恐怖分子在厕所里找到苗苗，就打开摄像机和常健安谈判。黑日组织头目德普威胁说，教学楼里安置了炸弹，如果特战队企图进攻，他们就杀掉人质，同归于尽。他们的条件是让支队长陆长风来谈判。
德普放了其它人质，只留下苗苗，要陆长风进去谈判。特战队布署新方案，联系警犬队的排爆犬来排爆。警犬队派来排爆搜查能力最强的黑豹，而能指挥黑豹的人只有杨灿。
德普的条件是让警方提供一架直升飞机，带走陆长风来交换山猫，要不然就杀了苗苗。常健安指挥长一面和德普周旋，答应给他派直升飞机，另一面要杨灿带黑豹赶紧找出炸弹的位置，拆除炸弹。德普只给他们十五分钟的时间，要不然他就要杀害一名人质。
黑豹找到了第一枚炸弹，铁豹却发现这是一个子母起爆装置，它和另一个炸弹连在一起，必须同时剪断这两个炸弹，否则会一起爆炸。黑豹找到第二个炸弹，杨灿的耳机却摔坏了。情急之下，杨灿想起敲击钢管，用密语联系铁豹，在楼下的铁豹听懂了杨灿的密语，两人同时剪断引爆线。炸弹解除的同时，德普发现口袋里的起爆器停止显示。这时特战队的突击队和狙击手同时进攻。杨灿看到有人朝黑豹射击，他一把扑倒在黑豹身上，自己的肩膀中弹。
那敏在医院看护着杨灿。诗文也赶来医院，听见杨灿在梦里说，“谢谢那队，谢谢你救了我，真想一直有你这么陪着。”诗文这才伤心地承认，杨灿心目中的女神是那敏，她一直是一厢情愿。黑豹受伤了，不能再回警犬队，诗文决定把它接回家，自己来养。
杨爱萍开会介绍APR项目的进展计划，会议解散后，杨指山坚持要杨爱萍收下他费了好大劲弄来的瑞士新药，杨爱萍还是扔掉他给的药。林指山的秘书蓝雪在门外听到屋内的争吵声，才知道杨指山和杨爱萍原来是夫妻，大吃一惊。
晓波代表厉剑峰队长给病房的杨灿送花来。杨爱萍也来看杨灿，见杨灿这么离不开特战队，知道自己阻止杨灿是错误的决定。杨爱萍告诉杨灿调他去警犬队都是她向常健安请求的，向杨灿道歉。
凤琴收拾行李，和苗苗坐飞机回老家去生活。
根据反恐协议，中国决定把山猫引渡回国接受审判。押送山猫的重要任务由厉剑峰负责。
诗文决定出国，他给杨灿写了一封告别信，就带着行李和黑豹，去机场坐飞机。
特战队接到特级任务，在一架准备起飞的国际航班上，恐怖份子准备劫持刚刚结束对我国防问的阿巴斯部长。飞机上已经有一百四十八名乘客登上飞机。杨灿建议以检修飞机为目的，疏散乘客，被陆支队长否决。据了解，飞机上有八名恐怖份子，不能让他们有丝毫查觉。
候机厅有一支球队被陆长风拦下，特战队员换上运动员的衣服，准备混入飞机。杨灿和那敏另外装扮成一对情侣先赶上飞机。柳诗文正坐在这趟飞机上，见杨灿和那敏一同进来，气得发抖，误会杨灿迫不及待地要和那敏甜蜜出游，生气地冲到杨灿面前质问他。这时，劫机头目看到有车运送运动员过来，警觉起来，命令劫匪开枪，劫持飞行员启动飞机。陆长风只好宣布取消A计划，执行B计划，让登上飞机的那敏和杨灿来保护人质安全。
飞机启动，飞上天空。劫匪要在向杨灿哭闹的诗文安静，向她开枪，杨灿为了保护诗文用身体挡住子弹。劫匪把杨灿拖到飞机的洗手间里。
劫匪头目用枪指着大使的头，让他打电话让中国政府释放山猫。如果不同意他们的条件，就每隔五分钟杀死一个人。
陆长风指示厉剑锋暂停押解任务。把山猫送到劫匪指定的地点。厉剑峰要晓波和塔西奔向埋伏地点，收到命令就立刻狙杀山猫。
杨灿出发前穿了防弹衣，子弹并没有伤害到他。在洗手间杨灿发信号要那敏掩护自己。那敏故意和诗文吵打起来，说诗文害死了杨灿，一边向诗文使眼色，告诉她杨灿没有死。诗文明白了那敏的意思。
