祁钰为了与皇上取得联系，生出妙计——让汪美麟代他宫绦传信。允贤因为罗大娘惨死的事茶饭不思，终日将自己关在房间念经祈祷。皇上再次出宫希望见允贤一面，又从紫苏口中得知允贤因罗大娘惨死的事悲伤不已，因而为允贤打抱不平并大骂徐侍郎，紫苏联想到上次就是这位“郑公子”请动王振为允贤公堂之上说情，问郑齐是不是看上了她家小姐，郑齐虽嘲笑紫苏自作多情，却又不禁反问自己是否真的喜欢那个“臭丫头”。
皇上得信后派人救出祁钰，祁钰不解为何上次他回京之时，皇上与太后尚且母慈子孝，如今却势同水火，皇上遂向祁钰道出，孙太后曾经为了夺子继而当上皇后不惜下毒害死了他的生母的真相，但皇上念及太后对他的养育之恩，原本打算息事宁人，等亲政后放她入冷宫养老，可如今太后竟欲夺权篡位，皇上再也无法视若无睹。撇开烦心事，皇上转而想到祁钰让汪美麟代他“宫绦传信”的事，误以为祁钰对汪美麟有情义，祁钰急忙否认，情急之下道出自己早有心上人。皇上追问祁钰的心上人是哪家“美女”，还要为祁钰做主促成姻缘，皇上怎么也不会想到，祁钰的心上人正是他口中那个总是爱多管闲事的“臭丫头”。
祁钰再次劝谏太后放弃扶立新君的念头，说此等夺权篡位的事终是难逃百姓史官的悠悠之口，也请太后念及皇上的一片孝心，认清王振等J人的挑拨，太后亦决定重新考虑此事。
静慈师太写信到杭家请允贤到永庆庵做客，可为何静慈师太的一封信就能让杭纲放女儿出家门呢？允贤只知静慈师太与皇室大有渊源，父亲当是对师太心存敬畏。而静慈师太之所以请允贤前来，是想让允贤为庵中收留的难民们治病，可此时的允贤还未能走出自己“治死过人”以及间接牵连罗大娘惨死的阴影，崩溃痛哭。就在这时，郑齐又出现在永庆庵，对允贤一顿当头棒喝，才让允贤打开心结，重拾信心，为庵内难民医治伤病。次日，允贤为了此事向郑齐当面道谢，二人谈及朝政，允贤暗指当今皇上昏庸，郑齐遂将女子行医治病贬作青楼女子亦嫌弃的职业，一对冤家又不欢而散。
郑齐知道自己口不择言得罪了允贤，又不知道该怎样向允贤赔礼道歉，于是托静慈师太将一套银针转交给允贤，允贤便可拿这套银针给病人针灸，这样或许能让允贤心里舒畅些。允贤听静慈师太说起郑齐自幼失去生母，且其母是一个同允贤一样懂得许多医术的女子，因此郑齐对允贤格外有一种亲近感，允贤顿时觉得她与郑齐都自幼丧母也算同病相怜。为了给郑齐回礼，允贤亲自做了桂花蜜送给郑齐，郑齐（皇上）将桂花蜜收在柜子里，命任何人不得擅动。
黄河发大水，二十四县受灾，灾情严重。因为发大水而流离失所的灾民来到永庆庵请求静慈师太收留，静慈师太将他们收留庵中，却发现一部分灾民身体不适，允贤见他们的病症多为眼窝深陷，腹泻呕吐，秽物还如同水一样，初步诊断这些灾民是感染了霍乱。霍乱是大疫，静慈师太将情况传递给有关部门希望疫情能够得到有效的控制和应对。太医院亦快速判断出流民中霍乱病症横行，并果断将大量流民集中到太医院进行诊治。京城百姓得知城中流民感染霍乱，都到药铺疯抢治泻肚子的药材。顺天府的人为了片面安抚城中百姓，竟下令关城门，阻止流民进入城中避难，允贤义父于东洋极力阻挠，但亦无济于事，关键时刻，皇上赶到现场，当众杀死滥杀百姓的官兵，下令开城门迎接百姓，并命于东洋统筹治理黄河水灾。
惠民药局的人到永庆庵帮忙，万宁见允贤给病人治病的法子有违寻常医理，遂与允贤辩论，辩论之余，万宁认出紫苏曾将他带到公堂之上使他遭受非议，而允贤虽然已做男儿打扮，亦惊惧万宁识出自己，幸好静慈师太及时出面打断二人的谈话，但事情并没有就此结束。
朝堂之上，几个小官“供认”黄河毁堤之事确是受太后指使，太后反驳，说皇上让几个鸡毛小官诬陷于她，于是皇上命人将范弘——这个太后最倚重的太监带上殿来，并将范弘认罪画押的供纸放到太后面前，太后无可辩驳，但范弘大喊自己是屈打成招，后气绝，死前喊冤，百官也心存疑虑，但仍有众多官员支持皇上。皇上通过“毁堤事件”几乎扳倒太后，拿回玉玺，到永庆庵向静慈师太“报喜”，并带来大量医治霍乱的药材，但静慈师太一眼就看出皇上此行还另有心思。郑齐正与允贤说着话，小厮前来报告其夫人得知他前往重疫区，十分担心，催他回去，允贤因此知道郑齐已经成婚。
万宁对允贤怀有偏见，故意道出允贤的女子身份，灾民因此而误解允贤，不但不感激允贤的救命之恩，反而将她指作医婆，大加唾弃，不愿再让允贤医治，允贤百口莫辩。而这时来路不明的“朝鲜商人”（瓦剌人）却愿意让允贤医治，但惠民药局的人却针对允贤，不肯让允贤抓药，无奈之下，允贤就地取材制成偏方，竟真的治好了那个“朝鲜商人”。灾民知悉此事，又一窝蜂地去请允贤为他们诊病，允贤面对大起大落，不骄不躁，说惠民药局的大夫医术高明，也一定能治好大家的病，于是一半灾民又自动分流到惠民药局的大夫们那边去，这些大夫们也因此对允贤有所改观。允贤煎药时扇子着了火，差点烧到自己，万宁及时提醒允贤当心，并为自己曾经误解针对允贤道歉，还虚心向允贤讨教治病“偏方”，二人自此化干戈为玉帛。
祁钰受皇上诏令运送粮食进京赈灾，并临时调整计划率先送粮食到永庆庵救急。听说永庆庵外有一位公子正在分发粮食，紫苏和允贤以为是郑齐又来输送物资，遂跑去看看热闹，到了之后，才发现原来这次来的是朱公子朱祁钰，祁钰见允贤戴着他送的珠花，心内欢喜。祁钰与允贤约定再见，并将自己的随身香包赠送给允贤。面对祁钰和郑齐两个人分别赠送的香包，允贤将郑齐送的香包收进了柜子，而将祁钰的香包拿在手中，少女情怀悸动着。