大学生张庆想请求叶教授担任自己的导师，却遭到了毫不留情的拒绝。叶教授认为他用现代的观念，来剖析古代文学史的想法十分荒诞，张庆只好另辟蹊径。他报名参赛了腾讯举办的科幻文学网络大赛，想用小说的方式去表达自己的理念，主题是假如生命再活一次，用现代思想与古代制度发生碰撞碰，引导读者珍惜现在，为美好而活。
叶教授被他这个新颖的点子吸引，张庆收到鼓舞，兴致勃勃地说自己前几章都写好了，只是现在还差个名字。冥思苦想之际，他恰好看到书架旁贴着第二版红楼梦中节选——十二之红楼曲的留余庆，脑中灵光一现，当场将小说取名为《庆余年》，然后绘声绘色给叶教授讲起了书里的世界。
假如生命再活一次，你是否能毫无遗憾地走完这一程？
一个患有重症肌无力的现代青年，睁眼醒来，却成了竹筐里的婴儿，脑海还保留了现代社会的一切记忆，却有古装杀手围攻追杀。疑惑之间，一个崭新的世界迎面而来。这个竹筐里的婴儿，正是小说的主角范闲，而背着他死里逃生的黑衣男子，名为五竹，是范闲亡母的仆人。
五竹背着范闲逃过追杀，与带着黑骑赶来的南庆监察院院长陈萍萍一行会和。 陈萍萍听闻范闲母亲的死讯，心中又悲又痛，他想将范闲带回京城，五竹却已经不再信任任何人。看到五竹执意带走范闲，陈萍萍只好提议他去澹州，在老太太的帮助下将范闲抚养长大。
就这样，范闲被寄养在澹州老家，一转眼，便已经长成为一名小小少年。府里还有一名和他同龄的小丫头，是范府嫡出的大小姐范若若，两人自幼一同长大，感情十分要好。范闲自小聪明伶俐，长得唇红齿白，十分灵秀，却因为是范老爷的私生子，老太太对他不冷不热，范老爷更是不闻不问，明里暗里受到不少刁难。这一日，他和若若出去玩耍归来，却看到周管家正在耀武扬威教训自己的丫鬟。
范闲出言阻止，周管家却丝毫不理会，还搬出老太太说这是自己的指责。范闲心中气极，眼珠一转，跑进房间搬来一个凳子，自己则爬到凳子上面站着，叫周管家靠过来。周管家云里雾里走近，却突然被范闲狠狠扇了一巴掌，连牙都打掉了，脸上落了一个血红的巴掌印。主仆有别，周管家吃了个大亏，趁吃饭时向老太太告状，老太太因此撤掉了范闲院子里的丫鬟，并将若若送回了京城。
这一夜，月黑风高，一位蒙面黑衣人潜入范闲房间，却发现原本应该熟睡的范闲正坐在床上，还口口声声说他终于来了。黑衣人一头雾水，范闲却感动地说爹爹终于来看自己了。黑衣人这才知道他搞错了，范闲趁他放松警惕之际，拿起床上的瓷枕狠狠朝黑衣人头上砸去，砸了几下确认他晕倒，然后慌慌张张地跑去找隔壁杂货店的五竹来善后。原来，五竹将他送入范府并未离开，而且一直在暗地保护着他健康长大。五竹检查过后，冷淡地告诉范闲这人并没有死，而且他也不是坏人，而是京都鉴查院第三处的主办，是自己人。
第二日，费介便拿着范老爷的信件禀明老夫人，正式成为了范闲的老师。费介长得猥琐，行为也十分费解。他并没有教范闲读书写字，也没有习武健身，而是带着他学医用毒。这学医的第一课，就是带着范闲深夜到乱葬岗去挖坟解刨尸体，换做普通孩子早就吓疯了，可对于有着现代成年人灵魂的范闲来说，这只是小儿科。何况他上辈子呆的最久的地方，就是医院。
解刨了一晚上尸体，范闲去找五竹诉苦，趁机打听娘亲的事迹。五竹只是告诉他主人的名字叫叶轻眉，其余事情都不肯多说。范闲见状只好作罢，又问起自己练的那本真气秘籍的事情。五竹不会真气，自然也不懂练法，思来想去，他带着小范闲来到了郊外竹林，决定用打的方式帮助范闲锻炼身手。
就这样，在两位老师魔鬼般的训练中，范闲飞一般的成长着，被下毒成了家常便饭，挨打也习以为常。费介虽然行事荒诞，却是实心实意在教范闲，而五竹则给了他全心全意的守护，这些关怀填满了范闲老成却空虚的心灵。时光飞逝，终于在这一日，范闲利用补药成功让费介中招，这也意味着他终于出师了。这些年的相处，两人之间如父如子，对范闲而言，除了五竹，他又多了一位可以全心信赖的人。临别之际，范闲将自己费心研制的羊肠手术手套赠给了费介，费介也将院长交代的检察院提司的腰牌交给了他。
