祁钰见到允贤与皇上深夜独处，黯然神伤，并向他宫中的锦衣卫朋友探听了此事，得知皇上的确对允贤有眷恋之心。汪国公暗中设计离间皇上与郕王，却意外打听到允贤建议皇上扩建御药房，好为宫内的宫女太监开诊布药的消息。朝堂上，皇上向众臣提及此事，众多老臣一听皇上要改革祖制，纷纷表示反对，继而扯出允贤掌管御药房却越职为宫人们诊病的事，大肆参奏允贤，还将允贤说成不堪之人。皇上听臣子们如此侮辱允贤，且不把他的话放在眼里，大怒，与朝臣们大起争执，还下令将反对的臣子都拉出去杖责五十。太后闻讯赶到，制止皇上责罚朝臣，并宣布扩建御药房之事就此打住，还让朝臣们就此退朝，皇上让朝臣们回来，却根本无人理会。
祁钰听说了朝臣们在朝堂上对允贤群起而攻之的事情，急忙去找允贤，劝允贤辞官出宫，允贤因家族旧案未翻，皇后又还未怀上龙子，遂不愿辞官。不料祁钰竟对允贤说出“花蕊夫人”的典故——宋太宗与宋太祖共争一女，以此暗示如今皇上与他争允贤，见祁钰如此怀疑自己，允贤伤心不已，让祁钰离开御药房。祁钰前脚刚走，太后就派人传召允贤。因皇上为了允贤不惜与群臣大起争执，太后竟欲用毒酒将允贤赐死，皇后赶来为允贤求情，却被太后推到在地，磕破了头，允贤赶紧上前为皇后把脉，竟发现皇后或有喜，皇后以允贤为她调理身子有功且龙胎安全有赖允贤保障为由，请求太后一定要饶过允贤。程十三与刘平安同时前来为皇后诊脉，程十三谄媚，只贺皇上有了龙嗣之喜，刘平安则如实道出，皇后因为受了惊吓需要好好保养，否则将有滑胎的危险。皇上问宫女皇后怎么会受到惊吓，这才知道太后欲杀允贤之事，于是皇上也撂下话威胁太后——如果允贤有事，他亦不会放过太后的外甥女安和郡主。
汪国公在太后面前再进谗言，鼓动太后除去皇上，太后想到皇上对她的威胁，亦觉得等皇后产下龙子皇上也将可有可无。王振挑唆皇上，说允贤此次之所以差点丢掉性命，全是因为汪国公汪英在背后使坏，鼓动皇上派人暗杀汪国公。皇上将欲除去汪国公之事告知皇后，皇后却大力劝谏，皇上一时气愤，失手将皇后攘倒在地，皇后又一次险些有滑胎之忧。皇后仔细向皇上说明不可杀掉汪国公的原因，皇上遂答应皇后收回成命，王振则不得已叫曹吉祥撤回东厂杀手。
允贤险些被太后以毒酒赐死，想杀死汪国公泄愤又不成，皇上因此满腔愤懑。允贤劝皇上一定要谨慎行事，步步为营，切勿再随心所欲滥杀臣子。皇上叫允贤不要同他说这些大道理，并说自己是皇帝，想做什么就做什么，包括得到允贤。激动之下，皇上一把抱过允贤，问允贤是否早就知道自己喜欢她，还问允贤是否也对他动过一点男女之情，允贤想到自己曾对皇后立下的重誓，且与祁钰早已立下婚约，坚定地说没有。皇上冷静下来，说自己以后会尽力把允贤当做妹妹，不会再心存执念。
允贤与父亲及奶奶重逢，其义父于东洋也被皇上重新召回京中做官。允贤将祁钰欲马上带她回郕州的事说给父亲和奶奶听，奶奶说眼下祁钰还未正式迎娶允贤，允贤就这样跟着祁钰回郕州实在不妥，杭父则说如今朝局动荡，太后欲重新执政，皇上对杭家有大恩，允贤也应当留在京中为皇上尽绵薄之力。允贤与祁钰商量此事，祁钰亦不忍心在皇兄腹背受敌的时候，弃皇兄而去，于是同意与允贤共留京中。
太后觉得只有皇后腹中一个龙嗣，废掉皇上另立新君的事还没有十分的把握，于是与程十三商量出“王子换太子”的计谋，打算将藩王家的孩子安在皇上的两位妃子身上。
