乌云弥漫的心园市，就像是在宣告世界的末日。巴利安的猛攻越来越激烈，吉器人们也发生系统错误，人的气息都从街上消失了。为了摆脱这个紧急事态，游马和星光打算向巴利安世界出发！另一方面，追寻游马和快斗下落的米扎艾尔在Ⅲ和Ⅴ面前现身。将这个世界的未来托付给游马的Ⅲ·Ⅴ，为了阻止米扎艾尔前进而开始决死的决斗……！！

对巴利安的王牌「升阶魔法-七皇之剑」采用了封锁对策的Ⅲ和Ⅴ，夺取米扎艾尔的王牌怪兽「银河眼时空龙」成功！再加上，Ⅴ他开发的「升阶魔法-紧急型混沌之力（RUM-アージェント?カオス?フォース）」使自己的「No.」不断地升阶，将米扎艾尔逼向极限！！但是，自己身为「驭龙使」的自尊被伤到的米扎艾尔用新的战略发起反击……！

游马继承了拼命作战的同伴们的意志。他为了打倒宿敌上千主上，与星光一起前往巴利安世界。但就在那途中，以前作为火热决斗者与游马多次决斗本应联结牵绊了的阿里特出现了！可是现在的阿里特已经面目全非，就像被什么给附体了似的，他的表情充满了邪恶。游马为了恢复本来的阿里特这名决斗者，以决斗对抗！