汪美麟当上了皇后，其身边的宫女竟嚣张跋扈到去坤宁宫逼宫，逼太上皇后（原钱皇后）搬出坤宁宫。遭到宫女如此欺凌，太上皇后气愤不已以致动了胎气，多亏太医刘平安及时赶到，掌掴闹事的宫女，并为太上皇后诊脉。太上皇后因动了胎气而早产，虽历经一番周折，但最终还是顺利产下太子。代宗得知他的皇后竟纵容手下如此作威作福，竟然跑到坤宁宫去逼宫，怒斥皇后，随后立即赶到坤宁宫探望皇嫂和新生的皇侄。太上皇后主动请愿搬出坤宁宫，去冷清的南宫居住，祁钰虽不愿委屈皇嫂，但考虑到小太子的安全还是答应了皇嫂的请求。为了表明自己的忠心，祁钰当着皇嫂及汪美麟的面立下重誓——如若他日皇兄回朝之时，自己贪恋权力不肯还政，就教他断子早死。汪美麟听到夫君立此毒誓，身子一颤。
允贤随着被俘士兵流放到草原，帮助牧民接生，赢得了草原上百姓的爱戴。在也先的宴会上，可汗听说本次大败明军是用了汉人谋臣，提出要见也先此次打仗用的的军师程十三。可汗不相信程十三的太医身份，让程十三当场凭面相指出各位大臣身上的疾病，程十三一一说中，于是也先提议让程十三也给大汗看看。程十三如实指出可汗有肾阳虚弱之症，可汗因此而恼羞成怒，要责罚程十三。也先为了庇护手下程十三和出言冒犯可汗的伯颜帖木儿，同可汗暴发冲突。气急败坏的伯颜帖木儿找到英宗出气，却打不过英宗，还被英宗的魄力所折服，后下令善待战俘。
程十三因在宴会上的表现被草原百姓奉为神医，草原百姓慕名而来向程十三求医，程十三嫌百姓们地位卑微，不予理会。而允贤则四处为牧民们行医治病，因此被草原百姓美誉为“活观音”。被俘的士兵们对英宗有所不满，允贤极力安抚他们的情绪，并说服他们继续追随拥戴英宗。也先的妹妹托不花被疯狗咬伤，性命垂危，程十三号称神医却对此束手无策，恼怒的也先下令将程十三拉出去鞭打，并叫人去草原上另请名医。
也先的妹妹脱不花得了疯狗病，程十三医治无效后，也先让萨满法师去找药来给他妹妹治病。可萨满法师要找的药竟是头顶上有双旋的人的心肝。法师带人到大明的战俘中去找这样的人，找到后，双方却发生了激烈冲突。允贤为了控制住局面，主动说出自己是给大明皇帝治病的大夫，并说他们要找什么药可以让她去找。听说有人造反，也先带人赶来镇压，并下令杀光所以造反的人。允贤以自己能治脱不花的疯狗病作为要挟，让也先暂且放过众大明士兵。允贤按常法配了药给托不花喝下之后，脱不花好转了一瞬，又突然更加凶猛地发起病来。也先见妹妹再次被医治无效，下令砍了允贤。危急之下，允贤迫于无奈，想出偏方——以那条咬过脱不花的疯狗的脑髓混合一些鸡屎鸭粪之类的污秽之物，再次做出药给脱不花服下，并说托不花能否保住性命就看接下来的一个时辰了。一个时辰之后，脱不花忽然惊醒，竟奇迹般地恢复了神智。也先看到妹妹被救活，高兴不已，允贤和几百号被俘的大明士兵也算是就此保住了性命。
允贤因为劳累过度而晕倒，也先在下人的回报下，获悉了允贤的女儿身。也先叫下人打来水亲自给允贤擦干净了脸，竟惊喜地发现，眼前的汉人军医就是当初在永庆庵救过他这个假扮的“朝鲜商人”的“活观音”，于是，也先内心对允贤有了一丝特别的情绪。
也先提出要答谢允贤，可以应准她的一个要求，允贤让也先放了她的父亲杭纲，也先则告知允贤，其父亲早在上次大明朝廷交来赎金之时随一批战俘返回了北京。于是，允贤提出要见她们的皇上——英宗。允贤在也先的准许下与英宗相见，二人相互鼓励，互通消息，并立下同生共死的约定。也先要攻打北京，允贤警告他放弃此举，也先因此被允贤独特的气质所打动。也先要送允贤回北京和其父杭纲团聚，允贤却不肯，而执意要留下来为英宗调理身子，也先为了自己的野心，也不想让英宗的身体垮下去，于是允许允贤留下照顾英宗。瓦剌要进攻北京的消息传到朝廷，对于是否要迁都南京祁钰与众臣展开讨论。
也先将英宗放出地牢，并准许允贤为其调理身体。允贤同英宗一起回到战俘营，联络并动员士兵一起找机会逃回北京。被俘的大明士兵们得知允贤的女子身份，对允贤十分抗拒，尽管他们都颇为感念允贤对他们的照顾救命之恩，还是都铁了心地要让英宗远离允贤。见此情形，英宗则放出狠话，说允贤是自己最信任的人，不接受允贤的人也不必跟在他身边。
程十三提醒也先远离英宗身边的神秘女人，允贤听出程十三的声音，跑出去与程十三当面对峙，二人都当面表达了对彼此的彻骨恨意。程十三在也先面前进谗言，说允贤对脱不花的治疗有问题，还诬陷允贤是东厂王振的人，也先虽也只是将信将疑，还是把允贤带离了脱不花身边。面对也先的怀疑，允贤毫不畏惧，并讽刺也先重用程十三这样卖国求荣的人根本就是鼠目寸光。脱不花在哥哥也先面前为允贤说话求情，还一不小心在自己的两位哥哥面前吐露出自己想嫁人的女儿心思，也先甚为欢喜，直问妹妹是看上了哪个小伙子。允贤回到战俘营，众士兵经过一番反省，决心接纳允贤这个“好姐妹”、“好大夫”。
脱不花在河边采花，遇见了英宗，英宗向脱不花打听允贤的消息，见到允贤送给脱不花的香袋睹物思人。见英宗喜欢，脱不花便将香袋送给了英宗，且脸上满是少女的娇羞。也先与可汗就是否发兵北京的事产生分歧，也先虽强行让可汗在出兵北京的诏书上盖了印，却还是为自己身上没有黄金血脉受可汗的压制而气恼不已。也先的手下禀报，请了大夫诊断出脱不花身体健康，证实允贤并未加害于她，并同时查清了程十三的真实底细。也先明白了允贤与程十三孰是孰非，去看望允贤。也先咳疾发作，允贤为他诊病开药，并劝他不要如此要强，什么事都一个人担着。也先回想起允贤在他面前的种种独特表现，心中荡起满满的柔情。
瓦剌可汗瞒着也先将英宗请到他的宴会之上，并让侍女假扮英宗任其羞辱，英宗淡定应对，在言语和气势上都占了上风。可汗让英宗给他下跪，英宗坚决不肯。但可汗让人带出被骗过来的允贤，并以允贤作为要挟，英宗只好服软。关键时刻，允贤以自己的性命作为威胁，说谁胆敢侮辱大明天子，她就以命告天神。