盛庸明白，就算粮道没有被袭，南军也无力再战了。他答应换俘，并送回张玉尸体，以及燕军部分仍活着的士兵，其中就有张辅。兵败东昌，朱棣前所未有地情绪低落，朱能跟随了他近二十年，从未见过他这副模样。朱棣不吃不喝，妙云过来开导安慰他胜败乃兵家常事，王保保是天下奇男子，照样输掉沈儿裕一战。如今朝廷兵马一路截杀，可朱棣仍能全师而还，朝廷已经奈何不了他了，这不是失败，已经是胜利了。朱棣被她的话说动，终于看开了。近日妙云也颇为劳累，总是犯晕，但她不想让朱棣因此分心，所以并未告诉他关于自己的病情。朱允炆在朝堂上高兴异常，打了这么久，终于打赢了朱棣一次，他毫无君王风度，当着众臣的面跑出大殿。
朱棣亦知，这一路走来，打了三年，燕军虽屡战屡胜，可从未动过朝廷的根本，朱棣已不能再等，这一回，是生是死，全看这最后一战，他要率军直取南京。这一回朱棣若是能入南京奉天殿，或许不会容得下黄子澄和齐泰等人，但道衍还是斗胆请他留方孝孺一命，方孝孺乃天下读书人的楷模，若杀了则令天下读书人失望。朱棣答应到时候会给方孝孺一条生路，他走或者留，全看他自己的选择。朱棣率军自馆陶入山东之后，烧掉了过来的桥，意味着他们已无后路。
不远处就是曲阜，孔孟圣人之地，朱棣下令不可叨扰。此后，燕军避济南，绕东昌，一路上避实就虚，齐泰在朝上禀告，认为燕军此次是想奔京师而来。此时都督平安已和总兵何福，眼下正与燕军在睢水对峙。齐泰斗胆建议，以魏国公为将，率军北上，驰援平安与何福。徐允恭终于能重张帅印，可他的作战法与何福不一致，两人发生争吵，只能请陛下圣裁。巧的是，燕军进军信号与南军突围信号相同，都是三声号响，所以燕军进攻时，南军误以为是突围的信号，全军大乱，自相践踏，最终全军覆没。
朱允炆呆若木鸡，以为自己已山穷水尽，齐泰却说还有长江，他已经让盛庸尽收长江之船只，朱棣铁定无法渡河，可他们没想到有人给朱棣送了船只，朱棣率军渡江而来。黄子澄和齐泰都建议朱允炆暂避祸，暂退守湖湘，方孝孺的建议与他们截然相反，竟妄图募兵来守南京。朱允炆没有逃，下令让黄子澄和齐泰出京募兵。朱棣兵临南京城下，没着急攻城，同时也是留给他们一个是走是留的机会。
南京城里，已经有不少千户和百户的手下士兵落荒而逃，徐允恭大怒，身边的近侍斗胆直言，南京怕是守不住了。谷王朱橞说服李景隆投降，为朱棣打开了南京城的大门。徐允恭已经决定要和朱棣结怨到底，带着京中留守司的一些将士和文官做困兽之斗。大理寺丞邹瑾和几位文官说徐增寿通燕，将他押进宫，崩溃发疯的朱允炆将徐增寿杀死于殿上。燕王朱棣进南京，吩咐朱能带人去接管各个衙门，进入宫殿后，朱棣对着一具盖着白布的尸体演戏大哭，让旁人都以为这具尸体是朱允炆的。
李景隆主张让朱棣即登上位，朱棣自然不能让他人坐实自己反叛罪名，所以一开始并没答应。朱棣下令捉拿黄子澄和齐泰等奸臣，有举报缉拿者赏，有包庇者，与奸党同罪。马和按照朱棣的要求，秘密挑选十二位中官和一百一十三位锦衣卫，三日后即可上路。朱棣说，无论朱允炆是生是死，他都不想再看见他了。
这次朝廷败了，归顺官员有二十三人，弃官而逃者有四百六十人，朱棣早就料到会是这样的结果，他让朱能三日后请夏原吉过来。朱棣给夏原吉看了前元疆域图，他有重新经营北线、改土归流的想法，夏原吉直言，朝廷打仗花费甚多，已经无力再兴战。朱棣了解他的为人，也知道他会跟自己翻账本，所以他早就想好，让夏原吉去江南治理水患，并且和他约法三章，在诸业兴旺、百姓安康之前，他绝对不兴大兵。
夏原吉十分佩服朱棣，决定为他效力，还趁机劝谏他欲成大事，首在人和。翌日，朱棣命人带方孝孺进宫为自己草拟登基的诏书，可方孝孺不识抬举，写下燕王篡逆四个后吐血，朱棣让人把他带下去。当看到旨上所写之字，他十分恼怒，下令明日对齐泰等人及其家眷，明正典刑。公元1402年，明洪武三十五年六月，燕军破南京城，建文帝朱允炆不知所踪，作为胜利者的朱棣，以穷治奸党为名迭兴大狱，齐泰、黄子澄、方孝孺、练子宁等建文朝大臣，为朱棣所杀，殉难者众，情形惨烈，当为壬午年，史称“壬午殉难”。