回到范府，范老太太看到范闲落寞的样子，安慰他费介的离开是好事。只要他在澹州一日。便会把京都人的目光招引过来，如果红甲骑士出现在澹州的街头，那么真正的危险便会到来。范闲听后，便每日坐在大门口，等着红甲骑士的出现。时光如水，白驹过隙，就这样等啊等，等到他从呦呦稚童长成了翩翩少年，终于有一日，街头出现了一群身穿红甲的人。
范大人派红甲骑士来澹州接范闲去京都，老太太毫不犹豫回绝了，那些人便一直跪在门口。范闲见状十分纠结，他想让五竹给自己出出主意，五竹却道小姐当年曾在京都做过生意，范闲继续追问，他却又道记不清了。范闲向他询问杀害母亲的凶手，五竹坦言自己也不清楚，去京都冒险调查真相，还是继续留在澹州安稳度日，这一切都由范闲自己决定。
用饭时，周管家禀告老太太，那些红甲骑士一直跪在那里，连府里的饭菜都不肯用。老太太直接打断了他招呼范闲用饭，摆明了不想管他们，周管家也没有办法。范闲却没心思管这些，他盯着餐桌上的一盘竹笋出神，正当老太太要下筷子之时，他飞速将竹笋挪到自己面前，还问周管家这竹笋是拿来的？周管家对他不礼貌的行为十分不满，不情不愿地回答送菜的老哈病了，这是他的侄子送来的。范闲一边问一边狼吞虎咽，几口将整盘菜扫光，然后迅速告退跑了出去。
刚到院子里，范闲便呕吐起来，将刚刚吃的饭菜全都吐了出来。这时他才发现，院子里很多丫鬟小厮都痛苦地倒在地上，上吐下泻，他急忙找来牛乳让众人催吐，却发现院子里红甲骑士不见了。老哈多年给府里送菜，范闲猜测他此次必定是受人胁迫，红甲骑士却管不了这么多，范闲又提出万一是调虎离山，让他们回去保护老太太，自己单枪匹马拎着刀来到了老哈家。
一件院子，范闲便看到老哈被绑在柱子上，刚要接近，却发现院门砰地关上了，一个面色冷峻的身着黑色披风的男子正打量着他，来人正是鉴查院四处成员——腾梓荆，此次，他奉命前来追杀范闲。范闲刚开口，腾梓荆便挥手将披风一抖，里面竟然藏着数十柄飞刀。范闲大骂一声，上前与他缠斗起来。腾梓荆出手狠辣，幸而范闲这些年经历了五竹的魔鬼训练，身手也十分敏捷，两人缠斗数十招，范闲突然捂胸倒地，原来，腾梓荆在匕首上下了毒。
腾梓荆见他中招放松下来，询问范闲刚才为何不放那些红甲骑士进来，范闲没有回答，只是淡淡看了一旁的老哈一眼。腾梓荆没想到他为了个送菜的竟然拿自己的小命冒险，正要上前了结了范闲，却发现自己竟然运不了功，而原本虚弱的范闲此时才站了起来。他从小便被费介训练，不知道服了多少毒，普通的毒对他并无效果，而他也在自己的匕首上抹了毒。
在范闲的逼问下，滕梓荆道出自己是奉了监察院密令，前来诛杀国贼。范闲闻言十分震惊，他拿出费介送他的提司令牌，告诉滕梓荆自己不过是范府一个私生子，无权无势，并不是什么卖国贼，这密令恐怕有问题。腾梓荆此时也察觉不对，范闲继续追问，问出原来是周管家配合滕梓荆在菜里下毒。
等范闲回府，却看到周管家被五花大绑跪在厅里，周管家事情败露，却还振振有词说自己做的一切都是为了范家，他是二夫人柳如玉派来的，目的是阻止范闲回京争夺家产扰乱家宅。老太太闻言点了点头，她起身走到范闲跟前，告诉他长大了心一定要狠，随后便让下人将周管家腿打折扔到渔船上，让他下半辈子不用再上岸了。周管家到此刻才明白，老太太这么多年来看似不喜范闲，其实都是在保护他。
老太太告诉范闲是柳如玉寄信让周管家配合鉴查院杀手，就是要将他置于死地。范闲却已经下决心进京自己调查，他已经躲了这么多年，还是躲不过，索性就自己迎上去。如果真是柳如玉，他会表明自己无意争夺家产，老太太见他已经下了决定，又得知他明日便启程去京都，心里万般不是滋味。原来澹府从小就有杀手出没，范闲担心老太太安危，这才让她对自己冷漠。另一边，滕梓荆也接到鉴查院的急令，查到是有人想借监察院之手杀范闲，为了调查真相，滕梓请求范闲假装杀了自己。
