铁豹和沈乐进行个人军事能力比赛，前三项都打了平局。俩人都不服气，最后决定比试对手擅长的。铁豹解密网络程序，沈乐拆解炸弹。谁先完成任务谁赢。沈乐小心地剪断最后一根线，高兴地说，“我赢了”，话音未落，铁豹就冲过来把她扑倒，这时炸弹爆炸了。原来铁豹已经看出她的拆弹程序不对，有危险。这次又是平局。
铁豹和沈乐在训练中互相斗气，成为一对欢喜冤家。沈乐觉得他们除了对方的专业，其它的技能都是棋逢对手。铁豹送给沈乐一个礼物，是他第一次参加排爆任务时拆下的起爆器。沈乐逗铁豹这是不是定情信物，把铁豹羞成大红脸。俩人一起训练，夜深了，沈乐又提议比睡觉，看谁先睡着。在拳击擂台上，铁豹和沈乐背对背坐着，不知不觉中，俩人都睡着了。
清晨，卫铁军带领队员来训练，把他们喊起来，批评他们违反特战队的纪律。铁豹紧张得一跳。泼辣的沈乐却把卫队反驳一番。还当着队员的面亲了铁豹一口。铁豹吓得都快晕倒了。
铁豹被沈乐说得晕头转向，他提醒自己，沈乐是美女博士，而自己个农村兵，不能再想了。他们还是当哥们好。
张玉华教授被绿玛瑙基金从黑日组织里赎出来。可他的女儿还未解救，会长要他和绿玛瑙合作，才能救出女儿。教授不知这是会长早就设下的圈套。
林指山进入APR项目基房的数据中心库，并用录像拍下来房间格局。其实这是常健安早已安排好的陷阱。
教授告诉林指山，他要得到项目的初始数据资料样本，才能分析出网络安全系统资料。
皮特森藏在边境，准备给绿玛瑙基金充当打手。常健安准备利用这次代号为“截肢行动”的计划，全歼黑日组织，让林指山失去助力，这样才能把卧底安插进去。
绿玛瑙基金给皮特森丰厚的佣金，让他攻击APR项目基房，获取初始数据样本，皮特森准备晚上就动手。
特勤组的杜副局长和那敏秘密见面，要她下周内离开反恐特战队，进入特勤小组执行任务。这次行动要对所有人保密，包括杨灿。
常健安和陆长风正式告诉杨灿，他的亲生父亲就是黑日组织背后的势力，绿玛瑙基金会中国区的负责人老总。为了彻底催毁绿玛瑙基金，有一项卧底任务要他来完成。同时把早就安排在林指山周围的卧底，代号美人鱼的诗文介绍给杨灿。杨灿虽然吃惊，但并没有慌乱。
看到杨灿镇静的表现，诗文觉得杨灿好象心里有数一样，知道他已经成长为一名优秀的特战队员，否则那天不会同意结婚。他心里明白这场婚礼的特殊意义。常健安肯定杨灿的成熟和冷静，在亲情和正义面前，杨灿选择了正义。他还感谢诗文为了完成任务，牺牲自己的幸福。诗文说自己很高兴能参与到杨灿的事业中来。
常健安宣布“截肢行动”开始，旨在切断绿玛瑙的四肢，全歼黑日组织。
林指山分析这次行动如果有好消息就是皮特森进入机房拿到了教授需要的数据样本；坏消息是他被反恐特战队盯上了，全被消灭；至于不好不坏的消息，虽然全军覆灭，但剩下皮特森一人，这肯定是个阴谋。他命令蓝雪到时候找个外人去拿数据，然后杀了皮特森灭口。
卫队带领的雪狼特战队第一作战组潜伏在机房大楼，厉剑峰带领的第二作战组歼灭黑日组织据点的敌人后，又马上赶往机房大楼接应雪狼特战队。雪狼特战队放皮特森和他的手下进入机房，准备击杀他们时，发现匪徒身上全都绑着烈性炸弹。情况有变，特战队无法在楼内攻击，陆长风指示让匪徒出来，进行外围打击。黑日组织成员刚逃出大楼，就被雪狼和神鹰两支特战队内外夹击，全部歼灭。
