迹斑斑，像是从废铁站里开出来的，加上里面挂着死人，车身又用铁皮焊死了，这种种迹象，都表明这辆列车绝非寻常。佛爷安排部下，用气割瓶割开车厢，亲自入内一探究竟。
佛爷张启山和部下进入车厢，发现里面藏有多条死相奇怪的尸体，皆为面部朝下。佛爷见此状况，命部下把八爷叫来。八爷齐铁嘴似是胆小如鼠之辈，但却有一手精通奇门八算的活儿。八爷被佛爷半推半就之下，一起进入列车里面探个究竟。齐铁嘴随张启山进入列车内部，看见这些尸体的死相和摆放位置，并在无意中，发现的一份画有实验内容的文件。张启山根据种种迹象，推断这列车和里面的尸体都是作陪葬用的，而墓主恐怕就在最尾的车厢内。
张启山和八爷齐铁嘴让军队把车厢内的棺木都带回去开棺。几副陪葬的棺木被打开后，里面的尸体的死相与列车内其他尸体无异。正当齐铁嘴纳闷着，列车是如何在没活人的情况下驶进站内时，张启山提出，说这些人应该是事前吸入了僵气，进站时才奄奄一息，至于真正的秘密，恐怕要把最大的棺材给打开，才能水落石出。最大的棺木是个哨子棺，非寻常人可以打开。棺材以铁水封棺，只留一孔，强行打开只会引出毒气，必须以一手伸进孔口从内部打开。现在要打开这哨子棺，只有靠张家的本事。佛爷让自己张家的亲兵帮忙开棺，但这位开棺的士兵伸手进孔时一个慌神，大叫救命。这一叫，在一旁协助的同伴只能触发一个断臂保命的机关，士兵断一臂却无所获。佛爷冷静地走上前，亲自伸手进孔开棺。棺材成功被打开，里面也没有什么机关，只有一具面容朝下的尸体。佛爷伸手在棺内翻找，摸出一枚似是南北朝的戒指。长沙九门中，最了解南北朝的当属二爷的世家，在齐铁嘴提议之下，张启山决定携此戒指去拜访二爷。
长沙一处装修豪华的梨园中，一个风姿绰约的身影正在台上唱着一曲霸王别姬。一名满身铜臭的座上客打断正在唱戏的二爷，并对二爷出言不逊。正当场面陷入混乱时，佛爷带着一队人马前来，为二爷解围，并教训了那位满身铜臭的客人。佛爷和二爷似是颇有交情，二爷对佛爷的出手相助也表示感激。但当佛爷拿出那枚南北朝的戒指时，二爷却脸露难色，说自己已经不碰那些地下东西很多年了，拒绝帮助张佛爷。佛爷也不强求，他把戒指放在桌面，让二爷自己考虑。
二爷二月红带着戒指回到府上，而他的夫人丫头亲自下厨做了碗面，慰劳从梨园回来的丈夫。二月红和丫头两夫妇相敬如宾，恩爱非常，但是丫头的身体不是很好，说不到几句就捂胸咳嗽，二月红心疼夫人，命下人陪她回房休息。天色渐晚，二月红打开隐藏在书柜后面的暗门，进入了一个密室。尽管密室内布满机关，但作为密室主人的二月红都一一轻松闯过，直达密室的深处。二月红进入密室最里面的房间，房间内满是阴森恐怖的物件，还有一些地图、照片。二月红从一个盒子里拿出一枚戒指端详，这枚戒指和张启山拿来的那枚一模一样。
张启山在夜里把齐铁嘴请到家，把二月红拒绝帮忙的事告诉齐铁嘴。二月红虽然拒绝出手相助，但是也给张启山留下了忠告，要他最好不要碰这事。张启山却不这么认为，这火车出现得如此突然，车内的景象又如此诡异，加上棺材内出现南北朝的器具，这种种事由，让张启山觉得长沙可能要陷入危机。张启山拿出铁路图，告诉齐铁嘴，他们虽然暂时不知道棺材的来源，但是却可以找到火车的来源。他指着铁路图向齐铁嘴分析，东北过来的铁路，虽然全部被炸掉，但是长沙沿着东北的轨道却是好好的，这当中山脉绵绵，山中必有轨道连着矿山，常有矿道藏于山中，所以推断火车是从矿山开出的。