趁劫匪被那敏她们吸引，杨灿躲进电子舱，制造发动机故障，迫使飞机降落。劫匪以为是刚才特战队的扫射打坏了飞机部件。只得同意让飞机先降落，他们警告陆长风，飞机上有炸弹，如果他不放了山猫，他们会引爆炸弹。
杨灿收到命令，潜入行李舱寻找炸弹，这时他听到黑豹的呜咽声，原来小文把它也带上了飞机。
劫匪发现刚才打死的年轻人不见了。他们在那敏包里搜出一把枪，知道有特战队员混入飞机，匪首亲自带人去找杨灿。黑豺找到炸弹，杨灿剪断炸弹控制线。
山猫跑向接应他的车辆。晓波塔西正好赶到狙击地点，待命射击。眼看着他们即将穿越国际控制线，晓波收到炸弹已拆除的消息，马上射击，山猫被击毙。
得知炸弹已拆除，那敏在机仓反击，控制了劫匪。在行李仓，杨灿和黑豹配合默契，一起击败了匪首和他的手下。杨灿利用玩游戏时驾驶飞机在航母上降落的经验，在塔台的指挥下，成功操作飞机降落到指定机场。机仓乘客发出胜利的欢呼声。
乘客中，有个一直没有暴露身份的恐怖分子假装晕倒，混入人群。
那敏知道杨灿和诗文之间出问题了，给杨灿放了两天假。
“老总”派人把飞机上逃脱的黑日组织成员送去南方出境。
反劫机行动取得胜利，那敏、杨灿、赵晓波三人荣获个人二等功一次。
诗文回来后总是做恶梦，梦见杨灿在飞机上被枪击中的场景。杨爱萍找诗文谈心，她知道诗文对杨灿的感情，要诗文不要放弃他们之间九年的情份，说杨灿对那敏可能只是崇敬。诗文要杨爱萍别去做杨灿的工作，她觉得自己的事应该自己解决。
杨指山找到杨爱萍家楼下，再次向杨爱萍表达歉意。他查到了杨爱萍修改了杨灿的生日，从时间上推断杨灿是自己的儿子，向杨爱萍请求见见杨灿。杨爱萍听了非常生气。要他滚远点，不要来打搅自己的生活。杨指山走的时候，正好杨灿回家，俩人擦肩而过。
杨灿回家告诉妈妈自己立了二等功，杨爱萍看着杨灿的军功章，感到非常骄傲。她故意提醒杨灿，象歌里唱的，军功章里也有诗文的一半，然后把他们俩的手放在一起。杨灿却找了个借口把手抽了回来。
杨灿感谢诗文一直在照顾妈妈。亲历这次恐怖事件，诗文决定不走了。她想留下来照顾杨阿姨，支持杨灿。杨灿在飞机上不顾一切地保护了自己，说明在他心目中自己也是非常重要的人。他们不能做情侣，也可以做朋友或者兄妹。
晓波从入伍那天起就在收集玛瑙，他把它们串起来，准备亲手送给女友方若霞。杨灿为晓波做好索降，晓波准备给女朋友来个从天而降的惊喜。晓波嘴里叼着一朵玫瑰花，从楼顶放下绳索滑到方若霞的窗前，祝她生日快乐。这时，从房间的卫生间走出来一个穿着睡衣的男人。晓波伤心地走了。
失恋的打击让晓波训练时状况不断，队长厉剑峰找晓波谈话。晓波告诉厉队，昨天本来想告诉女友自己立了二等功，让她感到骄傲，没想到她却和别的男人在一起，说着痛哭越来。厉队鼓励晓波，你是我见过的最有天赋的狙击手，不管发生什么事情，一定不要被自己打跨了。
杨灿决定帮晓波出气，把方若霞劈腿的男友陈子杰教训一顿。
为了取得竞标项目，陈子杰在卡拉OK厅宴请项目工程负责人刘总，还在现场送给他一份厚礼。杨灿扮作服务员，用猫眼摄像头，拍下陈子杰送礼物的镜头。电脑高手小川把陈子杰车上笔记本电脑里的竞标文件，换成刚刚拍下的送礼镜头。陈子杰提早从卡拉OK厅里出来，杨灿要黑豹去追赶陈子杰，拖延时间。
第二天在竞标现场，陈子杰放送的竞标文件竟是前晚在卡拉OK现场送礼的录像。陈子杰本以为稳操胜券的项目泡汤了。