皇上听宫女丁香说起吴太妃及祁钰竟这般作践允贤，气愤不已，立即去安慰允贤，告知允贤吴太妃一心只想巴结太后，与汪国公结为亲家，好借他们的势力让祁钰成为新君，自己就可以当上皇太后。听完皇上的解释，允贤明白了吴太妃为何百般刁难于她，对她如此不满，允贤也向皇上表明自己的原则和初衷，即无论如何也要冲破一切困难和束缚成为女医。皇上想将允贤安顿在宫中，但眼下允贤既非宫女又非女官，况且允贤也向往在宫外与万宁他们共同研习医术，并可以为百姓治病的自由。但皇上仍觉得允贤现在有家不能回，孤身一个女儿家在宫外实在不妥，且与祁钰的婚事也还悬而未决。况且宫内的太医院也能为允贤精进医术、成就医学事业提供有力支持，于是特许允贤参加太医院的考试。允贤欲拜太医院的刘平安为师，刘平安虽对允贤颇为欣赏，但仍要求允贤通过太医院的考试后方可拜他为师。
太医院众人听说允贤身为女子竟要来报考太医院十分抵触，几乎一致认为若是允贤一介女流之辈考上了太医院有违医道，对他们亦是一种侮辱。而刘平安身为太医院院判，却同意允贤来参加太医院的考试，并以允贤曾经参与医治霍乱以及治好太后眼疾为由力排众议，且以皇上特许堵住了他们的嘴。刘平安还说，如果他们当真质疑杭允贤的才能，大可对五日后的入院考试严格把关，认真出考题，且将出题的任务交到了对允贤尤为抵触的村霞身上。
太医院的考试并非小儿科，不认真下一番功夫是难以过关的，允贤虽有真才实学但也还是为此颇为头疼，于是皇上特地从宫外请来与允贤私交甚好的万宁来为允贤做些指点，万宁将考试形式及考试范围都一一告诉允贤，并给允贤指出重点，帮助允贤复习备考。
允贤连日以来秉烛夜游专心备考。到了考试当日，村霞出的笔试题是让允贤在一炷香之内答完六道书卷之题，允贤沉着作答，以一等成绩过关。程十三又加试问答题为难允贤，允贤亦成功过关。到了实证考察，村霞先是在第二题找来不愿扎针动刀的老爷子让允贤为其医治脓疮，允贤巧用银钗刺破脓疮为老爷子敷药。第三道题，村霞又找来裸身太监来让允贤为其扎针，且最后一针出在敏感部位，允贤实在难以下手施针，那么，允贤最后到底能否通过太医院的考试呢？
程村霞出题恶意为难允贤，逼她在男子身体的隐秘部位扎针。允贤为了过这太医院考试的最后一关，准备硬着头皮扎针。见此情形，刘平安却制止允贤施针，让她放弃这最后一题，而当众宣布收她为关门弟子。皇上封允贤为司药女官掌管御药房，并将御药房迁到长寿殿让允贤领着御药房独占一殿，允贤就此在宫内安下身来，并且可以跟着其师父刘平安潜心学习医术。
钱皇后召见允贤，说允贤现在是宫中的红人，叮嘱她对后宫嫔妃多加提防，不要轻易为后宫嫔妃诊病以免滋生事端。允贤则因宫中流传她与皇上关系亲近的传言，对皇后立下重誓，说自己对皇上绝无半点不该有的心思，且杭家曾受过钱皇后父亲的恩惠，在宫中皇后又对她多有照顾，自己无论是因为过去还是现在都对皇后心存感激。二人互相敞开心扉，就此以姐妹相称。
小马子偷偷告诉祁钰，他听到吴太妃与程十三说话中气十足，不像是有病在身的样子，祁钰这才对允贤当日说母亲装病的事有所醒悟，祁钰继而向刘平安询问究竟，刘平安暗示太妃当日确实身体无恙，祁钰这才彻底明白过来自己委屈了允贤。
波罗洲的渤泥国王携王妃来朝，但刚住进会同馆就因水土不服双双病倒，腹泻不止，太后命允贤三日之内治好王妃的病，否则就对允贤罢官免职且杖责一百，程村霞为了打压允贤，自动请命医治国王与允贤比试。渤泥王妃宁死也不愿服用外族的药，允贤于是从礼拜寺买来酸酪浆给王妃吃下，王妃吃了这酸酪浆腹泻竟真的就好了。程十三原是要布下这个局整允贤，借机将允贤赶出太医院，可允贤竟成功用一碗酸酪浆先于程村霞医治好了王妃，程十三当场被气得脸都绿了。
程村霞因与允贤比试输给了允贤，心里极度不平衡。祁钰知道自己错怪了允贤，来向允贤道歉，二人抛开嫌隙，重归于好，皇上来找允贤欲给她赢过程村霞之事道喜，却正好撞见了二人含情脉脉的一幕，转身回宫。
权丽妃派人来请允贤去她宫中“说说话”，丁香则告诉允贤，皇上登基十多年既无皇子也无公主，平日后宫嫔妃都拿太医院开的助孕药当水一样喝，眼下宫内来了允贤这样一位“女神医”，众嫔妃都想让允贤帮助她们早日怀上龙子。允贤去到权丽妃宫中，见小宫女被罚跪，问权丽妃何故，权丽妃说是因为宫女毛手毛脚打湿了她的飞云丹，得知权丽妃近来都用飞云丹美容，允贤用实验演示了飞云丹的毒性，权丽妃看了大惊失色并请允贤为她诊脉，允贤告知权丽妃其身体并无大碍，还给她另外开了美容养颜的方子，权丽妃甚为欢喜且对允贤信赖有加，允贤因此事更加成了后宫的红人。一太医就允贤奉命掌管御药房却大肆给后宫嫔妃诊病抢了太医院的“生意”向程十三告状，程村霞听到此事，竟提议上书参奏允贤，其师父刘平安听到他如此言论，斥责他毫无同门情谊之余，还劝他试着与允贤好好相处。
吴太妃提议将允贤纳为祁钰的侧妃，太后因允贤治好渤泥王妃的事对允贤颇为赏识，亦点头同意。太后将欲让允贤做祁钰侧妃的事告诉汪美麟，汪美麟因此同太后吵闹，回到家更是哭闹不止，其父汪国公发觉太后已经不会再帮他们，决定另寻他法——抓住允贤与皇上关系密切之事来做文章。
允贤给皇后做午膳，皇后请允贤劝皇上不要过分亲信王振倚重东厂，并同允贤说起皇上与太后之间的“杀母”仇怨，将自己对此事的疑虑说出——皇上的生母据说不识字后来却凭空被王振找出一封其留下的血书；且皇上的生母死时，皇上已经为孙贵妃即当今太后代为抚养一年多，太后若真想毒死她又为何等了这一年多才下手呢？说罢，允贤发现皇后平日胃口很小，立即给皇后把脉，诊断出皇后是因为脾虚而导致气血不足，故而难以怀胎，于是给皇后换了药方，还给皇后做了“暖宫汤”，好让皇后调理好身子早日怀上龙嗣。
允贤得知宫中的宫女太监生病后都无处就医，于是在长寿殿开门看诊，一时之间御药房门庭若市。小马子来替祁钰送信，听到前来看病的小太监背后议论允贤并想占允贤便宜，将此事告知祁钰，祁钰听后又急又气，但知道允贤现下正在开门看诊的热头上，只是暗中护允贤清白。
皇上来找允贤，说起二人相约每年一起看烟花之事，一时放松，将双手搭在了允贤的肩上，这一幕却不巧被祁钰看到。