战国末年，刺客荆轲受命刺秦，失败身亡。不久秦灭六国统一中国。秦王赢政大兴土木，修建长城、阿房宫。四处征丁，民不聊生。
秦兵在押送壮丁途中，大毛晕倒，不知身世、流落民间的荆天明（荆轲与秦王妃子丽姬的孩子）仗义喂水，被官兵呵斥。天明不服，却被鞭子抽晕过去。待天明在暴雨中醒来，却发现周围血流成河，官兵尸首遍地。望着此情此景，天明不知发生何事。
赢政看密报，得知当年刺杀自己的荆轲之子尚在人间。十三年前，秦王妃子丽姬以死换取她和荆轲的孩子一命。如今找到这个叫荆天明的孩子，必当斩草除根。殊不知赢政身边的红人，天下第一剑客盖聂，正是受荆轲所托，潜伏在赢政身边的人。如今知晓赢政要除掉天明，连夜快马赶出咸阳城，前去保护荆天明。盖聂的一举一动，全在墨家监视中。盖聂一出城，墨家消息网就在全国传开消息，被东皇太子藏匿多年的荆天明出现了！
荆天明一回到村里，村长就说他杀了官兵，带他去官府自首，否则全村老小死路一条。天明只知从小到大，一直有个神秘女孩在保护他，却不知是谁。其实是听命于东皇太一的少司命。
盖聂抢在赢政的亲兵到来之前，把天明救出来，天明不知盖聂为何人，想逃走。墨家医仙端木蓉一直认为荆轲为盖聂所害，大骂他在秦王身边当了十三年的走狗。盖聂听闻只得苦笑。秦王亲兵杀到，盖聂一人击退三百秦国铁骑，但因使出全身真气，震伤五脏六腑。晕迷前，盖聂告诉端木蓉，天明是荆轲的儿子。端木蓉虽然不相信这个油嘴滑舌的孩子是荆轲的骨肉，但还是用她的医术治疗盖聂。
天明的爹娘为了让他放心离开，拿出一块玉，告诉天明，他不是他们的亲生孩子。看到天明的玉佩，端木蓉才相信盖聂的话。
天明对盖聂的功夫佩服得五体投地，对昏迷的盖聂照顾有加。项氏家丁看到天明手中的渊虹剑，知道这是项家仇人盖聂的剑，把他们带入府中见过项梁。荆天明欲和项家翩翩公子项少羽单挑，却根本不是对手，被项家关押在柴房。
秦王得知盖聂把孩子救走，暴怒。
端木蓉在项府找到天明和盖聂的关押处，欲相救，却被项少羽发现。这时秦王派来的重兵包围项府。项氏以为端木蓉是奸细，把他们一家出卖给一直想剿灭他们的秦王。秦兵杀进项府，混战中项家寡不敌众，和背着盖聂的天明，端木蓉一起被官兵围住。这时墨家首领东郭植带人赶到，杀退官兵。张良断后，摆下八卦慑心阵，让官兵无法近身。
墨家首领东郭植对美貌泼辣的端木蓉一向爱慕有加，总想引起她的注意，端木蓉却总是对他恶语相向。张良欲撮合墨家与项家合作，一起对抗秦王。
月夜之下，墨家早已安排好船只前来接应。荆天明和项少羽同时被站在船头温婉的姑娘迷住，她叫高月。
项家一众被带到墨家休养生息之地——墨家鬼村，它隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒。鬼村口就有张良布下的奇门遁甲之术，外人若贸然闯入，就会迷路找不到出口。这个鬼村原来曾暴发一次大的疫病，村民死伤大半，幸存之人全迁往别处，墨家趁机在此装神弄鬼，从此再无人敢踏入此地。这也成为墨家众弟子逃避秦王追捕的藏身之地，也是墨家弟子最后的避难所。
一直跟踪荆天明的少司命见无法进入墨家鬼村，向东皇太子飞鸽传书，“局面失控，请求支援”。
十三前年，丽姬夫人诞下一名男婴，也就是荆天明。阴阳家东皇太一夜观星象，欲控制丽姬之子为自己所用。满月时为小公子施法，在小公子身上偷偷种下“乾元玉煞”。
东皇太一命大司命寻访盖聂的同门兄弟卫庄，他是江湖第一暗杀组织“聚散流沙”首领。聚散流沙的规矩是“有利则聚，无利则散”。卫庄是七杀门的旧人。战国时七杀门如日中天。左右天下大势。而在十五前年，一夜之间惨遭灭门，少掌门失踪。聚散流沙的首领卫庄则是七杀门的养子。大司命以一袋金子为赏金，让卫庄从墨家鬼村带回盖聂和荆天明。
卫庄派蛊娘和墨玉麒麟去完成这个任务。
荆天明和东郭植个性相投，交情渐厚。荆天明好奇东郭植为什么对泼辣的端木蓉言听计从。东郭植告诉天明，自己行走江湖最厉害的是轻功，有次执行任务时双腿受伤，几乎每位医员都断言他的腿保不住了，直到遇见了天使般的蓉儿，不仅把他的腿治好了，轻功也恢复如前。从此以后，只要是蓉儿一句话，东郭植都愿意赴汤蹈火，在所不辞。
秦王赢政大骂秦兵不力，不仅没有抓回荆天明，还被盖聂一人打败。赢政宠臣赵高的另一个身份是阴阳家掌门东皇太一，他向秦王禀报，是墨家突然杀出，把人救走的。赢政下令加派三千精兵，把墨家、项氏一网打尽。
剑圣盖聂在端木蓉的医治下终于苏醒。面对蓉儿的逼问，盖聂说在见到墨家巨子之前，和荆轲的死有关的事一个字都不会说的。
天明在墨家鬼村除了对月儿献殷勤，就是四处招摇自己是剑圣的徒弟。大家都看不惯天明的夸夸其谈，怂恿少羽和天明打一架定胜负，并邀请月儿做裁判。天明知道自己打不过少羽，碍于在月儿跟前的脸面，只得硬着头皮上。
天明和少羽打斗，始终处于下风。在快要认输之际天明使诈赢了少羽。少羽不服，找人装鬼把一向胆小的天明吓晕，关进小黑屋的棺材里，捉弄天明。躺在棺材里的天明醒来后又惊又怕，待月儿阻拦少羽，打开棺材时，天明差点闷死在棺材里。
张良帮墨家鬼村整理好进村的奇门遁甲术，即向墨家和项氏告辞，云游四方。
天明见盖聂醒来，急忙拜师，却遭盖聂拒绝。蓉儿见盖聂盥洗后清秀英俊的脸，芳心暗动。
勇叔带来一位在树林里迷路的哑女，善良的月儿给哑女起名铃儿。
天明在茅房遇见扮鬼的勇叔。勇叔实在看不惯天明的胆小怕鬼，主动提出带他去小树林练胆。走在天明身后的勇叔，正准备对天明下手。却没提防天明听到月儿的叫声突然跑走了，原来有人挖出了勇叔的尸体，蓉儿分析勇叔至少死了两天。天明感到毛骨悚然，如果这里躺的人是勇叔，那刚才和他说话的人不就是鬼了？所有人都不相信天明刚才看到勇叔，天明只好认为自己真是遇见了鬼，吓得几天不敢出门，在家里贴满符咒。
盖聂醒来几天就恢复了内力，蓉儿惊异他的功力深厚。
墨家鬼村接二连三有人神秘地死亡，尸体并无任何伤痕，蓉儿怀疑是盖聂干的。