齐铁嘴这时提到，矿山最近似乎不甚太平，那里有很多日本特务，似乎在策划着什么阴谋，张启山立即联想到，日本人可能要在那里搞秘密实验，于是立即让齐铁嘴还有张副官随自己一起去矿山一探究竟。
二月红非常担心妻子丫头的病情，他觉得这都是自己家业的过错，报应到妻子身上，二月红在祖宗牌位前立誓，不再沾染祖业，希望先人保佑妻子安康。另一边厢，丫头在湖边发呆，陈皮从身后为她披上一件外衣。陈皮是二月红的徒弟，对丫头似乎有着特别的感情。
张启山一行三人来到矿山附近的镇上，打算找人问问情况。镇上古物四处乱放，也没看见多少人家，好不容易遇到一对母子，只见这对母子背着包袱，似乎在匆忙离去。张副官向母子打探到，这里最近发生了矿难，村民都去逃难了，在此前，日本人也曾经来过，发生矿难后，日本人就走了。张启山觉得事有跷蹊，应该跟火车的案子有关系。
几位商人来到通泰码头处打算进一些古玩回去倒卖，但是他们要求验货时，却遭到拒绝。商人们觉得难以接受，于是与码头工人起了争执，并说到以前和二爷二月红之间的规矩并不是这样的。陈皮此时出言阻止争执，并坚持不让验货，商人只好妥协，因为从陈皮这里进的货都是上等的好，可以让他们赚个盆满钵满。二月红自从不碰那些地下的玩意后，通泰码头便交由徒弟陈皮照料，陈皮现在是通泰码头的舵主，并凭借一些出售古玩的门路而名声大噪。商人们一边恭维着陈皮，一边说着贬低二月红和丫头的话，想藉此讨好这位陈舵主。陈皮听见这人侮辱自己师娘，以迅雷不及掩耳之势伸出一个铁爪，将其置于死地。众人再也不敢口出狂言，只求陈皮饶命。
张启山三人在镇上遇到几个外来人士，他们向这些人打探一下火车的事情，并问他们来这所为何事。张启山得知，他们是来这边干些散活，混口饭吃的，但是当问及火车的事情时，这些人都三缄其口，然后匆匆回房睡觉。张启山觉得他们神情举止都有点异常，且睡觉时，床边的鞋子摆放得非常整齐，看着就是随时准备离去的样子，于是保持警惕，和齐铁嘴和张副官在他们旁边休息。第二天一早，这三个外来人士悄然离去，张启山等人立即尾随其后，追至浓雾之中。不料，他们借着雾势隐藏行踪，并对张启山他们进行偷袭，幸亏张启山武功高强，把三人制服。这下断定他们跟火车这案子肯定有关系，但是当张启山向他们逼供时，他们把预先藏在口中的毒药吞服了。人虽然死了，但是张启山认为，他们在此处突然发难，这里肯定有古怪，于是四处观察，发现这里有一条隐藏的铁路，直通深山，张启山估量着，这里就是日本人做秘密实验的地点。
日本特务田中良子来到长沙，似乎要进行什么秘密的行动。她多次求见二月红，都遭到拒绝，这次收买了一位梨园的下人，随后偷偷进入梨园，找二月红帮忙做些事情。二月红向来痛恨日本人，这回被人强行上门，对田中良子更加反感。田中良子见二月红态度坚决，于是心生一计，打算向陈皮入手。她知道陈皮对生病的师娘丫头非常在意，于是以自己手里的治病良药作为交换条件，希望陈皮帮忙引荐一番。陈皮听见丫头的病有药可治，便心动了。他回到府上，凑巧看见丫头在厨房做面时，不小心把碗打翻了，随后便狂咳不止。陈皮非常心疼，觉得拿药给丫头治病一事，刻不容缓。