奸臣的家眷被充入教坊司，徐妙锦惊诧不已。朱棣抓了铁铉，但对他并无责怪，反倒是希望他能来帮自己。然而铁铉已非当初的铁铉，朱元璋赐字后，他就名为铁鼎石，行事作风和处事态度，已经和朱棣天差地别。铁铉效忠于兴宗皇帝（朱标），如果他要登基，那么绝不能再留兴宗皇帝的名号，而忠臣不能侍二主，铁铉不愿与朱棣同路了。朱棣本想留他一命，发配海南，可铁铉已经一心求死，朱棣如了他的意，下令将他斩杀。匆匆赶来的道衍，到底还是晚了一步。
朱棣准备惩治第二批逆臣，徐允恭的名字在列，朱棣没有打算要杀他，但决定将他幽禁府中，闭门思过。徐妙云已经失去了一个弟弟，朱棣还要这样对徐允恭，她崩溃大哭，朱棣承诺会善待增寿的儿子。朱棣将自己的年号定为永乐，次日准备即位，翰林编修杨子荣提醒他先去谒陵，朱棣这才记起来，让人转身去陵墓，拜完之后又去了东陵，抱着朱标的牌位大哭。七月，朱棣在南京继皇帝位，是为大明永乐皇帝，由此开启了煊赫一时的“永乐盛世”。
十二万军民，十月辛劳，在夏原吉的带领下终于治好水患。朱棣下旨疏水所经县，蠲免永乐二三年的赋税。朱棣即位两年多，虽有求治太速之嫌，但经营海外、创设内阁、昌明文教、削除诸藩，大明已经是蒸蒸日上之势。京中也已经在造宝船，后来夏原吉问起学生杨子荣此事，杨子荣表示朱棣想大有为。夏原吉转移了话题，谈到陛下让杨子荣改名的事。夏原吉回京，碰上朱棣要和内阁议事，没能见他。看到荣国公来了武英殿，夏原吉猜到他们要商讨漠北之事。
伯颜帖木儿不满现在的大汗，他从乌兰图雅和海别口中得知，昭宗皇帝嫡孙本雅失里在哈烈，他是正宗的世祖皇帝血胤，伯颜当即下令让人去哈烈寻找本雅失里。杨子荣谏言，此时不应兴大兵，朱棣听从他的建议，转而下旨让都司屯田储积、操兵养马，以备不时之需。另着使者前往和林，告知鞑靼大汗，若知礼仪互通好，定当视为一家，天下同好，但对方从未回复过一个字。朱棣让解春雨写的书应编得差不多，但多有一些悖逆之言，他建议删掉。朱棣却让他一字不删地留下，他和妙云等不及要看。
夏原吉替上海生员叶宗行向朱棣献治水的长久之策，朱棣龙颜大悦，晋升叶宗行为钱塘知县。他没让吏部查勘叶宗行，全因为夏原吉信得过叶宗行，朱棣也信得过夏原吉。夏原吉还有疑惑让朱棣解答，朱棣似乎知道他想问什么，让他陪自己用了午膳再说。夏原吉已经知道龙江船厂造船的事情，朱棣自认为那是造船，不是兴大工。他想把江南和陕西的平民一并迁到北平和山东，只要他们把地开出来， 他还可以效仿太祖旧例，永不起科。这是利国利民的盛举，夏原吉代两地谢朱棣隆恩。
为充国库，朱棣广屯种，裁冗食，皆经国之道，但要缓解国家财计，单单靠这两条，是远远不够的。朱棣让他继续说下去，夏原吉补充，平赋役、严盐法、钱钞之禁、清仓场等数策可用，朱棣很高兴，让他列个奏本给他。解春雨从新科进士里挑选了二十八人出来，进翰林院读书，可他们连捕蛇者说都背不出来，朱棣十分生气，发配他们去戍边。事后解春雨问夏原吉，刚才朱棣雷霆作色之时，为何他一言不发。夏原吉认为，不知稼穑之难，不懂民间之苦，让他们去戍边吃吃苦也好。
妙云问起这二十八进士的事，朱棣一一同她说明，倒也有几分道理。不久之后，朱棣赐道济还俗，并赐名广孝，没想到道衍竟然跑了。大师的姐姐把道衍撵了出来，朱棣让马和将道衍请来这儿。道衍谏言，太祖二十六子，为由懿文太子朱标可比朱棣，但这大明朝未必经得起三代雄主的折腾，所以继承朱棣位置的人，必须是心甘情愿承认自己不如朱棣，这样才能罢兵休武，让大明朝休养生息。道衍所言不无道理，最终朱棣定朱高炽为太子。
朱棣赐名马和一个郑字，选他当出海的正使，要海外诸国，诚心实意地来交好，并不许他擅动刀兵。同时朱棣交代郑和继续暗中查访朱允炆下落，还让他在海外遍寻名医来大明朝为皇后诊治身体。而那二十八名进士已经回到京师，他们已知朱棣的用意，朱棣便赐教，允许他们重新回翰林院读书，只有读好书，才能当好官，做好人。永乐三年到宣德八年，郑和下西洋，进行了中国古代规模最大、船只和海员最多，时间最久的海上航行。朱棣试图通过派遣郑和下西洋的举措和外交模式，达到以不动兵戈方式实现威服众邦的美好愿望。
妙云的身体每况愈下，还没到散朝的时候，朱棣就跑来关切慰问。今天日头好，朱棣陪她出去走走，聊起了以前的事情。