天明询问公子扶苏对盖聂的看法，扶苏告诉他，盖聂心怀侠义行事磊落，是个难得的君子，自己之所以能够打消顾虑与巨子相谈，一方面是因为对墨家理念的认同，更重要的原因则是出于对盖聂的信任。
得知天明是被大司命劫持到咸阳来的，扶苏十分担心。他告诉天明，阴阳家表面上超然世外，实际上最善于蛊惑人心，让天明以后多加提防。
一边是自己从小就仰赖的大哥，一边是拿着父亲信物的大司命，天明思绪越来越乱，不知道究竟应该相信谁。巨子看出了天明的苦恼，建议他直接去问盖聂，又叮嘱天明不要活在过去，要通过自己的努力走出一条真正属于自己的路。巨子的话令天明十分感动。
天明的失踪令东皇太一十分生气，将少司命关押入牢。大司命对少司命一直关爱有加，请求东皇太一给少司命一个将功补过的机会。少司命使用沾有天明血液的手帕做法，找到了被藏在金万两（巨子）府内的天明。少司命发现了金万两的真实身份是巨子，汇报给东皇太一。
东皇太一派大司命行一石二鸟之计，捉住天明和巨子，却没有料到早有人向巨子告密，导致行动失败。东皇太一怀疑是少司命通风报信，用读心术查看了她的记忆，得知告密者并非少司命。通过读取记忆，东皇太一还发现了少司命对天明的感情，以及她在洛阳放走天明的事情，欲下令杀掉少司命，被大司命拼死拦住。
少司命被东皇太一处以鞭刑，大司命心中疼惜无比，却不敢表现出来。少司命告诉大司命自己对天明的感情至深，已经不可能回头。大司命冷言劝少司命不要放弃希望，只有活下去才能让天明知道这份爱意。
月神与大司命一向不合，在看出大司命对少司命的喜爱后，三番五次的用语言刺激他，却反被其嘲笑“身为月神，却干着侍女的活”。
大司命建议东皇太一将金万两就是墨家巨子的事情告诉秦王，然后借秦王之手剿灭金氏商社，杀掉巨子。东皇太一认为这个方法可行，引导自己的学生胡亥（秦始皇之子，扶苏之弟）帮自己达成借刀杀人的计划。
盖聂等人回到了终南别馆，得知天明失踪，众人都非常担心。急性子的蓉儿立刻就要前去咸阳寻天明，恰好在门外见到小植带着天明和月儿回来。再次相聚，大家都很高兴，唯独天明对盖聂心存芥蒂，一直闷闷不乐。
巨子托小植带封信给盖聂，告诉他，天明的记忆已经恢复，叮嘱他不要再把天明当成小孩子，尽快将真相告诉给天明。
蓉儿给天明诊脉，发现天明的病情恶化了很多，又奇怪他去咸阳做什么。询问月儿后得知天明已经知道荆轲是被盖聂所杀，受了阴阳家的蛊惑，所以才去了咸阳。经过月儿的提醒，蓉儿推测天明病情的恶化可能跟情绪有关。
盖聂来找天明，决定将当年的真相告诉他，却被蓉儿拦下。蓉儿告诉盖聂，天明的身体越来越弱，必须立刻治疗。怕真相会令天明情绪波动过大，使他身体情况变得更糟，蓉儿让盖聂暂时不要接触天明。
原来，蓉儿是在偷看赤练练功的时候想出了治疗天明的办法，她分析天明之所以会受内伤，是体质太弱的原因。如果天明的身体能够强大到承受住异能的冲击，他就可以控制住这股力量，而不用担心再受伤了。
强化天明的体质，需要高手为他传功，小植、雪女等高手都同意帮助天明。众人散去前，蓉儿再三嘱咐大家尽量不要让天明受刺激。
巨子要去终南别馆与盖聂议事，嘱咐韩信将商社暂挂歇业盘点的牌子，少生事端。巨子上马时发现缰绳断裂，见韩信有些担心，巨子安慰韩信等人说无妨，策马而去。
官兵闯进商社，要捉拿金万两（巨子）。商社弟子担心来者不善，转动门环留下了暗号，并由人快马通知巨子。
见巨子不在，大司命带领官兵血洗了商社。
韩信从金府取酒回来，发现了门上的暗号，偷偷从门缝中看到官兵在清理院内的尸体。大司命发现了门外的韩信，用火法术将其击伤。韩信拼死逃离了大司命的追杀，被金府的家老救下。
墨家弟子将官兵要查封商社的消息传给巨子，巨子返回商社，正中了大司命设下的圈套。大司命带着阴阳家的人施展了六离毒术，巨子不敌，身受重伤，被一个弟子拼死送出了大门。
