游马收到真月的紧急联络，赶了过去。想不到真月在跟巴利安以决斗交战。那名巴利安名叫贝库塔(ベクター，原型フェクダ/天玑)，在不分胜负的情况下就脱身了。据说他是困扰真月等「巴利安守护者」多年的最凶恶的巴利安。尽管那种巴利安的出现令人紧张，但是游马终于还是和贝库塔以决斗对峙！而且，据说他俩以前就有过对决，又是怎么回事……！？

作为自己的替身，游马因被凶恶的巴利安·贝库塔夺走真月，大受打击。而星光则从消失的贝库塔那里收到「No.66 霸键甲虫（No.66 覇键甲虫マスター?キー?ビートル）」的卡，并从这张卡感觉到不可思议的力量。就在那种时候，快斗和鲨鱼赶到游马这里来，他们在得知这起事件是和巴利安有关之后，本想马上闯入巴利安世界，可惜一直没找到那个方法。

游马他们靠「异次元飞船」来到「サルガッソ(死域海，取自サルガッソ海/马尾藻海)」，而等着他们的是贝库塔等巴利安。然后，对贝库塔的愤怒达到顶点，游马开始了决斗。与此同时，快斗vs米扎艾尔，以及鲨鱼vs德鲁贝的决斗也在此开始！这「死域海」被谋划好的场地魔法「异次元の古戦场(异次元的古战场)」，不断地削去游马他们的LP。游马的身心已经受创，可是贝库塔还搬出冲击性的事实，更进一步展开追击！