老歼巨滑的皮特森一看形势不对，换上特战队员的衣服，准备溜出大楼上车，被小川发现追上去，皮特森回身开了几枪，全打在小川身上。铁豹和晓波开车追皮特森，见他扔过来一个手雷，铁豹忙把晓波推下车，自己和车炸翻。杨灿紧追皮特森，却被他的匕首扎伤，皮特森驾驶早已准备好的快艇逃跑。那敏从飞机上降落到快艇上，和皮特森博斗，皮特森引爆身上的炸弹，那敏消失在一片火光中。
杨爱萍听医生说扎在杨灿腿上的刀有毒，弄不好会残废，很为杨灿担心。杨灿醒来后，陆长风告诉他，这次”截肢行动“杨灿、铁豹重伤，那敏、马小川壮烈牺牲。杨灿不相信这个事实，爬起来一一瘸一拐地要去找那敏。林指山劝说杨灿，那敏不想看到他这样，这才让杨灿平静下来。
林指山试探陆长风，问杨灿受伤了能不能留在特战队。陆长风说，杨灿也许会离开特战队，但不会离开部队，可以做后勤工作。
那敏、马小川葬礼举行，全队沉浸在巨大的悲痛中。杨灿柱着拐杖、铁豹坐着轮椅也来给那敏小川送最后一程。
陆长风下发上级通知，因为杨灿的伤情，要求他调离神鹰特战队，到后勤做仓库主任工作。杨灿不能接受这个命令，觉得部队抛弃了自己，决定离开特战队。厉剑峰向陆长风求情，陆长风不为所动，只是祝福杨灿今后走好自己的路。
在家里，杨灿宣布，我复员了，今天开始就是无业游民。杨爱萍埋怨杨灿这么冲动，连工作也没了。林指山让杨灿到BY公司来帮他。
一年后，火狐在机场接到已在BY集团做高管的杨灿。
在绿玛瑙基金的某个据点，教授带着杨灿一起破解电力系统的防火墙。刚一破解，他们马上被电力公司的TTY系统盯上，卫星定位了他们的位置。教授忙要杨灿退出系统，可是已经晚了。林指山要大家赶紧撤离。
反恐特战队员包围了林指山一伙，火狐不相信杨灿，要他带两个成员殿后。杨灿杀死两个正在埋地雷的匪徒，又朝自己肩膀上开了一枪。厉剑峰带领队员看到地上两具尸体，心领神会，朝天上开了几枪。躲在路边的林指山见受伤的杨灿来和他们集合，又听见枪声离自己远些了，觉得刚才是杨灿把特战队员引开。
常健安知道这次行动为飞天猴的潜伏计划开了好头，但更严酷的考验还在后头。
火狐一直怀疑杨灿是内鬼，觉得是杨灿入侵网络的时候故意没有及时退出系统才被盯上的。林指山问火狐，如果杨灿是内鬼，为什么要为他们引开特战队，自己还受了伤。火狐哑口无言。杨灿听到火狐的话，冲到他面前，把枪给火狐，要他杀了自己。还说自己受够了被家一样的部队抛弃的滋味，说着把枪顶在自己头上，林指山抢下他的枪，要杨灿冷静。
火狐还是相信自己的直觉，他向绿玛瑙基金会长报告杨灿有问题，是卧底。会长要火狐放心，自己已经派人过去对杨灿进行内部审查，杨灿的真实身份很快就会确认。会长要试探老总林指山是不是因为进入好爸爸角色而失去了判断力。
杨灿带着蓝雪去参加厉剑峰婚礼，一路上闯红灯超速，冲到酒店大门口。
看到昔日的战友和领导，杨灿表现得无礼又傲慢，飞扬跋扈的言行让每个人都受不了。看到大家对他的态度很不友善，杨灿愤愤地走了。
在酒桌上，战友们都不相信杨灿怎么变成这样。从英雄杨灿变成现在的大款杨灿，而且一直觉得部队欠他的。
战友们都收到杨灿给他们发的短信，晚上八点他在大酒店宴请大家。时间到了，只有晓波一人前来赴约。晓波建议他们哥俩象从前一样吃烤串啤酒路边摊。晓波痛心疾首地对杨灿说，自从那敏牺牲后，你整个人都变了。真替那敏不值，她居然爱过你这号男人。听到那敏的名字，杨灿一下火冒三丈，摔了酒瓶扬长而去。