太子觉得铁铉不错，让他再在洛阳历练历练。胡惟庸与其他官员议事，安排各部接下来的事务，让兵部、户部和工部尽快地拿出一个好的措置。涂节登门，胡惟庸提醒他从今开始盯住燕王，燕王在三王就藩演武中胜出，陛下却让晋王和秦王立藩，而单单把燕王调回京师，说明陛下极有可能回让燕王来吏治。另，涂节以狂悖二字弹劾晋王，理由充分，胡惟庸自会在陛下那里为他争一个局面出来。
妙云注意到朱棣心事重重，朱棣告诉她，父皇和大哥给他找了个新差事，从他的表情看来，这个差事并不容易。太子与朱棣一起吃馒头，发现这是掺了糠的燕麦馒头。盛庸告诉他们，河南当地的百姓，确实吃的都是这些。朱标心下大为触动，让盛庸把糠燕麦馒头拿去给皇长孙，看着他把这些都吃完。朱棣和妙云刚回京师，妙云回到韩国公府上，而朱棣被叫去了亲军都尉府，徐增寿告诉妙云，京中都在传陛下要重设检校，命名为锦衣卫，古往今来，替皇帝做这个差事的，没有谁落得好下场。
胡惟庸与太子提出，以察子窥探百官，实乃是得位不正的伪朝才做的事。太子听罢，把手中的奏折啪地一声丢在桌上，胡惟庸立刻噤若寒蝉。太子提醒朱棣，这事善始不易，善终尤难，而朱棣已经决定接下锦衣卫的差事。朱元璋奉行，朱家的天下，要靠朱家人守好，所以他要把自己的儿子拿去立藩，要让朱棣接管锦衣卫，从此以后，朱棣和锦衣卫就是大明朝的眼睛和耳朵。他对朱棣寄予厚望，朱棣亦万死不辞，不过他希望父皇不要让十二弟进锦衣卫，朱元璋应允了。
很快，朱元璋下旨裁撤亲军都尉府，设锦衣卫亲军指挥使司，掌宿直侍卫，巡查缉捕，典诏狱，允许举发不轨，纠劾百官。燕王率先命人去抓了户部官员薛静，对其严刑拷打，从他口中挖出了更多的不法官员。一连十，十连百，许多的违法乱纪官员均被收押惩治。王月悯的探子插不进锦衣卫，她也很快要随同秦王前往西安。马皇后特地将她叫进宫，送了貂皮厚衣，一番抚慰。王月悯趁机请求让身边的婢女乌兰图雅进宫照顾海别，马皇后自然无法拒绝。
扩廓再次举兵进犯辽东、山西、北平等地，太子拟调长兴侯耿炳文赴西安，颍川侯傅友德赴太原，分归秦晋二王节制。朱元璋却想要二者对调，耿炳文赴太原，傅友德赴西安。太子犹豫，朱元璋问起朱棣的看法，而他的看法和太子的一样。朱元璋深知老二和老三的脾气，最终还是按照他的要求将耿炳文和傅友德分付太原和西安。朱棣查出了元人的探马军司，朱元璋让他无论如何也要挖出来。
朱棣从盛庸口中得知，探马军司有李察罕和扩廓掌管，海别公主或许知道。妙云晕倒，太医诊治后说她有喜了，朱棣十分高兴。妙云提醒马皇后，海别也到了该成婚的年纪。时间很快过去，妙云足月生产。
妙云替朱棣生下了一个儿子，朱棣抱着儿子，视若珍宝。妙云还有一个月才能下床，朱元璋等不及，亲自来到燕王府看孙子。他给孙子起名叫朱高炽，并将朱棣的子嗣姓名排到了二十代以后，就是希望朱棣能开枝散叶。徐达派人送了密疏回京师，北平那边又有探马军司的消息了。徐达信不过北平府的人，希望朱元璋能从京师调人过去。于是朱元璋让朱棣从锦衣卫中挑选五百精锐，由朱棣带五百精锐前去北平，务必要把北平的探马军司连根拔起。
张玉来找朱棣，希望朱棣能帮忙，他想见见海别公主。他曾是齐王一手拔擢起来的，如要另侍其主，他得获得海别的允许。张玉的理由充分，朱棣没有多想，答应择日带他进宫见海别。妙云给张玉和他的妻子王氏准备了一些礼物，还把张玉现在租住的院子买了下来，送给张玉一家。张玉临走前，妙云问他，他的忠心所寄，究竟是草原的漠北汗廷，还是齐王殿下一人。张玉没来得及回答，朱棣进来，无意打断了他们的对话。
张玉的妻儿被囚北平，是妙云有远见，着人接了过来，她知道朱棣想招揽张玉，而张玉是个忠义之人，动之以礼不行，就只能晓之以情了。张玉进宫见海别，海别让他答应朱棣，侍奉护卫好他。张玉随后请求朱棣，只要齐王还在一日，自己决不与草原上的故人们刀兵相向，朱棣满口应允。太子叮嘱即将要去北平的朱棣，到了北平要听徐达的话，不能以身涉险。朱棣没想到海别也要跟他们一块去，曹国公的儿子李景隆看上了海别，前往北平前入宫向陛下辞别时向陛下请婚，曹国公等不及，来信让海别一同去北平。
