姜子牙得知土行孙心念邓婵玉，遂答应他只要劝降邓九公，就成全他与邓婵玉的婚事，土行孙大喜过望，诚心归降。散宜生利用与邓九公的亲戚关系，只身一人前往商营为土行孙说媒。邓九公表面同意婚事，实则暗中安排刺杀武王和姜子牙。周武王与姜子牙早已识破邓九公的阴谋，索性将计就计，主动率杨戬等众将进入邓九公所设之局，反击邓九公，混乱中邓九公拼死出逃。土行孙奉命救出了哪吒和黄天化，后又用捆仙绳绑了前去平乱的邓婵玉，硬是把她抢回了周营。邓蝉玉以泪洗面，拒绝婚事。

周将无奈，只请得苏夫人前去劝说。情势所逼，邓蝉玉只能就范，嫁与土行孙，但有一条件：土行孙要变高。土行孙在师父、师叔及众师兄的撮合、帮助下，终于如愿长高许多，却因此而失去地行术的本领，邓婵玉深受感动，与之喜结连理。

邓禅玉以西周将帅之名出使商营，对父亲邓九公苦口婆心，言明利害，并澄清自己是自愿嫁与土行孙。邓九公对女儿抱以歉疚之心，最终在女儿的劝说下决定弃暗投明，反纣归周。消息传到朝歌，以为边官有捷报的纣王翻阅奏折，立马气得口吐鲜血，晕倒在地。心系纣王的狐妲己急召申公豹商量对策，妲己命孔宣为帅，剿灭叛贼。另一方面申公豹决定先擒武王以阻挡周军东进。两方双管其下。

这日，孔宣与汜水关守将韩荣共商抗周大计。申公豹施毒计，将武王挟持，丢入山崖之下。被山下淳朴的村民救起。申公豹用激将法请来瘟疫鼻祖吕岳向山村散播瘟疫，使山村的百姓的性命危在旦夕。愚昧的村民因此迁怒于从天而降的武王，认为是他带来了瘟疫，不敢透露身份的武王姬发被锁进猪笼。倒是郎中之女子鱼始终对姬发呵护有加，不离不弃。纣王长子殷郊不忍殷商江山成为大周土地，不顾师父广成子好心相劝，违背师意，偷了师父的镇洞之宝番天印、落魂钟和雌雄剑，偷偷下山，并发誓：废除纣王，重振殷商！途经白龙山，遇温良、马善兄弟，后三人又孔宣、韩荣会合。金鸡岭下，两军对阵，殷郊携温良、马善用落魄钟术生擒了黄飞虎父子。

殷郊得知黄飞虎就是自己多年之前的救命恩公时，念及旧情，将黄氏父子放回周营，算是知恩图报。子鱼偷出钥匙，救了化名仲发的姬发。他们拖着病体历尽艰辛，向黄龙真人求得仙药，黄龙真人盛赞姬发、子鱼为救百姓，舍己为人。依黄龙真人的嘱托，姬发、子鱼拖着病体在洞府内捣药，黄龙真人下山救人。姬发、子鱼捣药时因体力不支而累倒，没想到正是他们捣药时散发出来的药气，救了他们的性命。两人醒来后发现玄机，急忙捧着药罐下山就村民。村民们感激涕泠，对他们曾经关押武王进猪笼深感内疚。

武王失踪后，周军一时群龙无首， 姜子牙让杨戬变作武王行事，以安军心。次日，姜子牙让黄天化引领着殷洪与其兄殷郊共叙旧情，二人抱头大哭。但因两人的立场不同，殷郊翻脸欲强行要带前去劝降的胞弟殷洪回营，殷洪苦口婆心的试图劝服殷郊皆未果。遭到殷郊的软禁。黄天化与殷郊交战，不料被被殷郊用番天印击中头顶当即身亡。面对黄天化的尸体，黄飞虎痛不欲生，情急之下口吐鲜血，不省人事。姜子牙见黄飞虎父子情深，父慈子孝，深受感动。姜子牙领着黄飞虎与黄天化的魂魄赶到封神台，把已故的黄天化封为三山正神丙灵公。黄飞虎见其子能得成正果，倍感欣慰，原神回到阳间。