允贤因太上皇的事一直与祁钰置气，不愿见他，但听宫女绿香说祁钰经常悄悄来看她又怕她生气而不通传，允贤听到此话心渐渐软了下来。祁钰再次来看允贤，允贤说夜里露重，让祁钰进来，二人这才第一次真正地共度良宵，可允贤却并非完全心甘情愿，反而对祁钰不乏应付之心。允贤借见父亲杭纲之机，与父亲及奶奶商议如何帮助太上皇一家，杭纲说如今太上皇根本难以得到臣子们的帮助，奶奶则说太上皇后甚至要靠自己做绣活给小太子换羊奶喝。允贤拿出贵重的人参养荣丸及御赐珍珠，让父亲和奶奶拿去周济“南宫”。为了掩人耳目，允贤让绿香托其曾跟随太上皇一起被俘瓦剌的表哥找到李三，他们都是“淘金河边”呆过的人，对太上皇忠心耿耿，定会想方设法帮她运东西去南宫。
孙太后病重垂危，其手下的宫女玉香来找允贤求救，允贤不计前嫌尽力为太后治病，也因此得知了祁钰和汪美麟的所作所为——汪国公曾派人刺杀太上皇，祁钰却将此事嫁祸孙太后；孙太后的“病”也与祁钰汪美麟等人脱不了干系。得知祁钰如此卑劣行径，允贤终于对祁钰失望透顶，但亦无可奈何，只能尽力医治太后。程村霞见太后病情逐渐好转，并未声张，只是独自前往仁寿宫一探究竟，得知是允贤在给太后治病。允贤解开了师兄与师父刘平安之间的误会，程村霞打开心结后，答应与允贤一同医治太后。二人还商议出如何将太后送出宫去，与静慈师太联手逼祁钰还政于上皇。
朝臣向祁钰参奏允贤扩建御药房，于后宫中培养医女之事，祁钰因此感到颜面受损，下朝后召来允贤，责令她裁停御药房，允贤以死相逼，祁钰只好将此事作罢。汪美麟得知此事，授意汪国公再多找些言官将允贤后宫干政的事弄得天下皆知。朝堂上再次因此事而生沸议，允贤走上朝堂，据理力争，反问群臣，为何她当初为女官时为孙太后及渤泥王妃治好恶疾就是于国有功，而如今她兴建女医制度就被说得如此不堪，并说，如果百官一定要逼她裁撤女医，她只好以死相告。就在此时，于东洋传来太上皇旨意，言明如今的女医制度本是上皇当年授意女医杭氏所建。
祁钰心里清楚上皇是有意庇护允贤才临时拟旨命于东洋于朝堂之上宣读，于是更加对允贤心生厌恶，将她禁足于万安宫。
南京水灾之后，发生瘟疫，疫情传入北京。京中疫情险急，祁钰在太监曹吉祥的挑唆下，想趁局势混乱借东厂之手除去为孙太后所用的五城兵马司白晋，没想到，被逼急的白晋不仅将京城大部分兵马带出了城，还将城门反锁，京中因疫症而死的尸体无法运出城门埋葬，疫情更加难以控制，城内哀鸿遍地，连内宫都能听到百姓哭丧的声音。
汪美麟提议祁钰及太后一干人等去内宫里太液池中的小岛上避难，于东洋劝祁钰身为国主此时应坐镇乾清宫，可祁钰却借故推脱。祁钰本欲去万安宫接允贤一同前往，可汪美麟催促他先走，并说她会派人去接允贤。允贤带着宫女绿香坐在汪美麟安排的前往小岛的船上，船行至水中央，船上的小太监竟欲将船凿沉，允贤虽以木板将太监打昏，但船已经进了水，摇摇欲坠，允贤和绿香也因此落水，险些溺水而亡，幸好被御药房的两名医女发现，以麻绳将她们救起。
允贤带同御药房的医女们出宫同太医院及惠民药局的人一起医治瘟疫，允贤发现这种瘟疫的症状很像瓦剌蒙医和她说过的黑死病，记起蒙医都是用大黄汤医治这种疫症，便打算采用此法治疗瘟疫，太医们起初质疑，但院判程村霞却同意并采纳了允贤的建议。允贤见一老伯喉咙被痰卡住咳喘不止，竟欲用嘴去给老伯吸痰，就在这时，突然出现的上皇拉开允贤，用手指给老伯抠痰。原来，京城发生瘟疫之后，看守南宫的太监们都逃散了，上皇得以出了南宫，一来查看京城瘟疫，二来也希望能在医治瘟疫的医者中见到允贤。
上皇与允贤在城中为了治疗瘟疫而奔忙劳碌，甚得民心，上皇被百姓及臣子们视作这次救治瘟疫的主心骨，允贤则因其妙手仁心被百姓奉为观音下凡。在太医院的男大夫和御药房的医女们的共同治疗下，京城的疫情已经得到有效控制，允贤一时兴起，提出要带领众医女与师兄掌管下的太医院进行比试，看哪边治好的病人多。
允贤突发不适，疑似染上疫症，上皇担心，用手去摸允贤的额头看她有无发热之症，祁钰得知疫情缓解出宫查看，见上皇对允贤做出亲密之举，立即将其拉开。祁钰命程村霞给允贤诊脉，程村霞诊断出允贤并未感染疫症，而有了身孕，祁钰连同百姓都十分高兴。
允贤怀孕，祁钰为了孩子的事惊喜非常，话及允贤这次差点遇难的事，他许诺彻查，包括皇后本人。汪美麟得知允贤有了身孕嫉妒得发狂，汪国公劝她冷静，假以时日再下杀手。他们还将允贤落水的事全部推到仁寿宫的小太监身上，并嫁祸孙太后。小马子正要将曹吉祥呈上的密信念给祁钰听，可皇后却在这时赶到，并义正辞严地让小马子当着她的面念信，谁知，这信早就被汪美麟动过手脚，信上直指孙太后才是凶手。但经过汪美麟对孙太后下毒之事后，祁钰其实早就对她不复信任。
也先当上了瓦剌可汗，得知北京爆发瘟疫，欲带领三千使臣来京城打探情况，并意欲与大明会盟。群臣奏请祁钰亲自前去大同与瓦剌会盟，祁钰应允。可汪美麟和吴太后却极力阻止，汪美麟以允贤才怀有身孕几个月需要祁钰呵护为由硬生生地留住了他，而祁钰本也不是英勇无匹之人。与瓦剌会盟之事于朝堂上再议，祁钰却谎称自己跌伤了腿，可群臣却认为他身为国主无论如何也要亲自前往，以免瓦剌再向大明发难，局面僵持之时，上皇走上朝堂，自荐前往会盟。允贤因祁钰推却会盟之事刻意回避他，祁钰因此心情低落，更感慨自己的确不如皇兄，甚至后悔自己当初争下了这个皇位。
也先与英宗会面，也先提议二人赛马结果比为平手，他们互相分析了对方的处境，两人处境其实都不甚好，但上皇却心如明镜，胸怀坦荡，意气十足。也先对英宗说只要大明答应三十年内不对瓦剌发兵，瓦剌愿意再对大明称臣，二人就此立下盟誓。
上皇代大明出使大同与瓦剌会盟大获成功，祁钰大喜，去向允贤传达喜讯，并对允贤说自己对皇兄已无芥蒂，今后定会加倍补偿于他。允贤说及太子之位，劝祁钰不要让自己的孩子去与现太子见深争夺太子之位，祁钰似乎有所迟疑。