因为江石化工厂爆炸案在社会影响极其恶劣，陵江省政法委书记莫海言专门开会讨论，很想知道大家对此有何想法。省高院院长江永认为这是一个灾难和教训，同样也是一个契机，意味着司法改革迫在眉睫，顺势提出要改进环境司法审判体系。
最终经过省高院研究，决定要在七星县人民法院成立一个环境保护审判庭的试点，主要负责环境资源案的审理。曲和平找来罗远和耿念，希望他们成为这个改革路上的先锋，罗远欣然接受，反观耿念心有疑虑，恐无法起到实质性作用。
毕竟大家心里都很清楚，环境保护案最大问题就是举证难、立案难、鉴定难，光是一次鉴定费用就要动辄上万，乃至几十万。耿念认为保护环境最后靠的是监管和执行单位，他们作为法官只能依靠于法条，就算是有了法庭也无法解决存在的三大难题。罗远不以为然，亲口讲述他曾陷入一度迷茫，险些辞职又被曲和平挽留的故事，因此鼓励耿念勇于尝试。
经过二人通宵达旦地翻找资料，想到要借助公益环保组织的作用，让他们对污染环境的行为提起环境民事公益诉讼。曲和平觉得这个办法有点异想天开，公益组织是否符合公益诉讼原告资格是存在争议，依照过往的诉讼案件看来是没有希望，故而没有同意二人的提议。
但是在罗远和耿念的坚持下，曲和平在法院内部开会探讨，大家各抒己见，观点产生分歧。罗远拿出早已收集的证据，表明江石和七星运盛的污染行为，严重损害了社会公共利益，并说服其他法官由大江市环保联合会作为公益诉讼方，对案件提起环境公益诉讼。
随后二人去环保联合会普及司法新规，正巧碰见在联合会的苏卓，以及来找苏卓的夏未冬。罗远得知夏未冬与苏卓关系较好，不禁叹了口气，感慨是应该要避险，听得耿念一头雾水，还在关心着他的终身大事。夏未冬把检验出的样本数据交给苏卓，令她高兴不已，有了这份数据就意味着证据链完整形成。
年轻女大学生袁笑笑因一时善念，花钱购买了被退款的一级保护动物动物，最终被初级法院重判三年。此事一经报道引起热议，袁笑笑不服判决提起上诉，更有动保协会成员和学校学生自发上街声援，纷纷跑到法院门口拉条幅抗议。负责这起案件的刑庭法官林海岚饱受骚扰，网民将其个人信息曝光，害得她经常收到威胁电话，要求她将袁笑笑案改判无罪。
杨一木夫妻没能拿到赔偿，只能在城里打工还债。苏卓主动来找杨一木，表示这次不仅要告七星运盛化工厂，更要告祥发集团。夏未冬和罗远在书店相遇，两人交谈甚欢，都在涉猎对方的专业领域，希望能为环境献出一份力。
苏卓立刻草拟起诉书送达法院，陈志强得知后勃然大怒，冯学文却是丝毫不慌，立刻想到应对之策。在这份起诉书里，苏卓不仅主张公益赔偿，也主张对杨一木的个人经济赔偿，罗远告知苏卓合并两个主张会存在风险，因为他们是以民事公益诉讼形式提出，“公益”才是这个案件的焦点，若是坚持个人主张，环保联合会的原告资格会更加难以被认可。杨一木听明白罗远的意思，愿意放弃自身赔偿，希望法院给出一个公道。
省高院和中院请来法学院教授温颖，对于环境司法进行一番探讨，温颖和律师代表鉴于案件的公益性和特殊性，如果对原告资格不做限定，势必会造成较为恶劣的影响，留下潜在性的祸患。
经过省高院环境司法改革小组的认真讨论研究，最终同意罗远和耿念的提议，可以在程序规则上做出一些创新的尝试，在此基础上做出了调整和规范制度。罗远开庭受理祥发被诉案件，冯学文自以为案件结果毫无悬念，没想到司法改革让他们转胜为败。冯学文约老同学曲和平吃饭，顺便打趣温颖的儿子罗远是青出于蓝，曲和平碍于身份避嫌委婉推辞。