还没到通州，徐允恭率北平府百户前来迎接。燕王查看了锦衣卫这些年查的名册，发现足足有两千多人，但其中只有前面二十几人证实了，其他的人仍是嫌疑，属下也不敢滥伤无辜。徐达分别问李景隆和朱棣对于战役的看法，二者看法截然相反，徐达不予置评。朱棣请求带上自己深入元人的侦骑，徐达没答应。这次来北平，朱棣表面上是省亲，但乌兰图雅看得出来他此行目的不简单，因此她询问要不要提醒北平的探马军司。然而海别说，南北两房探马军司向来互不接触干涉，是否是自投罗网，也只能看北平探马军司的命了。
朱棣无意中得知岳父徐达最爱吃烧鹅，而且最爱吃妙云做的烧鹅，为了让岳父答应带他出城游击，朱棣特地请妙锦去骗妙云下厨。徐达禁不住烧鹅诱惑，很快答应带朱棣出城游击，不过这次，他也要同去。他们出城后，北平城关闭城门，全面戒严。有探马军司的人混在明军中，被锦衣卫的人盯得死死的。徐达和朱棣出城，其实是个圈套，探马军司的人活动后被发现，锦衣卫直接把人抓了。其中还有个小插曲，有士兵脚掌气泡，徐达亲自给他挑破水泡，古代吴起吮痈，也不过如此了。
北平承宣布政使司右参政王志是探马军司的人，锦衣卫查明后，送信回京师，朱标勃然大怒。王志已被秘密带回北平，遭受酷刑后，躺在狱中奄奄一息。朱棣在北平的行踪，只有魏国公和曹国公知道，妙锦告诉妙云，这几天朱棣行踪不明，只有徐达和曹国公有权限查阅经历司的文书，而且经历司属吏一概不许回家，全都驻扎在将军府中。
得知朱棣抓了很多元人探子，悉数斩杀后悬首于城门上，妙云心知此事不简单，准备收拾行李回京师。探马军司北面房在凤阳设了一个暗桩，存有许多秘档，乌兰图雅从暗桩中取出秘档，海别说这个暗桩没有存在的必要了。徐妙云如此着急赶回京师，一定是朱棣又惹祸了。她让图雅转告京师的察子们，无论京师有任何风吹草动，都立马报告上来。这次朱棣只查军屯，铁铉不解。
得知朱棣只有一份口供，铁铉吸了一口凉气。燕王查到的未免也太过骇人听闻，有人借开中之便，侵吞朝廷的军屯，再以屯粮冒充开中的粮米，走朝廷的漕运运到北边，换了盐引，再回到朝廷换成盐牟利，这简直是一本万利的黑心买卖。这个买卖至少牵扯到屯卫所和藩台、臬司、漕运，以及兵部户部，大都督府，牵扯甚广，铁铉不敢相信，也不愿相信，不过最后查出来的结果，却并没有查到什么。
太子朱标也查阅了一干账册，没有任何问题，他觉得是朱棣中了元人的反间计。朱元璋听罢此事，决定召回刘基。朱亮祖冒冒失失跑进胡府，对于陛下安排朱棣去凤阳的事，胡惟庸却并不担心，若有什么证据，朱棣又何必去凤阳。陛下的用意，不过是想让他们自乱阵脚。张武回来禀告朱棣，三品卫指挥使陈恺用盐引做抵押，向富人贷粮。铁铉补充，陈恺管中都戍卫，以及军屯。听到军团这个字眼，朱棣立刻下令今晚亥时捉拿陈恺。
陈恺被抓，家中金子、玉石、房契、盐引都令人叹为观止，而陈恺年俸却只有四百二十担，陈恺以为是铁铉抓的自己，起初还咄咄逼人，当看到燕王时。便将一切都招供了，他与漕运衙门及户部、北平布政使司一干属官合谋，借开中之便，贪贿牟利。陈恺的案子可以结了，但朱棣还要继续查开中的案子。铁铉提醒他，法司断案，最重证据二字，可锦衣卫行事，全无顾忌。身怀利刃，杀心四起，铁铉不希望朱棣宁枉勿纵。太子也渐渐不满朱棣如此行事，让人转告朱棣，尽快回京师，不要再无事生非。朱高炽感染了风寒，将军府上下都在忙此事，妙云暂时无法回京，海别和图雅暂时也走不了了。
刘基希望道衍能去帮朱棣，他毕竟是除了太子以外，诸位皇子中资质最佳的，这案子不能这么查。没等刘基回到京师，他就被人下毒毒死了。朱元璋大怒，却没有任何办法。他让徐允恭和李景隆回到京师当值，还把晋王和秦王妻儿叫回。得知刘基已死，胡惟庸顿悟，陛下要和他们算总账了。妙云哀求徐达上奏，望陛下调朱棣去北平，可徐达明白陛下和太子想让朱棣做孤臣，是不会这么做的。
妙云管不了这么多了，只能带着还生病的朱高炽奔波回京师。朱棣同道衍见面，放下身段向道衍虚心求教。陛下召见张武，让他转告朱棣，放手去查，出了事有他担着。还有，张武要看顾好朱棣。朱棣回京师，太子已经不满他如今的若所作所为，朱棣亦不认同太子的观点，两人发生争吵。朱允玟听到后，就问夫子，他们是不是在争吵，夫子教导他，君子和而不同，即便是兄弟，也会有观点不同的时候。