临行前，范闲去向五竹告别，告诉他自己要去京都查询母亲被杀的真相，但他不希望五竹再继续跟着自己，为自己而活，而是希望他也可以找到自己想做的事，过自己的人生。五竹觉得这句话非常熟悉，他想了很久，想起小姐也说过类似的话，他找出一个箱子，告诉范闲，这是小姐当年留下来的，而自己最想做的事便是打开它，但他并没有钥匙。箱子不知道是什么质地，范闲费劲功夫都无法打开，因此，五竹决定进京都拿回钥匙，但他会先行一程，两人约好在京都碰面。
隔日，范闲告别老太太与红甲骑士动身进京。路上，范闲意外发现滕梓荆乔装成下人混进了车队，滕梓荆还告诉他，红甲骑士接他进京是去成亲的，范闲闻言惊讶不已。车队行走了数日，路上倒也算顺利。这一日，腾梓荆突然窜入范闲的马车，随后，迎面走来一个商队。腾梓荆告诉范闲，这个商队是监察院的人乔装的，范闲意外发现费介竟然也混在其中。
范闲暗中跟了上去，费介也看见了他，便偷偷找了个机会与他见了一面。费介告诉范闲，自己此番是送言冰云送去北齐谍报站，而这一切，究根结底是为了范闲。原来，腾梓荆是四处言冰云的麾下，四处的人对自家的提司下手，这个责任必须由言若海来承担，言冰云正是言若海的儿子。院长因为范闲之事十分生气，便撤了言冰云的职，让他去北齐接手谍报网。言冰云悄悄派属下想讨回范闲手中提司令牌，却被费介从中阻拦，不得不放弃。
此后一路顺风，很快，范闲一行便抵达京都，到城门口之事，监察院文书王启年突然拦住了车队，他口若悬河将范闲夸了一通，忽悠他花二两银子买了一张假地图，范闲为了掩护滕梓荆尽快进京只好当了这个冤大头。进京不久，滕梓荆便与范闲告别，还提醒他恐怕柳如玉不会让他这么顺利进府。
车队继续前行，范闲探出身子看着繁华的街景目不转睛，他尚且不知，不远处一栋民宅内，一群衣衫不整的女子正在等着他，只待他一靠近，便一拥而上想要借此毁了范闲的名声。谁知，马车在民宅前不远处突然停了下来，一个憨厚的中年男子将护卫支走，自己为范闲驾车送他回府，而那宅院里面女子已经尽数被拿下诛杀。
说是送范闲回府，马车却兜了个圈子，在一座神庙前停下了。车夫借口内急离开，范闲将信将疑下了马车，想要进神庙看看，却被一名冷面侍卫拦住，两人对了一掌，范闲不想惹事正要离开时，那侍卫却突然打开门，道自家主人允许他进庙祭拜，但只许进偏殿。
冷面护卫允许范闲进神庙，范闲心中担心是陷阱，便随口多问了几句，那人见他连神庙为何都不知十分不解，范闲对这些神话故事并不感兴趣，犹豫再三，还是走进了庙里。刚进庙，范闲便看到一群持刀侍卫守在院中，他只好进了偏殿，左看右看发现并没有埋伏，这才松了一口气。
偏殿里并无神像，只是墙上绘着神庙之人擒巨兽传文礼的壁画，来自现代的范闲自然不信这些所谓的神明，他随手拿起供桌上的水果咬了一口，嘴里还嘟囔着要是真有神明，让他派个使者告诉自己为何走这一遭。他正念叨着，供桌突然动了一下，吓得他手里梨都掉了，等他犹犹豫豫掀开供桌的桌布，竟然看见一位容貌清丽的小仙女拿着鸡腿错愕的看着自己。
两人四目相对，范闲只觉得全身的血液都流到了心脏，连大脑的运转也缓慢起来，呆呆地问女子是不是神仙派来的？女子正是宰相林若甫的女儿林婉儿，她看见范闲的样子十分有趣，也不像是坏人，便从桌底钻了出来。范闲见她不是幻想，激动之下竟然吐了血，林婉儿关切的上前查看，范闲随口安慰她吐着吐着就习惯了，林婉儿被他俏皮的话逗乐了。