允贤整理出药膳笔记呈给皇上，希望皇上能为百姓修医术，由此也算皇上功德一件。皇上要将医书署允贤之名，允贤知道经过上次她提议扩建御药房之事，朝臣都对她甚为反感，觉得此举不妥，不愿署名。于是，皇上想出从他与允贤的名字中各取一字的法子，署名郑贤，意为郑齐与允贤。
允贤将整理好的药膳笔记送给其师父刘平安批阅，刘平安提议将此笔记也拿给允贤的师兄村霞批注，允贤同意，觉得越多人看越好。村霞看着允贤送来的药膳笔记，正感叹师妹确实有真才是干，其叔父程十三却来找他共同谋划“王子换太子”的计谋，村霞以混淆王室血统是杀头之罪为由拒绝了叔父的要求。程十三看到村霞手上的药膳手稿，问是什么，村霞害怕叔父知道自己帮允贤批注药稿，只说是一个开医馆的朋友送来给他过过眼的东西。
晚上，程十三再来找村霞，小厮回报称村霞去出诊了，程十三看到村霞桌上的药膳手稿，感叹这真是一个大好机会！次日，程十三找来太医院多位太医，让太医们帮他重新抄写允贤的药膳手稿，并且叮嘱他们尽量多做修改。
祁钰受命前往大同与瓦剌人交涉，允贤给祁钰送别，叮嘱他一定要小心保护自己，祁钰则说自己一定会平安回来早日迎娶允贤，二人依依惜别。转眼离祁钰出使大同已经过去两月，钱皇后的肚子也眼见着大了起来。允贤去给义母贺寿，见义母最近热衷于食用“药膳”，对此感兴趣起来，于夫人于是拿出现在京中广为流传的据说是由太医院程院判编纂的药书给允贤过目，允贤惊讶地发现此书竟是程十三抄袭于她的药稿。允贤气冲冲地拿着程十三的新书去质问他——身为太医院的前辈为何要抄袭她的药稿，程十三这才明白过来原来那摞手稿来自允贤。但为了保住自己的颜面，他仍矢口否认，允贤于是举出程十三书中的“七神归元汤”的主料及配料都与她谭家祖传秘方中的“七神归元丸”一模一样。见程十三毫无悔意，允贤打算进宫去向皇上告状，村霞为了袒护叔叔，请求允贤不要去告发程十三，允贤碍于同门情谊答应暂且不去揭发此事。程十三在村霞面前假意悔改，转背却去向太后揭穿了允贤是当年太医院谭复孙女之事，太后知情后打算杀掉允贤。程十三知道就这样处决允贤势必会遭到皇上的阻挠，于是又生出毒计——让刘妃假装晕倒，继而让其请允贤为她诊脉，后又安排刘妃小产，并将此罪名推到允贤身上。
太后以允贤“残害龙嗣”为由要将其赐死，皇上坚决阻挠。允贤则镇定自辩，称刘妃的确小产无疑，但早上让她诊脉之人却并非刘妃，因那人为罕有的奇飞脉，允贤早上诊脉时就已发现并将此事告知了其师父刘平安记录在册，而眼前刘妃并非有奇飞脉之人。允贤字字铿锵，刘妃亦主动招认自己系受太后指使陷害允贤。真相已经昭然于心，太后知道自己的计谋被拆穿，强行将程十三带出了刘妃寝殿，并打发其他自行逃命。
村霞因叔父抄袭了允贤的药稿之事向允贤赔罪，并请求允贤看在其叔父经营太医院多年没有功劳也有苦劳的份上原谅叔父，还说叔父上次为了医治瘟疫，甚至不小心烫掉了自己虎口上的胎记。允贤得知程十三虎口上有胎记，记起当年陷害谭家害死爷爷和哥哥的J人。皇上帮允贤在太后面前重翻旧案，指出太后的心腹程十三才是当年害她小产的真凶。太后盛怒之下说要杀了程十三，内监曹吉祥听闻立即将其一刀刺死。旧事重提，太后急怒攻心，中风病倒。曹吉祥秘密将程十三带回东厂，原来他那一刀并未刺中程十三的要害，而他之所以将程十三带回来，则是想获悉更多关于太后的秘密。
皇上命允贤编发的《太平药膳方》也已编印完成，百姓得到免费派发的药书，都对皇上的仁政赞不绝口。