朱允玟突然对吕氏说了一句，燕王行桀纣之事，反倒振振有词，这样的人如何帮太子治理天下。夫子眼角一跳，似是震惊，却什么都没有说。太子让朱棣带宫里的王太医回去给朱高炽治病，王太医诊治后称，朱高炽此病可痊愈，但以后不能骑马习武，体质也比常人要差一些。朱棣埋怨妙云急匆匆带病儿回京，造成了这样的局面。妙云反过来质问他，明明说回京师，为什么去的是凤阳。朱棣不想告诉她，妙云气在头上，让他去别的屋子就寝。
有很多不法官员被锦衣卫查处，朝堂上人人自危，昔日风光百官，锒铛入狱。缇骑所至，百官惶惶，太子进言，不能再让四弟胡来了。朱元璋却不以为意，知所戒惧，是为善也，心中有一怕，对这些百官没有坏处。胡惟庸面色沉重地看完一封信后，连夜去拜见老相国。老相国答应帮他，不过他也提醒胡惟庸，自身不正，何以正人，要想论人是非，自己得要是干干净净的才行。胡惟庸弯腰行礼，表示谨记，也不知他是否将这话听了进去。
户部员外郎黄景击鼓鸣冤后，自杀于承天门。百官于承天门叩阙鸣冤，而后全部跪在承天门前，燕王命锦衣卫，在门前杖责百官。许多人都是谈燕色变，太子痛心疾首，觉得父皇就不应该设这个锦衣卫，他现在都快不认识自己这个弟弟了。徐允恭想说服妙云劝谏朱棣，可妙云却表示自己要和燕王同进同退。胡惟庸上奏，让在锦衣卫中当值的诸位大臣家中之人，退出锦衣卫，即便不退，家中也容不下他们了。很快，有不少人被赶出家。
朱亮祖甚至捉拿了两个锦衣卫，残忍地杖毙两人，朱棣得知，命锦衣卫将永嘉侯府围了个水泄不通。锦衣卫正要动手，太子令到阻止。胡惟庸与永嘉侯等大臣，在奉天殿外跪倒一片，要求朱元璋裁撤锦衣卫。朱元璋忍着怒气让人问胡惟庸他们是不是要逼宫，此话十分严重。朱允玟和朱雄英打了起来，因为允玟说朱棣的坏话，而雄英历来和朱棣的感情要好，自然听不得。朱元璋问朱允玟为什么要说朱棣是酷吏，朱允玟不卑不亢地说，朝廷当与士林百姓共天下，而非与酷吏共天下。
他的话最终让朱元璋下诏，将朱棣拘禁待勘，铁铉也被捉拿议罪，锦衣卫暂归大都督府管。铁铉被施以酷刑，但他誓死不画押认罪，朱元璋竟然定了他一个绞监侯，赐全尸。他此举就是把朱棣的退路全都堵死了，胡惟庸摸不透朱元璋的心思。马皇后到朱元璋那儿大闹一场，也没能改变朱元璋的心意，朱棣被贬为庶人，收回燕王宝册及府邸，妙云携子归魏国公府别居。十二皇子等人，都去求朱元璋开恩。
太子希望老丈人能帮铁铉和燕王一把，但老丈人不肯，此时若帮，就是为自己树敌。燕王府内宫马和送妙云和高炽去魏国公府，看着年幼的儿子，妙云决定去帮朱棣。
天下大雨，妙云冒雨来求见马皇后，海别去雨中撑伞问她，为了朱棣这么做是否值得。妙云只是说她不是自己，她不懂得。马皇后走出去一看，儿媳跪在雨中，她觉得心疼极了。终于看到了马皇后，妙云心神松懈晕倒在地。太医诊治后告诉马皇后，燕王妃有喜了，但是身体虚弱，而且感染了风寒。马皇后叮嘱他务必照顾好妙云，别看燕王现在没落，但如若有谁敢怠慢燕王妃，她定饶不了他。
马皇后将朱元璋叫来，遣退了宫人，她愤怒地拿着一个鸡毛掸子打朱元璋。待冷静下来后，她才把妙云这阵子的经历说出。朱高炽在北平时生了病，妙云带着他在北平和京师之间奔波，朱高炽身子骨变弱，以后不能再骑马习武，现在就连妙云也病倒了。马皇后很生气，觉得这是朱元璋的错，他不顾儿子儿媳和孙子们的死活。宫里，太子的各妃子也都前来和朱元璋求情，希望他开恩，对燕王从轻发落。
妙云醒来后，也一同跪在朱元璋和马皇后的面前，请求陛下开恩。朱元璋最终下诏，将朱棣押往慧济寺，让他听佛经养性。朱亮祖听闻，赶紧去找胡惟庸，胡惟庸让他写下奏表，让陛下明正典刑，胡惟庸等人在上面签名。陛下对燕王这般，胡惟庸看出来他对朱棣到底还是大有不同的。胡惟庸让手下的官员，今年好好纳上一年税，凡事小心为上。朱棣被带往惠济寺，他意外地发现道衍在这里。