两人气氛正佳，院里突然传来丫鬟急切的呼唤，林婉儿吐了吐舌头，将鸡腿给了范闲，便匆匆离开了。临走的时候还把手中的鸡腿给他，欢快地跑出去。范闲被林婉儿回眸那一笑惊艳住，这才发现自己忘了问她名字，赶紧出去追，可惜林婉儿已经坐上马车离开了。林婉儿自幼身体不好，家里管得极严，每次出来她都会偷偷跑出去玩，没想到这一次碰到了范闲。丫鬟理解她的心情，却也担心她的身体，果然，林婉儿一激动便又咳了血，只是她想起刚才范闲的话，忍不住又笑了起来。
庆帝祭庙回宫，宫典带人静街后主动提起范闲，他认为范闲能够穿越神庙旁重重暗哨必有蹊跷，自请自上而下彻查禁军，庆帝却云淡风轻道不用了。行至半路，一队身穿盔甲的禁军疾行而来，宫典立刻让人拦下，庆帝让首领回话，那人也不接近，只是上前两步跪下道入城道内，有后宫侍女准备拦路，人已尽数诛杀。
禁军离开后，庆帝马车停在路边，他让宫典从街边混沌铺给自己舀了一碗混沌，漫不经心地问宫典进入闯入神庙的少年是谁。宫典禀告是户部侍郎在澹州的私生子范闲，他这才意识到范闲能进入神庙，恐怕是庆帝的安排。庆帝又问宫典，自己为何要放范闲进来，在进城道上要放侍女败坏范闲名声的是谁？宫典犹犹豫豫地一一回答，最后，庆帝云淡风轻地问他是不是很喜欢太子送他的画，宫典大惊失色，吓得惊出了一身的冷汗。
车夫将范闲带到范府门口，范闲下车敲门却没有任何回应，过了一会，一位丫鬟才打开侧门招呼他进去，丫鬟告诉他老爷还未回府，这都是二夫人的安排。范闲倒也没有找事，好脾气地跟着丫鬟进府，却发现一路上所有人行事都格外小心，打听之下才知道二夫人在午睡。这位二夫人在后院午睡，全府都无人敢说话，其在范府的威势，可见一斑。
这时，一个身穿绸衣的少年拿着一根棍子追着账房先生跑了出来，看这一副耀武扬威的样子，范闲也猜得到，此人必定便是二夫人的宝贝儿子——范思辙。范思辙看到范闲也不问他是谁，而是毫不客气地问他知不知道自己是谁，还让他将手里的箱子打开给自己看看。范闲闻言不怒反笑，让他自己来试试看。另一边，二夫人得知范闲已经进府，特意吩咐下人带他到院子里等着，等自己睡醒了再说。
范思辙看似霸道嚣张，其实胸无城府，他倒腾了半天也打不开范闲的箱子，气急败坏地告诉范闲整个范府都以自己为尊，自己让他们干啥就得干啥。范闲好笑地逗他假如他让下人打死他，那下人是听还是不听呢？范思撤傻乎乎地想了半天，竟然被他给绕晕了。范闲一路跟随丫鬟走到内院，却被告知二夫人在午睡，让他在这里干等，他心知这是二夫人的下马威，面上倒也没有反对。
宫典带着几幅字画前来拜见太子李诚虔，太子看到宫殿十分亲和，谁知宫殿却当着他的面将自己带来最为喜欢的字画一一撕毁，并请求太子收回赠给自己的画。太子脸色渐渐沉了下来，宫殿心中又心疼又害怕，他将今日发生之事一五一十告诉太子，禀明庆帝对自己与其私下来往恐怕不满，还说明自己从此不再有喜好，太子虽然生气，却也无可奈何，只好收回了字画。
二夫人午睡起来，询问起范闲的情况，没想到却得知范闲也搬了个椅子在院子睡觉。她生气地出去叫醒他，话里话外指责范闲不懂礼数，范闲也随她一起客套。这时，反应过来的范思辙拿着棍子来找范闲算账，二夫人见到这个情景故意避开，一旦范闲与范思撤动手，他都将落入圈套。范闲倒也不惊不慌，还悠闲地坐下来看他折腾，正当范思撤气急败坏要动手时，范若若及时赶到制止了他。范若若是府里的大小姐，从小便管着范思撤，范思撤看到她就像老鼠见了猫，只好老老实实地跟范闲道歉认错。二夫人没想到千算万算还是被范若若打乱了计划，再看看只会要银子的傻儿子，心里又气又急。
兄妹俩再度重逢十分欣喜，来到若若房间，只见里面堆满了珍奇异宝。若若告诉他这些都是别人送的，都是为了范闲曾跟她说过的《红楼》。范闲没想到自己给妹妹讲的故事弄得人尽皆知，却也不知如何解释，只好随她误会了。兄妹俩正寒暄着，下人前来禀告，说是范大人回府了，让范闲去书房见他。范闲将鸡腿用木盒装好让若若帮自己保管，独自来到了书房。