正当罗远和耿念向曲和平等人汇报工作，林海岚突然过来请曲和平指导金雕案。曲和平根据当前舆情表达了几个观点，林海岚则是有些固执己见，认为法官办案讲的是事实基础，法律准绳，任何舆论都无法动摇。
罗远借此机会申请与林海岚一同审理金雕案，期望通过这件案子有所学习。曲和平因罗远借调在中院，不好直接答复，便让副院长田礼华来做定夺。最终，田礼华决定由罗远、林海岚和耿念三人组成合议庭，林海岚担任审判长。
如今审判庭已认可原告资格，意味着胜诉几率增加，修复环境才是案件的核心。苏卓感激夏未冬的帮助，夏未冬坦言帮助苏卓也是帮助自己，因她认为科技是把双刃剑，既能够让石头开花，也能让花朵永无绽放之日。
回到学校，苏卓发现同学们在收集老师签名，虽请愿书对判决起不到作用，但他们想要向法院证明袁笑笑是好人，应给予机会。夏未冬深受触动，果断在请愿书上签字，倘若事实认定是果，何不成全这个因。
罗远主动拜访耿妈妈，并在其经营的餐馆用餐。耿念听闻罗远曾经谈过一个女朋友，已经到了谈婚论嫁的地步，结果突然提出分手，为此感到好奇。罗远解释因女方打官司求助，自己为避嫌而拒绝，导致感情破裂。现在罗远更专注于金雕案，耿念建议他与林海岚实地考察，以作出准确判断。
陈志强生气手下人没有摆平杨一木，差点把祥发集团搭进去。冯学文认为对方是有备而来，等着用他们的案子来树立典型，建议及时止损，并分析当前形势，如果不是他及时替陈志强切割江石与祥发，集团恐已深陷困境。果然陈志强消了气，询问冯学文有何对策，冯学文笃定法院不会受理，保护环境固然是一个好想法，可经济开发区离不开化工企业，领导们自然不会同意丢掉这块肥肉。
正如冯学文所料，市里主抓经济的领导因省院开了先例，担忧经济受影响，纷纷跑去向莫海言倒苦水。莫海言提醒曲和平在环保上把握分寸，以保护为主，曲和平承诺不负所托。同时，戴崇光拜访陵江翠峰集团老板，希望推动凤凰岭市经济。
罗远和林海岚到袁笑笑家，见其阳台生态自然，收养众多小鸟，足以可见对方是一个保护动物的善良女孩。其男友方启带领同学围堵罗远，不满他们的判决，罗远普及违法买卖金雕后果时，被楼上邻居用一盆水从头浇透到脚。夏未冬和苏卓通过直播目睹此幕。
金雕案当事人欲换律师，宁妮希望苏卓接手以打响名声。苏卓拒绝，认为若袁笑笑真心爱动物，就不应参与买卖。回程中，司机为袁笑笑抱不平，三年对于这个孩子判得太重。林海岚和罗远再次意见不合，罗远认为案情有讨论空间，法律应有温度；林海岚则坚持犯罪事实已成立。
二次开庭前夕，冯学文不接电话，杨运盛及其律师也缺席。耿念说明开庭审判如期进行，以还杨一木公道。罗远提醒耿念找偶像戴崇光帮忙。戴崇光知道耿念的来意，私下里约陈志强见面，劝其直面问题，不应逃避，配合法院审查并赔偿。陈志强得知戴崇光找过翠峰集团，提及设备的问题，戴崇光提醒他解决当前麻烦，别再节外生枝。
夏未冬和罗远照常约在图书馆看书，忽然想到他被泼水的画面，忍不住笑出声。在袁笑笑这件事情上，夏未冬有着不同见解，她拿螺蛳被捕捞过程引导罗远透过表象看本质，罗远恍然大悟，主动添加夏未冬的联系方式。随后，二人去找专家了解金雕，认为普及金雕知识至关重要。
