太后因郕王拒绝了她的安排而大为恼怒，将郕王软禁，郕王因此而没有去成永庆庵赴约，反而让王振在永庆庵布下的捕杀他的埋伏落了空，知道太后想扶立郕王为新君不成，王振反而放弃了置郕王于死地的念头，转而一心只想扳倒太后。
徐侍郎与杭纲（允贤父亲）商量徐家大少爷与允贤的婚事，莽撞的允贤闯到正堂当面拒绝，并扬言要终身伴在奶奶身边尽孝，杭家的女婿要做倒插门，听完此语，觉得受到羞辱的徐侍郎愤然离去，杭父也因此大为气恼，父女再次发生争吵。允贤随义母于夫人到周府做客，遇见徐侍郎夫人，没想到徐夫人不但没有因为允贤拒婚的事而生气，反而请允贤为她诊病。允贤本答应过奶奶不再随便给人开药方，却又在徐夫人的请求下不得已给徐夫人写下了医治阳虚的甘草干姜水的”方子“，这一写竟惹出大祸——徐夫人在按允贤的”方子“服药后的某一晚意外丧命，徐侍郎以允贤给夫人写下了白纸黑字的“方子”为由上门问罪。可徐夫人真的是因为允贤开的“方子”而丧命的吗？
因为徐夫人的死，徐侍郎与允贤对质公堂，公堂之上，允贤努力自证清白，言明”甘草干姜水“并不会致人死亡，却还是被府尹大人判处以“重嫌”罪名收监。不仅如此，市井百姓和知悉此事的官员、太医均将允贤视为不守妇道的“药姑”、“药婆”大加嘲讽和嫌恶，恨不得人人得而诛之，毫无公正同情之心，在即将到来的公审之上，孤立无援的允贤能洗脱医死人的罪名吗？
奶奶和于夫人到狱中探望允贤，自允贤入狱以来，于夫人四处奔走，请求各位曾受允贤赠送过七白膏的夫人小姐们能出面为允贤作证，但这些闺阁夫人小姐都不愿为了此事惹上事端，因而都不愿出面，允贤命运难测。
牢狱之中，众多犯人都身患疾病而无从医治，善良的允贤虽然身陷囹圄自身难保，仍然忍不住为她们把脉诊病。
小马子借送饭的契机向还在软禁中的郕王传递消息，郕王得知允贤的遭遇，坚信允贤一定是蒙冤入狱，并派小马子带着他的玉佩去刑部找他的旧识，传话一定要查明事情真相，尽力还允贤清白，但玉佩后被守卫发现未能带出。皇上发现郕王没有如约去永庆庵，怀疑又是王振在其中动了手脚，王振否认，皇上遂自己派人去寻找郕王下落。
允贤托狱卒去家里拿药，好为狱中的病人治病，狱卒收了允贤的东西却言而无信，不但没有给允贤送药，反而讥笑允贤身为大家闺秀却即将公堂受审。
莽撞的宫女冲撞了王振，王振的手下正要重罚宫女，却被路过的钱皇后（李呈媛饰）看见并阻挠，王振仗着皇上对他的信任与依赖，即便对待皇后也是怠慢轻视，而贤淑的钱皇后对时常挑唆皇上的王振也多有不满但又无可奈何。
允贤在狱中医治的大姐突然昏死过去，允贤以为自己拼尽全力救人却仍然于事无补，正伤心不已，狱中送饭的罗大娘将一桶冷水浇到已经昏死过去的病人身上，允贤疑惑不解，罗大娘又叫允贤就地取材制成药给病人服用，这以指甲、蚯蚓等看似污秽之物制成的药，病人服用后竟大有成效，允贤心中大为惊异，原来罗大娘竟是一名药婆，允贤想向罗大娘学习看病救人的本事 ，罗大娘见允贤心地善且立志成为一名女医，一口气教给允贤不少实用的治病“土”方。
祁钰以答应考虑太后的安排作为交换条件请求母亲吴太妃对允贤施以援手。公审时，允贤请求传唤徐夫人的侍女询问，得知徐夫人此前早因身子不舒服而服用过惠民药局的万大夫万宁开的药，二人开的药一个滋阴，一个振阳，这两批药会否相冲呢？下了公审之后，太医院的村霞将公审情形说与叔叔即太医院程院判分析，二人发现，徐夫人的死与允贤其实并无多大干系，而恰恰要归咎于惠明药局的万宁，但这个万宁是由程院判亲自推荐到惠民药局的，如今归罪于他就是砸了自己的招牌，于是，为了保住自己的声誉，程院判决心包庇万宁，而不准侄子村霞在公堂之上为允贤说话。
允贤在狱中继续向罗大娘学习治病救人的知识。皇上因找不到祁钰而心情郁闷，到宫外喝得酩酊大醉，正要回宫之时，在城隍庙前遇见来为允贤祈福的紫苏，并得知允贤已因替人诊病而入狱。开庭再审时，徐夫人婢女突然不承认是徐夫人自己未说清病症，一口咬定允贤明知徐夫人全部病情还是开错了药方。还好有王夫人出面为允贤作证，说明徐夫人当日确实没有向允贤提及腹泻之事，可太医院村霞不但不说明实情，反而在公堂之上暗指允贤没有问清楚病人全部病症及之前用过什么药就随意开药方才让徐夫人白白丧命，允贤还是难逃被判有罪的命运。山穷水尽之时，王振突然出现在顺天府，言语中好像与允贤相识，并说自己之前吃了允贤的药几十年的老毛病都好了。村霞慑于王振的威望有所松口，说允贤不是大夫，“开错药”的事尚且算情有可原，徐侍郎亦不敢不给王振面子，改口称其夫人是死于自己胡乱吃药，与允贤无关，并为自己告错了人向允贤赔礼道歉。在王振的帮助下，允贤被当庭释放。可允贤一介闺阁小姐，怎么会和王振这个东厂头目扯上关系呢？杭纲也因此心存疑虑且大为苦恼，生怕朝廷中人因此而怀疑他与东厂来往密切。至于王夫人之所以出庭为允贤作证则是因为听了允贤的建议，认真找大夫换了方子吃药后，怀上了身孕，对允贤心存感激，遂为其出庭作证。
村霞在公审之上是非不分恶意陷害允贤的事被其师父太医院院判刘平安知道后，其师命他长跪反省——是要与其叔父程十三长袖善舞，还是继续跟随师父努力磨炼，踏实学医。太后得知王振公堂之上欺辱命官，责怪钱皇后对皇上劝谏失责。而受了王振的气颜面扫地的徐侍郎竟将怒气撒到了与允贤关系密切却又身份卑微的罗大娘身上，将其一顿乱棍打死，允贤到罗大娘坟前祭拜，认为自己真是天生不祥之人，当初因为自己受了小人教唆无意害了谭家，使祖父蒙冤，哥哥丧命，如今又因徐夫人的事牵连了罗大娘致其惨死，允贤悲痛不已。