以未来决斗冠军作为目标的九十九游马，是个以「一飞冲天！」为口号，相信自己的可能性并对任何事都持续挑战、精力充沛的少年。可是，在热爱的决斗方面的水平却是初学者等级，而且还是连败纪录冠军。某一天，好朋友·武田铁男的卡组被外号「鲨鱼」学校头号不良少年·神代凌牙给夺去了。游马不畏强敌果敢地对抗，但不仅重要的护身符「皇之键」被弄坏，还要跟全国大会等级的鲨鱼以决斗分个胜负！在驱使强力怪兽召唤方法「超量召唤」的鲨鱼面前，游马会…！？

决斗中，突然游马面前出现神秘生命体。他自称名叫「星光体」，并从旁指导决斗，但我行我素的游马全然不听劝告。结果敌人鲨鱼的「No.」怪兽「No.17 海恶龙（No.17 リバイス?ドラゴン)」不停地猛攻，游马越来越被逼入绝境危机之中。但是，游马怀着不放弃胜负的坚强之心，面对敌人准备反击。

自鲨鱼战以后，游马和星光不能分离，勉强地开始了共同生活。就在那时，游马的姐姐·九十九明里的电脑死机，重要的稿子全部消失了！明里陷入恐慌状态，游马被命令去找可用来替代的独家新闻。上街一看，交通灯停了，自动售货器自己飞出罐装果汁……街上也陷入大恐慌。引发城市混乱的原因，原来是电脑病毒。这到底是谁干的好事呢！？