道衍此人胆大敢言，而且还敢做，算算时间，往年管税的官员要到京师了。道衍表示，燕王等的时机要到了。妙云提出替皇后去惠济寺祈福，马皇后答应了，朱元璋也应允，不过在去之前，他让妙云来跟自己见一面。燕王得知妙云来寺中祈福，急匆匆跑去见她，两人紧紧相拥。涂节的眼线将此事告诉涂节，他便连夜写了一卷纸张。朱元璋给十二皇子谋了一个新差事，竟是亲军指挥使司指挥副使，也就是锦衣卫指挥副使。他参见太子的时候，太子十分意外，同时又有些生气。
此时，事情已经渐渐露出端倪，皇帝和朱棣下了一盘很大的棋，就是等那些上京师缴纳官粮的官员进入京师。李景隆和徐允恭下令封锁全城，妙云也知道了事情全部，温柔地帮朱棣戴好官帽和腰带。随后，朱棣下令封锁全城驿馆和客栈，凡事进城缴纳官粮的官员，一律缉拿。涂节匆匆跑去胡府，告知此事。胡惟庸没有乱阵脚，他已经吩咐了众人今年好好纳税，不会出错的。谁知涂节告诉他，手下的人没有按要求做，这次还是带空印报表来的。胡惟庸震惊，继而大怒，情绪几乎癫狂。
涂节如丧家之犬跑出胡府，朱柏随后带锦衣卫前来捉拿了胡惟庸。看到这次证据确凿，涂节临阵倒戈，向朱棣跪下说要揭发胡惟庸。官员们带着空印报表上来，为的就是伪造账目，这次连人带证据，被抓了个现行。朱元璋让朱棣和朱标跟自己一起吃饭，注意到他们挤眉弄眼，朱元璋说自己没给朱柏官印，等这事忙完，就再让他少掺和锦衣卫的事。朱元璋还让太子不要埋怨朱棣将此事瞒着他，此事朱棣以退为进，就连朱元璋也没想到，总算是收获满满。
朱标心事重重，妙云才嫁给朱棣几年，她都相信朱棣的为人，可自己却不相信自己一手带大的弟弟，他不免为此感到惭愧。
朱元璋传口谕，命朱棣即刻入宫。朱元璋给他看了一本账册，这次带空印表上来的人名都在上面，足足有一千七百多人，朱元璋叫朱棣过来，就是想问问他，该如何处置这些人。朱棣于是表示，对于贪污多的、官级大的，通通杀掉，至于那些胁从的，可以发配军流。朱标的意见与他不同，朱棣解释道，这一千七百多人，如若通通杀掉，其家眷也会被发配，大部分可能死在途中，算起来至少是几万条人命。
京中留守司来报，他们已经拿下永嘉侯父子，这是朱标下的令，他认为应当要对朝廷军贵有个震慑。明初，明太祖因官员空印贪墨，大举荡涤官场，连坐及军流者数以万计，此为明初之：空印案，而胡惟庸则成了君权与相权斗争的牺牲品。一干淮西公侯去求见韩国公，希望他能为淮西文武公侯多担待，韩国公没有见他们，但还是让吕大人帮忙，去狱中劝胡惟庸“上路”，给淮西文武公侯一条活路。
胡惟庸曾想过老相国会让谁来劝说自己上路，但他没想到是吕大人。胡惟庸虽说没有将来了，但吕大人用身后之名劝动了胡惟庸。吕大人走后，胡惟庸就让人拿来纸砚笔墨。写下一纸奏表，同时上交的还有各位王公从胡惟庸那里拿好处的账册记录。朱标看到后震惊不已，看来他把决定权交给了朱元璋，是对各公侯大动干戈，还是就此化了，全看朱元璋。这个胡惟庸非常聪明，朱元璋已经不能再给胡惟庸什么了，他决定赐胡惟庸自尽。
妙云再次晕倒，这个案子牵扯了太多了，总归是朱棣造成的杀孽，马皇后叮嘱他去惠济寺祈福。时间很快过去，足月的妙云生产，竟然是难产，不过好在妙云挺了过来，生下了二子朱高熙。此次案子造成了很多官员的空缺，吕大人负责吏部事宜，不得不采取措施广招士子任官。士子方孝孺携母进京，成为了礼部祠部主事。他谨奏要宽刑狱废苛法等举措，直指当朝三大弊政的一纸上书，彻底引爆了剑拔弩张的朝局，更把原来处在漩涡中的朱棣和锦衣卫，彻底推到了风口浪尖。
户部亦上书联署，铁铉亦跟随户部夏原吉夏大人，写上自己的名字。官员紧缺，朱元璋不得不让前朝进士，如今八十二岁的徐辉任户部尚书。老相国不忍见陛下如此为难，有重新入仕途的想法。张玉告诉朱棣，这次百官上奏，在陛下心中的分量要比上一次高出许多，毕竟这次弹劾锦衣卫的大多数是在空印案和胡逆案中全身而退的官员。朱棣没把这件事告诉妙云，但过去看生病的朱高炽时，还是看到了那本弹劾奏折。
在妙云的建议下，朱棣打算进宫让父皇和太子允许他卸下锦衣卫的差事，到北平就藩。方孝孺的父亲方克勤在济宁做过知府，因空印案受牵连而死。他来拿回父亲的灵柩，道衍和朱棣说方孝孺的身份。一场空印案，牵扯了太多人，即便是朱棣，也知道如今的大明，这根弦崩得太紧了。