金雕案开庭前，罗远前往看守所与袁笑笑会面，了解她喜欢小动物的原因，以及救助金雕背后的故事。在法院外，罗远向声援抗议的人群分发金雕的资料，告知他们金雕被圈养买卖的风险，才是导致袁笑笑被判刑三年的真正原因。
罗远认为，如果人们真的爱护动物，应该通过网络普及知识，帮助野生动物回归自然栖息地，同时也是对袁笑笑最大的善意和支持。随后，他将资料交给林海岚，承认三年刑期属于合理范围，两人终于冰释前嫌。
这天晚上，苏卓对袁笑笑等人有了改观，夏未冬也认真考虑罗远的话。袁笑笑的未来并非完全由判决决定，而是在她违法的那一刻起就已经受到影响，如果这个案子能促使其他人不再重蹈覆辙，那么判决就有了意义。夏未冬看出罗远心里难受，用他说过的话来安慰他。
随后金雕案在中级人民法院开庭审理，林海岚当庭宣布维持原判，袁笑笑和父母难受不已。另一方面，罗远对七星运盛化工厂进行了审判，因其非法处理污水业务，需承担百万元生态环境修复费用。同时，凤凰岭祥发集团和江石化工厂因生产废料管理不当，间接导致生态环境污染，需要承担五万余元的修复费用。
江石化工厂的几名主犯被公开审判，因犯非法储存危险物质罪、环境污染罪和单位行贿罪，判处罚金一千三百万元。原工厂总经理石磊数罪并罚，被判处有期徒刑二十年，辛阳因提供虚假证明文件罪获刑一年。这一判决发出，大快人心，莫海言带领一干领导召开发布会，着重强调保护生态环境的重要性。
尽管事情告一段落，罗远和耿念仍心事重重，化工厂对生态环境的伤害最大，但赔偿最少、判刑最轻，而无辜的袁笑笑却要为此付出三年的青春，令他们难以接受。正因如此，罗远更加希望有环境法庭的存在，只有接触越来越多的环境案件，才能给后来人积累宝贵经验和完善的司法体系。
在丹顶鹤生态场，罗远遇到了当义工的夏未冬，得知他父亲曾为守护丹顶鹤而牺牲。夏未冬曾对大自然充满憎恶，但后来理解了父亲的爱，并改变了大学专业。罗远从她的讲述中，对她有了更深的认识。
随着环保庭在七星县人民法院的成立，罗远和耿念第一时间报到，并见到了院长刘文燕。只是罗远从未想过他们的办公室如此简陋，刘文燕解释院里办公室比较紧张，再加上环保试点赶得匆忙，一时半会找不到更好的办公室，委屈他们先对付下。
除了助理庞云和书记员聂闻以外，林海岚也应邀加入，由罗远担任代理庭长。尽管办公室被安排在一间破旧的门房，大家仍是干劲十足，忙活一整天将房间收拾干净，集体拍了一张合影照。夏未冬和苏卓交流环保法庭，苏卓对此并不看好。
耿念下班后与妻子徐飞回家，母亲刘慧珊得知儿子又被调回县里，儿媳妇还要考护士编制，心里颇为不悦。夫妻俩结婚十年还没有孩子，刘慧珊免不得抱怨一番，气氛显得格外压抑。而林海岚在疲惫地回家后，看到体贴的丈夫关逸，心情得到了缓解。
罗远邀请夏未冬共进晚餐，意外收到夏未冬送的花。夏未冬对饶斌的离世始终难以释怀，罗远表示环保庭的意义在于避免类似事件再次发生。然而，环保庭在成立初期并未如预期般忙碌，一连多日都未能接到案件。
正当大家感到失望之际，刘文燕院长为他们送来了一份卷宗，可当他们看见内容与垃圾囤积的邻里纠纷有关，不免有些失落。尽管如此，耿念还是带着罗远前去处理，两人刚到现场就被一群人包围，住户们纷纷表达对郭水清夫妻俩的不满情绪，抱怨他们夫妻已经两个月没有出门，却不断地往楼道里丢弃垃圾，拒绝与邻居沟通。