盛庸明白，就算粮道没有被袭，南军也无力再战了。他答应换俘，并送回张玉尸体，以及燕军部分仍活着的士兵，其中就有张辅。兵败东昌，朱棣前所未有地情绪低落，朱能跟随了他近二十年，从未见过他这副模样。朱棣不吃不喝，妙云过来开导安慰他胜败乃兵家常事，王保保是天下奇男子，照样输掉沈儿裕一战。如今朝廷兵马一路截杀，可朱棣仍能全师而还，朝廷已经奈何不了他了，这不是失败，已经是胜利了。朱棣被她的话说动，终于看开了。近日妙云也颇为劳累，总是犯晕，但她不想让朱棣因此分心，所以并未告诉他关于自己的病情。朱允炆在朝堂上高兴异常，打了这么久，终于打赢了朱棣一次，他毫无君王风度，当着众臣的面跑出大殿。

朱棣亦知，这一路走来，打了三年，燕军虽屡战屡胜，可从未动过朝廷的根本，朱棣已不能再等，这一回，是生是死，全看这最后一战，他要率军直取南京。这一回朱棣若是能入南京奉天殿，或许不会容得下黄子澄和齐泰等人，但道衍还是斗胆请他留方孝孺一命，方孝孺乃天下读书人的楷模，若杀了则令天下读书人失望。朱棣答应到时候会给方孝孺一条生路，他走或者留，全看他自己的选择。朱棣率军自馆陶入山东之后，烧掉了过来的桥，意味着他们已无后路。

不远处就是曲阜，孔孟圣人之地，朱棣下令不可叨扰。此后，燕军避济南，绕东昌，一路上避实就虚，齐泰在朝上禀告，认为燕军此次是想奔京师而来。此时都督平安已和总兵何福，眼下正与燕军在睢水对峙。齐泰斗胆建议，以魏国公为将，率军北上，驰援平安与何福。徐允恭终于能重张帅印，可他的作战法与何福不一致，两人发生争吵，只能请陛下圣裁。巧的是，燕军进军信号与南军突围信号相同，都是三声号响，所以燕军进攻时，南军误以为是突围的信号，全军大乱，自相践踏，最终全军覆没。

朱允炆呆若木鸡，以为自己已山穷水尽，齐泰却说还有长江，他已经让盛庸尽收长江之船只，朱棣铁定无法渡河，可他们没想到有人给朱棣送了船只，朱棣率军渡江而来。黄子澄和齐泰都建议朱允炆暂避祸，暂退守湖湘，方孝孺的建议与他们截然相反，竟妄图募兵来守南京。朱允炆没有逃，下令让黄子澄和齐泰出京募兵。朱棣兵临南京城下，没着急攻城，同时也是留给他们一个是走是留的机会。

南京城里，已经有不少千户和百户的手下士兵落荒而逃，徐允恭大怒，身边的近侍斗胆直言，南京怕是守不住了。谷王朱橞说服李景隆投降，为朱棣打开了南京城的大门。徐允恭已经决定要和朱棣结怨到底，带着京中留守司的一些将士和文官做困兽之斗。大理寺丞邹瑾和几位文官说徐增寿通燕，将他押进宫，崩溃发疯的朱允炆将徐增寿杀死于殿上。燕王朱棣进南京，吩咐朱能带人去接管各个衙门，进入宫殿后，朱棣对着一具盖着白布的尸体演戏大哭，让旁人都以为这具尸体是朱允炆的。