月儿最近心事重重，总觉得巨子给她的感觉很像她爹。蓉儿知道巨子想隐瞒他与月儿是父女关系，于是劝月儿不要胡思乱想。
为了顺利修建长城、直道，秦王下令再多征三万民夫。扶苏担心徭役过重会导致民众生怨，秦王怒斥扶苏鼠目寸光。恰在此时，胡亥在赵高的指示下，将从金氏商社搜到的墨门令呈给秦王。得知金万两就是墨家巨子，秦王大发雷霆。胡亥主动请缨，被秦王封为大将，率锐士三千清缴墨家商社。
扶苏将巨子视作知音，命心腹去金府，将宫中的剿杀令传信给巨子。韩信在得知秦王的计谋后，攀上太平树发射信号，终于联络上了巨子。
巨子安排韩信传令给其他城中的弟子，让他们离开商社，隐入市井，然后带领咸阳周围的弟子一同回到了终南别馆。
巨子几次运功，想用内力将毒素逼出，却都以失败告终。
巨子命小植将众弟子聚集在议事厅为盖聂正名，得知真相的众人纷纷向盖聂赔罪。
月儿分析了最近发生的事情，推测商社被剿的事情与天明有关。为了不影响对天明的治疗，月儿叮嘱少羽不要告诉他。
少羽询问月儿对天明的格外关心，是不是因为心里在乎天明。月儿被说中心事，连忙借口医者仁心做掩饰。看穿了月儿的掩饰，又想到自己对月儿的在乎，少羽心中更加酸楚。
议事厅中，蓉儿推测终南别馆的位置已经暴露给了阴阳家，巨子让大家想想应对的办法，班大师建议退守机关城。
机关城是墨家耗时三百年，精心建造的堡垒，不但隐秘，而且安全，几百年来一直是墨家的大本营。
巨子采纳了退守机关城的建议，并且邀请盖聂、小高、雪女加入墨家。雪女抢在小高开口前，代小高接受了巨子的邀请。盖聂以自己想做个闲赋的自由人为由，婉言拒绝了邀请。
议会结束的时候，巨子体内的剧毒突然发作。就在巨子用内力压制毒素的时候，被一边的蓉儿发现了他的异样。
离开议事厅后，小高生气雪女擅自替自己接受了邀请。雪女解释道，与其为七杀门的事情而痛苦，不如两个人跟着墨家一起做一些有意义的事情，自己愿意一辈子都陪着小高。感受到了雪女的真心，小高终于接受了这份感情。
盖聂的拒绝令蓉儿心生不安，怕他再次离开自己。盖聂告诉蓉儿自己会留下来，帮天明掌控身上的力量，助墨家度过难关。为了让蓉儿彻底安心，盖聂发誓在一切都结束后，自己会带着蓉儿一起隐居山林，两个人再也不分开。
天明发现终南别馆的人最近都很忙的样子，于是跑到班大师屋里，想要问个究竟。班大师告诉天明墨家要搬家到机关城，却对搬家的原因闪烁其词，班大师的古怪态度更加令天明疑惑，本打算去问问少羽，却无意中从墨家弟子的口中得知搬家的事跟阴阳家有关系。联想到之前与大司命的接触，天明断定是自己害得墨家退守机关城。
由于情绪不稳，导致小植给天明的传功治疗进行的很不顺利，小植询问天明原因，反被其质问为什么大家都瞒着自己。小植不知如何作答，天明气愤的跑去找盖聂要解释。
面对天明的疑问，盖聂只说了是巨子的决定后，便一言不发。天明告诉盖聂，大家对他的隐瞒并不是保护，而是不信任。
一直担心巨子身体情况的蓉儿，在江边找到了正在悼念妻女的巨子。巨子否认自己身体有不适，却被蓉儿抓住手腕把脉，发现了体内的六离毒术。
六离毒术是羲氏一族的毒术，需要多位法师共同施法才能完成，毒术种上后会从指尖发作，进而蔓延到全身，一旦毒素遍布全身，就是死期。
六离毒术无药可解，就算巨子使用内力抵抗，也只能再活两个月。虽然无法解毒，但蓉儿想让巨子与月儿相认，然后用至亲之血做供养，为他缓解毒素的蔓延，可是巨子却拒绝了与月儿的相认。
当年鞠玄（巨子）护送太子丹逃离燕国失败，为了躲避通缉，不给妻女引来祸端，鞠玄加入了墨家，之后更名换姓成为了墨家的首领巨子。为了墨家的事业，巨子无暇关心自己妻女。
墨家发展壮大以后，巨子去找妻儿，却发现原本的家已经被烧毁，废墟之中找到了妻子碧华的一个盒子。
巨子对自己这些年来的不管不问十分自责，于是跑去挖妻儿的坟墓，想把他们安葬在一个山清水秀的地方，永远陪着自己。
挖开坟墓，打开棺材，里面的景象却令巨子呆住。